এটি হল hhconsensus কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
hhconsensus - একটি A3M/FASTA ইনপুট ফাইলের জন্য সম্মতি ক্রম গণনা করুন
সাইনোপিসিস
hhconsensus -i [অপশন]
বর্ণনাঃ
HHconsensus সংস্করণ 2.0.16 (জানুয়ারি 2013) একটি জন্য ঐকমত্য ক্রম গণনা করুন
A3M/FASTA ইনপুট ফাইল। (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
হাউসার রেমার্ট এম, বিগার্ট এ, হাউসার এ, এবং সোডিং জে. এইচএইচব্লিটস: বিদ্যুত-দ্রুত পুনরাবৃত্তিমূলক
HMM-HMM প্রান্তিককরণ দ্বারা প্রোটিন ক্রম অনুসন্ধান। নাট। পদ্ধতি 9:173-175 (2011)।
-i
ক্যোয়ারী অ্যালাইনমেন্ট (A2M, A3M, বা FASTA), অথবা কোয়েরি HMM
আউটপুট বিকল্প:
-s
FASTA (default= )
-o
A3M-এ সম্মতি ক্রম সহ সারিবদ্ধতা লিখুন
-oa3 মি
একই
-oa2 মি
A2M-এ সম্মতি ক্রম সহ সারিবদ্ধতা লিখুন
-ofas
FASTA-তে সম্মতি ক্রম সহ সারিবদ্ধতা লিখুন
-v
ভার্বোজ মোড: 0:কোনও স্ক্রীন আউটপুট নেই 1:শুধুমাত্র ওয়ারিংস 2: ভার্বোস
ফিল্টার ইনপুট শ্রেণীবিন্যাস (বিকল্প পারেন be মিলিত):
-আইডি [0,100] সর্বাধিক পেয়ারওয়াইজ সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি (%) (def=100)
- পার্থক্য [0,inf[ ফিল্টার করুন সবচেয়ে বৈচিত্র্যময় সিকোয়েন্সের সেট, অন্তত এটি রেখে
>50টি কলামের প্রতিটি ব্লকে অনেকগুলো সিকোয়েন্স (def=0)
-cov [0,100] ক্যোয়ারী সহ সর্বনিম্ন কভারেজ (%) (def=0)
-কিদ [0,100] ক্যোয়ারী সহ ন্যূনতম সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি (%) (def=0)
-qsc [0,100] কোয়েরি সহ কলাম প্রতি সর্বনিম্ন স্কোর (def=-20.0)
ইনপুট শ্রেণীবিন্যাস বিন্যাস:
-M a2m ব্যবহার করুন A2M/A3M (ডিফল্ট): বড় হাতের অক্ষর = ম্যাচ; Lower case = সন্নিবেশ; '-' = মুছুন; '।' =
সন্নিবেশের সাথে সারিবদ্ধ ফাঁক (বাদ দেওয়া হতে পারে)
-M প্রথম
FASTA ব্যবহার করুন: 1ম অনুক্রমের অবশিষ্টাংশ সহ কলামগুলি হল ম্যাচ স্টেট
-M [0,100]
FASTA ব্যবহার করুন: X% এর কম ফাঁক সহ কলামগুলি হল ম্যাচ স্টেট
অন্যান্য বিকল্প:
- যোগ করে PSIPRED থেকে পূর্বাভাসিত গৌণ কাঠামো তথ্য যোগ করুন
উদাহরণ: hhconsensus -i stdin -s stdout
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে hhconsensus ব্যবহার করুন
