এটি হল hmmpgmd কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
hmmpgmd - একটি প্রোটিন ডাটাবেসের বিরুদ্ধে প্রোটিন অনুসন্ধানের জন্য ডেমন
সাইনোপিসিস
hmmpgmd [বিকল্প]
বর্ণনাঃ
সার্জারির hmmpgmd প্রোগ্রাম হল ডেমন যা আমরা hmmer.org ওয়েব সার্ভারের জন্য অভ্যন্তরীণভাবে ব্যবহার করি এবং
মূলত প্রোটিন অনুসন্ধান প্রোগ্রামের সামনে দাঁড়িয়েছে phmmer, হুম অনুসন্ধান, এবং hmmscan.
ব্যবহার করা hmmpgmd, প্রথমে একটি উদাহরণ একটি হিসাবে শুরু করতে হবে মালিক সার্ভার, এবং প্রদান করা হয়
অন্তত একটি ক্রম ডাটাবেজ (ব্যবহার করে --seqdb পতাকা) এবং/অথবা একটি এইচএমএম ডাটাবেজ (ব্যবহার
দ্য --hmmdb পতাকা)। একটি সিকোয়েন্স ডাটাবেস অবশ্যই hmmpgmd ফরম্যাটে হতে হবে, যা হতে পারে
ব্যবহার করে উত্পাদিত হয় esl-রিফরম্যাট. একটি HMM ডাটাবেস দ্বারা উত্পাদিত ফর্ম hmmbuild. দ্য
ইনপুট ডাটাবেস(গুলি) মাস্টার দ্বারা মেমরিতে লোড করা হবে। মাস্টার শেষ হলে
ডাটাবেস (গুলি) লোড করা হচ্ছে, এটি লাইনটি প্রিন্ট করে: "ডেটা মেমরিতে লোড হয়েছে। মাস্টার প্রস্তুত।"
শুধুমাত্র মাস্টার প্রস্তুত হওয়ার পরে, hmmpgmd-এর এক বা একাধিক উদাহরণ কর্মী হিসাবে শুরু করা যেতে পারে।
এই শ্রমিকরা মাস্টারের কাছ থেকে বিভিন্ন মেশিনে থাকতে পারে (এবং সাধারণত থাকে) তবে অবশ্যই
একই পাথ সহ মাস্টারকে দেওয়া একই ডাটাবেস ফাইল(গুলি) অ্যাক্সেস করতে পারে। হিসাবে
মাস্টারের সাথে, প্রতিটি কর্মী ডাটাবেস(গুলি) মেমরিতে লোড করে, এবং সমাপ্তির ইঙ্গিত দেয়
প্রিন্ট করে: "ডেটা মেমরিতে লোড হয়েছে। কর্মী প্রস্তুত।"
মাস্টার সার্ভার এবং শ্রমিকরা সচল থাকবে বলে আশা করা হচ্ছে। তখন এক বা একাধিক ক্লায়েন্ট
মাস্টারের সাথে সংযোগ করুন এবং সম্ভবত অনেক প্রশ্ন জমা দিন। মাস্টার এর কাজ বন্টন
কর্মীদের মধ্যে একটি প্রশ্ন, ফলাফল সংগ্রহ করে এবং উত্তর দেওয়ার আগে তাদের একত্রিত করে
ক্লায়েন্ট দুটি উদাহরণ ক্লায়েন্ট প্রোগ্রাম HMMER3.1 src ডিরেক্টরিতে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে - সি
কার্যক্রম hmmc2 এবং পার্ল স্ক্রিপ্ট hmmpgmd_client_example.pl. এই হিসাবে উদ্দেশ্যে করা হয়
শুধুমাত্র উদাহরণ, এবং আপনার প্রয়োজন মেটাতে প্রয়োজনীয় হিসাবে প্রসারিত করা উচিত।
একটি অক্ষর স্ট্রিং হিসাবে ক্লায়েন্ট থেকে মাস্টারের কাছে একটি প্রশ্ন জমা দেওয়া হয়। প্রশ্ন হতে পারে
সাধারণত দ্বারা পরিচালিত হবে যে সাজানোর phmmer (প্রোটিন সিকোয়েন্স বনাম প্রোটিন ডাটাবেস),
হুম অনুসন্ধান (প্রোটিন এইচএমএম ক্যোয়ারী বনাম প্রোটিন ডাটাবেস), বা hmmscan (প্রোটিন প্রশ্ন বনাম প্রোটিন
এইচএমএম ডাটাবেস)।
একটি ক্লায়েন্ট প্রশ্নের সাধারণ ফর্ম ফর্মের একটি একক লাইন দিয়ে শুরু করা হয় @[বিকল্প],
এর পরে টেক্সটের একাধিক লাইন এইচএমএম অথবা ফাস্টা-ফরম্যাটেড কোয়েরি প্রতিনিধিত্ব করে
ক্রম. প্রতিটি প্রশ্নের চূড়ান্ত লাইন বিভাজক //.
