এটি হল go2fmtp কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - রূপান্তর টুল এবং এর মোড়ক
সাইনোপিসিস
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml অনটোলজি/*.অন্টোলজি
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml অনটোলজি/gene_ontology.obo
বর্ণনাঃ
যেকোনো GO/OBO শৈলীর অন্টোলজি ফাইল পার্স করে এবং একটি ভিন্ন বিন্যাস হিসেবে লেখে
যুক্তি
-e ERRFILE
XML-এ পার্স ত্রুটি লেখে - STDERR-এ ডিফল্ট (কোনও পার্স ত্রুটি থাকা উচিত নয়
গঠিত ফাইল)
-p বিন্যাসে
কোন পার্সার ব্যবহার করতে হবে তা নির্ধারণ করে; যদি অনির্দিষ্ট রেখে দেওয়া হয়, ফাইলের উপর ভিত্তি করে একটি অনুমান করবে
প্রত্যয়. বিন্যাস জন্য নীচে দেখুন
-w|লেখক বিন্যাসে
আউটপুটের জন্য বিন্যাস - তালিকার জন্য নীচে দেখুন
-|xslt XSLT
একটি XSLT রূপান্তরের নাম বা ফাইলের নাম
এটি ফাইলসিস্টেমের যেকোনো জায়গায় একটি ফাইলের জন্য একটি পরম পথ হতে পারে, অথবা এটি হতে পারে
xslt এর নাম হবে; যেমন
go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo
যদি নাম উল্লেখ করা হয়, তাহলে প্রথমে $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl অনুসন্ধান করা হবে; যদি
GO_ROOT সেট করা নেই, তাহলে পার্ল মডিউল dir যেখানে GO ইনস্টল করা আছে অনুসন্ধান করা হবে (
xslts এখানে স্বয়ংক্রিয়ভাবে ইনস্টল হবে যদি আপনি স্বাভাবিক ইনস্টল প্রক্রিয়া অনুসরণ করেন)
-ব্যবহার_ক্যাশে
যদি এই সুইচটি নির্দিষ্ট করা থাকে, তাহলে ক্যাশিং মোড চালু হয়।
ক্যাশিং মোডের মাধ্যমে, প্রথমবার আপনি একটি ফাইল পার্স করবেন, তারপর একটি অতিরিক্ত ফাইল হবে
একটি বিশেষ বিন্যাসে রপ্তানি করা হয় যা দ্রুত পার্স করা যায়। এই ফাইলে একই ফাইলের নাম থাকবে
মূল ফাইল হিসাবে, ব্যতীত এতে ".cache" প্রত্যয় থাকবে।
পরের বার যখন আপনি ফাইলটি পার্স করবেন, এই প্রোগ্রামটি স্বয়ংক্রিয়ভাবে অস্তিত্বের জন্য পরীক্ষা করবে
".cache" ফাইলের। যদি এটি বিদ্যমান থাকে এবং আপনার নির্দিষ্ট করা ফাইলের চেয়ে সাম্প্রতিক হয়, তাহলে এটি
পরিবর্তে পার্স করা হয়। যদি এটি বিদ্যমান না থাকে তবে এটি পুনর্নির্মাণ করা হয়।
এটি b এর জন্য গতির উন্নতি আনবে নিচের আউটপুট ফরম্যাটের (যেমন
পথ তালিকা)। বেশিরভাগ আউটপুট ফরম্যাট ইভেন্ট-ভিত্তিক পার্সিংয়ের সাথে কাজ করে, তাই অবজেক্ট ক্যাশ করা হয়
কোন লাভ নেই এবং আসলে ক্যাশে বাইপাস করার চেয়ে ধীর হবে
ফরম্যাট
লিখনযোগ্য বিন্যাস হয়
go_ont
".অন্টোলজি" প্রত্যয় সহ ফাইল
এগুলি অন্টোলজি ডিএজি সংরক্ষণ করে
go_def
".defs" প্রত্যয় সহ ফাইল
go_xref
GO পদের জন্য বাহ্যিক ডাটাবেস রেফারেন্স
"2go" প্রত্যয় সহ ফাইল (যেমন ec2go, metacyc2go)
go_assoc
জিও ব্যবহার করে জিন বা জিন পণ্যের টীকা
উপসর্গ সহ ফাইলগুলি "জিন-অ্যাসোসিয়েশন।"
obo_text
".obo" প্রত্যয় সহ ফাইল
এটি বিদ্যমান GO ফ্ল্যাট ফাইল ফরম্যাটের জন্য একটি নতুন ফাইল বিন্যাস প্রতিস্থাপন। এটা
অনটোলজি, সংজ্ঞা এবং xrefs পরিচালনা করে (কিন্তু সমিতি নয়)
obo_xml
".obo.xml" বা ".obo-xml" প্রত্যয় সহ ফাইল
এটি উপরের OBO ফ্ল্যাট ফাইল বিন্যাসের XML সংস্করণ
prolog
প্রোলগ ফ্যাক্টস - এগুলি ব্যবহার করার জন্য আপনার একটি প্রোলগ কম্পাইলার/দোভাষীর প্রয়োজন হবে। তুমি পারবে
ওবোল বা আসন্ন বায়ো-এলপি প্রকল্প ব্যবহার করে এই তথ্যগুলির কারণ
tbl সহজ (ক্ষতিকর) ট্যাবুলার উপস্থাপনা
সংক্ষিপ্ত
অনটোলজি ফাইল এবং অ্যাসোসিয়েশন ফাইল উভয়েই ব্যবহার করা যেতে পারে
পথ তালিকা
মূলের সমস্ত পথ দেখায়
পেঁচা OWL বিন্যাস (ডিফল্ট: OWL-DL)
OWL হল অনটোলজির জন্য একটি W3C স্ট্যান্ডার্ড ফরম্যাট
এটি চালানোর জন্য আপনার সম্পূর্ণ গো-দেব বিতরণ থেকে XSL ফাইলগুলির প্রয়োজন হবে; XML দেখুন
বিভাগেhttp://www.godatabase.org/dev>
obj_yaml
একটি GO::Model::গ্রাফ অবজেক্টের একটি YAML উপস্থাপনা
obj_storable
পার্ল গো::মডেল::গ্রাফ অবজেক্টের একটি ডাম্প। এর জন্য আপনাকে CPAN থেকে Storable প্রয়োজন
কাজ এটি দ্রুত অ্যাক্সেসের জন্য ফাইল সিস্টেমে অবজেক্ট ক্যাশে করার উদ্দেশ্যে করা হয়েছে। দ্য
obj_storable উপস্থাপনা পোর্টেবল নাও হতে পারে
text_html
একটি html-ফাইড OBO আউটপুট বিন্যাস
godb_prestore
XML যা সরাসরি GODB রিলেশনাল স্কিমাতে ম্যাপ করে (তারপর ব্যবহার করে লোড করা যেতে পারে
stag-storenode.pl)
chadodb_prestore
এক্সএমএল যা সরাসরি চাডো রিলেশনাল স্কিমাতে ম্যাপ করে (তারপর ব্যবহার করে লোড করা যেতে পারে
stag-storenode.pl)
উপস্থাপনা
<http://www.godatabase.org/dev>
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে go2fmtp ব্যবহার করুন
