এটি হল gmx-polystat কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-polystat - পলিমারের স্ট্যাটিক বৈশিষ্ট্য গণনা করুন
সাইনোপিসিস
gmx polystat [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.xvg>]] [-p [<.xvg>]] [-i [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-তারিখ ] [-আপনি ]
[- [না] w] [-xvg ] [-[না] মেগাওয়াট] [- [না] পিসি]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স পলিস্ট্যাট সময়ের ফাংশন হিসাবে পলিমারের স্ট্যাটিক বৈশিষ্ট্য প্লট করে এবং প্রিন্ট করে
গড়।
ডিফল্টরূপে এটি গড় প্রান্ত থেকে শেষ দূরত্ব এবং gyration এর ব্যাসার্ধ নির্ধারণ করে
পলিমার এটি একটি সূচক গ্রুপের জন্য জিজ্ঞাসা করে এবং এটিকে অণুতে বিভক্ত করে। শেষ থেকে শেষ
দূরত্ব তারপর প্রতিটির জন্য সূচক গ্রুপের প্রথম এবং শেষ পরমাণু ব্যবহার করে নির্ধারিত হয়
অণু গাইরেশনের ব্যাসার্ধের জন্য মোট এবং তিনটি প্রধান উপাদান
গড় gyration টেনসর লেখা হয়. বিকল্প সহ -v eigenvectors লেখা হয়.
বিকল্প সহ -পিসি এছাড়াও পৃথক গাইরেশন টেনসরের গড় ইজেন ভ্যালু
লিখিত বিকল্প সহ -i গড় বর্গ অভ্যন্তরীণ দূরত্ব লেখা হয়।
বিকল্প সহ -p অধ্যবসায় দৈর্ঘ্য নির্ধারিত হয়. নির্বাচিত সূচক গ্রুপ উচিত
পরমাণুগুলি নিয়ে গঠিত যা পলিমার মেইনচেইনে ধারাবাহিকভাবে আবদ্ধ থাকে। অধ্যবসায়
তারপর একটি সূচক সহ বন্ধনের মধ্যে কোণগুলির কোসাইন থেকে দৈর্ঘ্য নির্ধারণ করা হয়
পার্থক্য যা জোড়, বিজোড় জোড়া ব্যবহার করা হয় না, কারণ সোজা পলিমার ব্যাকবোন
সাধারণত সব ট্রান্স এবং তাই শুধুমাত্র প্রতি দ্বিতীয় বন্ড সারিবদ্ধ. অধ্যবসায় দৈর্ঘ্য
বন্ডের সংখ্যা হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয় যেখানে গড় cos 1/e এর মান ছুঁয়েছে। এই পয়েন্ট হল
লগের রৈখিক ইন্টারপোলেশন দ্বারা নির্ধারিত ( )
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
পোর্টেবল xdr রান ইনপুট ফাইল
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-o [<.xvg>] (polystat.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
-v [<.xvg>] (polyvec.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-p [<.xvg>] (persist.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-i [<.xvg>] (intdist.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
-আপনি (দ্রষ্টব্য)
সময়ের মানের জন্য একক: fs, ps, ns, us, ms, s
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়
-[না] মেগাওয়াট (হ্যাঁ)
গাইরেশনের ব্যাসার্ধের জন্য ভর ওজন ব্যবহার করুন
- [না] পিসি (NO)
প্লট গড় eigenvalues
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-polystat ব্যবহার করুন
