এটি হল gmx-nmtraj কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-nmtraj - একটি eigenvector থেকে একটি ভার্চুয়াল দোলক গতিপথ তৈরি করুন
সাইনোপিসিস
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-eignr ]
[-পর্যায়গুলি ] [-তাপ ] [-প্রশস্ততা ]
[-এনফ্রেম ]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স nmtraj একটি eigenvector থেকে একটি ভার্চুয়াল ট্র্যাজেক্টোরি তৈরি করে, a এর সাথে সম্পর্কিত
গড় কাঠামোর চারপাশে সুরেলা কার্টেসিয়ান দোলন। eigenvectors উচিত
সাধারণত ভর-ওজন করা হয়, তবে আপনি তৈরি করতে অ-ওজনযুক্ত আইজেনভেক্টর ব্যবহার করতে পারেন
অর্থোগোনাল গতি আউটপুট ফ্রেমগুলি একটি সম্পূর্ণ জুড়ে একটি ট্রাজেক্টরি ফাইল হিসাবে লেখা হয়
সময়কাল, এবং প্রথম ফ্রেম গড় কাঠামো। আপনি যদি (বা
রূপান্তর করুন) PDB ফর্ম্যাটে আপনি এটি সরাসরি PyMol-এ দেখতে পারেন এবং একটি ফটোরিয়ালিস্টিক রেন্ডারও করতে পারেন
সিনেমা. গতির প্রশস্ততাগুলি eigenvalues এবং একটি পূর্বনির্ধারিত তাপমাত্রা থেকে গণনা করা হয়,
সমস্ত মোডের উপর শক্তির সমতা অনুমান। গতি পরিষ্কারভাবে দৃশ্যমান করতে
PyMol আপনি একটি অবাস্তব উচ্চ তাপমাত্রা সেট করে এটিকে প্রসারিত করতে চাইতে পারেন।
যাইহোক, সচেতন থাকুন যে রৈখিক কার্টেসিয়ান স্থানচ্যুতি এবং ভর ওজন উভয়ই হবে
উচ্চ প্রশস্ততার জন্য গুরুতর গঠন বিকৃতির দিকে পরিচালিত করে - এটি কেবল একটি সীমাবদ্ধতা
কার্টেসিয়ান স্বাভাবিক মোড মডেলের। ডিফল্টরূপে নির্বাচিত eigenvector 7 এ সেট করা হয়েছে, যেহেতু
প্রথম ছয়টি স্বাভাবিক মোড হল স্বাধীনতার অনুবাদমূলক এবং ঘূর্ণনশীল ডিগ্রী।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
সম্পূর্ণ নির্ভুল গতিপথ: trr CPT tng
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr GRO g96 পিডিবি tng
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-eignr (২০১০)
eigenvectors ব্যবহার করার জন্য স্ট্রিং (প্রথম হল 1)
-পর্যায়গুলি (২০১০)
পর্যায়গুলির স্ট্রিং (ডিফল্ট হল 0.0)
-তাপ (২০১০)
তাপমাত্রা (কে)
-প্রশস্ততা (২০১০)
eigenvalue<=0 সহ মোডগুলির জন্য প্রশস্ততা
-এনফ্রেম (২০১০)
তৈরি করা ফ্রেমের সংখ্যা
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-nmtraj ব্যবহার করুন
