এটি হল hmmemit কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
hmmemit - একটি প্রোফাইল HMM থেকে নমুনা ক্রম
সাইনোপিসিস
hmmemit [বিকল্প] hmmfile
বর্ণনাঃ
সার্জারির hmmemit প্রোফাইল HMM(গুলি) থেকে প্রোগ্রাম নমুনা (নিঃসৃত) ক্রম hmmfile, এবং
আউটপুটে তাদের লেখে। নমুনা ক্রম বিভিন্ন উদ্দেশ্যে উপযোগী হতে পারে,
বেঞ্চমার্ক বা পরীক্ষার জন্য সিন্থেটিক সত্য ইতিবাচক তৈরি করা সহ।
ডিফল্ট হল মূল সম্ভাব্যতা মডেল থেকে একটি অসংযুক্ত ক্রম নমুনা করা, যা
মানে প্রতিটি ক্রম একটি পূর্ণ দৈর্ঘ্যের ডোমেন নিয়ে গঠিত। বিকল্পভাবে, সঙ্গে -c
বিকল্প, আপনি একটি সাধারণ সংখ্যাগরিষ্ঠ-বিধি ঐক্যমত্য ক্রম নির্গত করতে পারেন; অথবা সঙ্গে -a বিকল্প, আপনি
একটি প্রান্তিককরণ নির্গত করতে পারে (যে ক্ষেত্রে, আপনি সম্ভবত সেট করতে চান -N অন্য কিছুর কাছে
মডেল প্রতি 1 সিকোয়েন্স এর ডিফল্টের চেয়ে)।
অন্য বিকল্প হিসাবে, সঙ্গে -p বিকল্পটি আপনি সম্পূর্ণ কনফিগার করা থেকে একটি ক্রম নমুনা করতে পারেন
HMMER অনুসন্ধান প্রোফাইল। এর মানে হল HMMER এর সংজ্ঞা অনুসারে একটি 'সমজাতীয় ক্রম' নমুনা করা,
ননহোমোলোগাস ফ্ল্যাঙ্কিং সিকোয়েন্স, স্থানীয় প্রান্তিককরণ এবং প্রতি একাধিক ডোমেন সহ
ক্রম, প্রোফাইলের জন্য নির্বাচিত দৈর্ঘ্য মডেল এবং প্রান্তিককরণ মোডের উপর নির্ভর করে।
সার্জারির hmmfile এইচএমএমগুলির একটি লাইব্রেরি থাকতে পারে, এই ক্ষেত্রে প্রতিটি এইচএমএম পালাক্রমে ব্যবহার করা হবে।
হতে পারে '-' (ড্যাশ), যার অর্থ এই ইনপুটটি থেকে পড়া stdin একটি ফাইলের পরিবর্তে।
সাধারণ বিকল্প
-h সাহায্য; কমান্ড লাইন ব্যবহার এবং সমস্ত উপলব্ধ বিকল্পগুলির একটি সংক্ষিপ্ত অনুস্মারক মুদ্রণ করুন।
-o ফাইলে আউটপুট ক্রম নির্দেশ করুন , বরং থেকে stdout.
-N নমুনা মডেল প্রতি সিকোয়েন্স, শুধুমাত্র একটি নয়।
বিকল্প কন্ট্রোলিং কি প্রতি নির্গত করুন
ডিফল্ট নমুনা হয় N মূল মডেল থেকে ক্রম. বিকল্পভাবে, আপনি চয়ন করতে পারেন
নিম্নলিখিত বিকল্পগুলির মধ্যে একটি (এবং শুধুমাত্র একটি)।
-a প্রতিটি HMM-এর জন্য একটি প্রান্তিককরণ নির্গত করুন hmmfile স্যাম্পলিং অসারিবদ্ধ নয়
একটি সময়ে একটি ক্রম.