উদাহরণস্বরূপ, একটি সম্পাদন করতে phmmer একটি সিকোয়েন্স ডাটাবেসের বিপরীতে একটি অনুক্রমের অনুসন্ধান টাইপ করুন
ফাইল, প্রথম লাইনটি ফর্মের @--seqdb 1, তারপর ফাস্টা-ফরম্যাট করা ক্যোয়ারী ক্রম
হেডার লাইন দিয়ে শুরু > ক্রম-নাম, অনুক্রমের এক বা একাধিক লাইন অনুসরণ করে,
এবং অবশেষে সমাপ্তি //.
একটি সঞ্চালন হুম অনুসন্ধান টাইপ অনুসন্ধান, ক্যোয়ারী ক্রম একটি সম্পূর্ণ পাঠ্য দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়
HMMER-ফর্ম্যাট ক্যোয়ারী HMM.
একটি সঞ্চালন hmmscan টাইপ সার্চ, টেক্সট এর সাথে মেলে phmmer টাইপ অনুসন্ধান, ছাড়া
যে প্রথম লাইন পরিবর্তিত হয় @--hmmdb 1.
hmmpgmd-ফরম্যাটেড সিকোয়েন্স ডাটাবেস ফাইলে, প্রতিটি সিকোয়েন্স একটির সাথে যুক্ত হতে পারে
বা আরও সাব-ডাটাবেস। দ্য --seqdb পতাকা নির্দেশ করে যে এই উপ-ডাটাবেসগুলির মধ্যে কোনটি হবে
জিজ্ঞাসা করা HMM ডাটাবেস বিন্যাস সাব-ডাটাবেস সমর্থন করে না।
প্রতিটি প্রশ্নের ফলাফল বাইনারি বিন্যাসে একটি অনথিভুক্ত তথ্য কাঠামো। ভবিষ্যতে
ডেটা একটি সঠিক ক্রমিক কাঠামোতে ফেরত দেওয়া হবে, কিন্তু আপাতত, এটির প্রয়োজন
ক্লায়েন্টের মধ্যে যত্নশীল আনপ্যাকিং। উদাহরণ ক্লায়েন্ট দেখান কিভাবে এটি করা হয়.
বিকল্প
-h সাহায্য; কমান্ড লাইন ব্যবহার এবং সমস্ত উপলব্ধ বিকল্পগুলির একটি সংক্ষিপ্ত অনুস্মারক মুদ্রণ করুন।
বিশেষজ্ঞের বিকল্প
-- মাস্টার
মাস্টার সার্ভার হিসাবে চালান।
--কর্মী
আইপি ঠিকানায় চলমান মাস্টার সার্ভারের সাথে সংযোগ করে একজন কর্মী হিসাবে চালান .
--ডেমন
কনফিগ ফাইল ব্যবহার করে ডেমন হিসাবে চালান: /etc/hmmpgmd.conf
--cport
ক্লায়েন্ট এবং মাস্টার সার্ভারের মধ্যে যোগাযোগের জন্য ব্যবহার করার জন্য পোর্ট। ডিফল্ট
51371 হয়
--wport
শ্রমিক এবং মাস্টার সার্ভারের মধ্যে যোগাযোগের জন্য ব্যবহার করার জন্য পোর্ট। ডিফল্ট
51372 হয়
--ccncts
গ্রহণ করার জন্য সর্বাধিক সংখ্যক ক্লায়েন্ট সংযোগ। ডিফল্ট হল 16
--wcncts
গ্রহণ করার জন্য সর্বাধিক সংখ্যক কর্মী সংযোগ। ডিফল্ট 32.
--পিড
ফাইলের নাম যেখানে প্রসেস আইডি লেখা হবে।
--seqdb
ফাইলের নাম (hmmpgmd ফরম্যাটে) প্রোটিন ক্রম ধারণকারী। এর বিষয়বস্তু
এই ফাইলটি অনুসন্ধানের জন্য ক্যাশে করা হবে।
--hmmdb
প্রোটিন HMM সমন্বিত ফাইলের নাম। এই ফাইলের বিষয়বস্তু ক্যাশ করা হবে
অনুসন্ধানের জন্য
--সিপিইউ
ব্যবহার করার জন্য সমান্তরাল থ্রেডের সংখ্যা (এর জন্য --কর্মী ).
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে hmmpgmd অনলাইন ব্যবহার করুন
