এটি হল gmx-rmsf কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
gmx-rmsf - পারমাণবিক ওঠানামা গণনা করুন
সাইনোপিসিস
gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [- বলদ [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-dir [<.লগ>]] [-b ]
[-e ] [-তারিখ ] [- [না] w] [-xvg ] [- [না] রেস]
[- [না] আনিসো] [-[না] ফিট]
বর্ণনাঃ
জিএমএক্স আরএমএসএফ এর রুট গড় বর্গ ওঠানামা (RMSF, অর্থাত্ আদর্শ বিচ্যুতি) গণনা করে
ট্র্যাজেক্টোরিতে পারমাণবিক অবস্থান (এর সাথে সরবরাহ করা হয় -f) পরে (ঐচ্ছিকভাবে) ক
রেফারেন্স ফ্রেম (এর সাথে সরবরাহ করা হয়েছে -s).
বিকল্প সহ -oq আরএমএসএফ মানগুলি বি-ফ্যাক্টর মানগুলিতে রূপান্তরিত হয়, যা a তে লেখা হয়
.পিডিবি স্থানাঙ্ক সহ ফাইল, কাঠামো ফাইলের, বা একটি .পিডিবি ফাইল যখন -q is
নির্দিষ্ট করা বিকল্প - বলদ গড় স্থানাঙ্ক সহ একটি ফাইলে বি-ফ্যাক্টরগুলি লেখে।
অপশন সহ -od রেফারেন্স স্ট্রাকচারের সাপেক্ষে মূলের মানে বর্গক্ষেত্র বিচ্যুতি
গণনা করা হয়।
অপশন সহ -আনিসো, জিএমএক্স আরএমএসএফ অ্যানিসোট্রপিক তাপমাত্রার কারণগুলি গণনা করবে এবং তারপরে এটি
এছাড়াও গড় স্থানাঙ্ক আউটপুট করবে এবং একটি .পিডিবি ANISOU রেকর্ডের সাথে ফাইল (এর সাথে সম্পর্কিত
দ্য -oq or - বলদ বিকল্প)। অনুগ্রহ করে মনে রাখবেন যে U মানগুলি ওরিয়েন্টেশন-নির্ভর, তাই আগে
পরীক্ষামূলক ডেটার সাথে তুলনা করে আপনাকে যাচাই করতে হবে যে আপনি পরীক্ষামূলকভাবে উপযুক্ত
স্থানাঙ্ক
যখন একটি .পিডিবি ইনপুট ফাইল প্রোগ্রাম এবং পাস করা হয় -আনিসো পতাকা একটি পারস্পরিক সম্পর্ক সেট করা হয়
Uij-এর প্লট তৈরি করা হবে, যদি কোনো অ্যানিসোট্রপিক তাপমাত্রার কারণ থাকে
.পিডিবি ফাইল.
বিকল্প সহ -dir গড় MSF (3x3) ম্যাট্রিক্স তির্যক। এই দিক নির্দেশ দেখায়
যেখানে পরমাণুগুলি সবচেয়ে বেশি এবং সর্বনিম্ন ওঠানামা করে।
বিকল্প
ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
গঠন+ভর(db): TPR GRO g96 পিডিবি brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ঐচ্ছিক)
ইনডেক্স ফাইল
-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (ঐচ্ছিক)
প্রোটিন ডেটা ব্যাংক ফাইল
আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:
-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (ঐচ্ছিক)
প্রোটিন ডেটা ব্যাংক ফাইল
- বলদ [<.pdb>] (xaver.pdb) (ঐচ্ছিক)
প্রোটিন ডেটা ব্যাংক ফাইল
-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল
-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-oc [<.xvg>] (correl.xvg) (ঐচ্ছিক)
xvgr/xmgr ফাইল
-dir [<.লগ>] (rmsf.log) (ঐচ্ছিক)
লগ ফাইল
অন্যান্য বিকল্পগুলি:
-b (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)
-e (0)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)
-তারিখ (0)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)
- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র
-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়
- [না] রেস (NO)
প্রতিটি অবশিষ্টাংশের জন্য গড় গণনা করুন
- [না] আনিসো (NO)
অ্যানিসোট্রপিক তাপমাত্রার কারণগুলি গণনা করুন
-[না] ফিট (হ্যাঁ)
RMSF কম্পিউট করার আগে কমপক্ষে স্কোয়ার সুপারপজিশন করুন। এই ছাড়া আপনি করতে হবে
নিশ্চিত করুন যে রেফারেন্স স্ট্রাকচার এবং ট্রাজেক্টোরি মিলছে।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-rmsf ব্যবহার করুন