-c থেকে একটি ক্রম নমুনা করার পরিবর্তে একটি বহুত্ব-নিয়ম সম্মত ক্রম নির্গত করুন
প্রোফাইল HMM এর সম্ভাব্যতা বন্টন। ঐক্যমত্য ক্রম দ্বারা গঠিত হয়
প্রতিটি ম্যাচ স্টেটে সর্বোচ্চ সম্ভাব্যতার অবশিষ্টাংশ নির্বাচন করা।
-C এর চেয়ে একটি অভিনব বহুত্ব-বিধি ঐকমত্য ক্রম নির্গত করুন -c বিকল্প সর্বোচ্চ হলে
সম্ভাব্য অবশিষ্টাংশ পি আছে minl এটিকে একটি ছোট হাতের 'যেকোনো' অবশিষ্টাংশ (n বা x) হিসাবে দেখান; যদি
p >= minl এবং মিনু এটি একটি ছোট হাতের অবশিষ্টাংশ হিসাবে দেখান; এবং যদি p >= মিনু এটি হিসাবে দেখান
একটি বড় হাতের অবশিষ্টাংশ। এর ডিফল্ট সেটিংস মিনু এবং minl উভয়ই 0.0, যা
মানে -C হিসাবে একই আউটপুট দেয় -c যদি না আপনিও সেট করেন মিনু এবং minl আপনি কি
চাই।
-p অন্তর্নিহিত অনুসন্ধান প্রোফাইল থেকে নমুনা আনলাইনড সিকোয়েন্স, মূল থেকে নয়
মডেল. মূল মডেলটি শুধুমাত্র সমজাতীয় অবস্থা নিয়ে গঠিত (শুরুতে
এবং একটি HMMER Plan7 মডেলের শেষ অবস্থা)। প্রোফাইলে ননহোমোলোগাস এন অন্তর্ভুক্ত রয়েছে,
C, এবং J রাজ্য, স্থানীয়/গ্লোকাল এবং ইউনি/মাল্টিহিট অ্যালগরিদম কনফিগারেশন, এবং
লক্ষ্য দৈর্ঘ্য মডেল। তাই একটি প্রোফাইল থেকে নমুনা ক্রম অন্তর্ভুক্ত হতে পারে
nonhomologous পাশাপাশি homologous ক্রম, এবং একাধিক থাকতে পারে
সমজাতীয় ক্রম সেগমেন্ট। ডিফল্টরূপে, প্রোফাইলটি মাল্টিহিট স্থানীয় মোডে থাকে এবং
লক্ষ্য ক্রম দৈর্ঘ্য L=400 এর জন্য কনফিগার করা হয়েছে।
বিকল্প কন্ট্রোলিং সংখ্যায় আরও থেকে প্রোফাইলের
এই বিকল্পগুলির প্রয়োজন যে আপনি সেট করেছেন -p বিকল্প।
-L গড় দৈর্ঘ্য তৈরি করতে প্রোফাইলের লক্ষ্য ক্রম দৈর্ঘ্য মডেল কনফিগার করুন
আন্দাজ 400 এর ডিফল্টের পরিবর্তে।
--স্থানীয়
মাল্টিহিট স্থানীয় প্রান্তিককরণের জন্য প্রোফাইল কনফিগার করুন।
--ই স্থানীয়
ইউনিহিত স্থানীয় প্রান্তিককরণের জন্য প্রোফাইল কনফিগার করুন (স্মিথ/ওয়াটারম্যান)।
--গ্লোকাল
মাল্টিহিট গ্লোকাল প্রান্তিককরণের জন্য প্রোফাইল কনফিগার করুন।
--ইউনিগ্লোকাল
ইউনিহিত গ্লোকাল প্রান্তিককরণের জন্য প্রোফাইল কনফিগার করুন।
বিকল্প কন্ট্রোলিং অভিনব কনসেনসাস সংখ্যায় আরও
এই বিকল্পগুলির প্রয়োজন যে আপনি সেট করেছেন -C পছন্দ.
--মিনল
সেট করে minl দুর্বলভাবে সংরক্ষিত অবশিষ্টাংশগুলিকে ছোট হাতের হিসাবে দেখানোর জন্য থ্রেশহোল্ড। (0 <=
x <= 1)
--মিনু
সেট করে মিনু দৃঢ়ভাবে সংরক্ষিত অবশিষ্টাংশগুলিকে বড় হাতের আকার হিসাবে দেখানোর জন্য থ্রেশহোল্ড৷ (0
<= x <= 1)
অন্যান্য বিকল্প
--বীজ
সঙ্গে র্যান্ডম সংখ্যা জেনারেটর বীজ , একটি পূর্ণসংখ্যা >= 0। যদি অশূন্য, যেকোনো
স্টোকাস্টিক সিমুলেশনগুলি পুনরুত্পাদনযোগ্য হবে; একই আদেশ একই দেবে
ফলাফল যদি হল 0, এলোমেলো সংখ্যা জেনারেটরকে নির্বিচারে বীজ দেওয়া হয়, এবং
স্টোকাস্টিক সিমুলেশন একই কমান্ডের রান থেকে রানে পরিবর্তিত হবে। ডিফল্ট
হল 0: একটি নির্বিচারে বীজ ব্যবহার করুন, তাই ভিন্ন hmmemit রান ভিন্ন হবে
নমুনা।
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে hmmemit ব্যবহার করুন
