gmx-rotacf - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

gmx-rotacf - অণুর জন্য ঘূর্ণনগত পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশন গণনা করুন

সাইনোপিসিস

gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-তারিখ ]
[- [না] w] [-xvg ] [-[না] ঘ] [- [না] এভার]
[-acflen ] [-[না] স্বাভাবিক করা] [-P ]
[-fitfn ] [- শুরু করা ] [-এন্ডফিট ]

বর্ণনাঃ

জিএমএক্স rotacf অণুর জন্য ঘূর্ণন সম্পর্কীয় ফাংশন গণনা করে। পরমাণু ট্রিপলেট
(i,j,k) দুটি ভেক্টর ij এবং jk সংজ্ঞায়িত করে সূচক ফাইলে দিতে হবে। ঘূর্ণনশীল
ACF n = ij x jk ভেক্টরের অটোকোরিলেশন ফাংশন হিসাবে গণনা করা হয়, অর্থাৎ
দুটি ভেক্টরের ক্রস গুণফল। যেহেতু তিনটি পরমাণু একটি সমতলে বিস্তৃত, তাই তিনটির ক্রম
পরমাণু কোন ব্যাপার না। ঐচ্ছিকভাবে, invoking দ্বারা -d সুইচ, আপনি গণনা করতে পারেন
রৈখিক অণুর জন্য ঘূর্ণনগত পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশন পরমাণুর জোড়া (i,j) নির্দিষ্ট করে
ইনডেক্স ফাইল।

উদাহরণ

জিএমএক্স rotacf -P 1 -nparm 2 -এফএফটি -n সূচক -o rotacf-x-P1 -ফা expfit-x-P1 - শুরু করা 2.5
-এন্ডফিট 20.0

এটি একটি প্রথম ক্রম Legendre ব্যবহার করে ঘূর্ণন সংক্রান্ত পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশন গণনা করবে
সূচক ফাইল দ্বারা সংজ্ঞায়িত একটি ভেক্টরের কোণের বহুপদ। পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশন
2.5 ps থেকে 20.0 ps পর্যন্ত একটি দুই-প্যারামিটার সূচকে লাগানো হবে।

বিকল্প

ইনপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
গতিপথ: পরমানন্দ trr CPT GRO g96 পিডিবি tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
পোর্টেবল xdr রান ইনপুট ফাইল

-n [<.ndx>] (index.ndx)
ইনডেক্স ফাইল

আউটপুট ফাইল নির্দিষ্ট করার বিকল্প:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
xvgr/xmgr ফাইল

অন্যান্য বিকল্পগুলি:

-b (২০১০)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য প্রথম ফ্রেম (ps)

-e (২০১০)
ট্রাজেক্টোরি থেকে পড়ার জন্য শেষ ফ্রেম (ps)

-তারিখ (২০১০)
শুধুমাত্র ফ্রেম ব্যবহার করুন যখন t MOD dt = প্রথমবার (ps)

- [না] w (NO)
আউটপুট দেখুন .xvg, .xpm, .ps এবং .পিডিবি নথি পত্র

-xvg
xvg প্লট বিন্যাস: xmgrace, xmgr, কোনোটিই নয়

-[না] ঘ (NO)
ট্রিপলেট (প্লেন) এর পরিবর্তে পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশনের জন্য সূচক ডবলটস (ভেক্টর) ব্যবহার করুন

- [না] এভার (হ্যাঁ)
অণুর উপর গড়

-acflen (-1)
ACF এর দৈর্ঘ্য, ডিফল্ট ফ্রেমের সংখ্যার অর্ধেক

-[না] স্বাভাবিক করা (হ্যাঁ)
ACF কে স্বাভাবিক করুন

-P (২০১০)
ACF এর জন্য Legendre বহুপদীর ক্রম (0 কোনটি নির্দেশ করে না): 0, 1, 2, 3

-fitfn (কিছুই নয়)
ফিট ফাংশন: কিছুই নয়, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

- শুরু করা (২০১০)
পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশনের সূচকীয় ফিট শুরু করার সময়

-এন্ডফিট (-1)
সময় যেখানে পারস্পরিক সম্পর্ক ফাংশনের সূচকীয় ফিট শেষ হবে, -1 হল পর্যন্ত
শেষ

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে gmx-rotacf ব্যবহার করুন