indexdb_rna - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

indexdb_rna - ফিল্টারিং, ম্যাপিং এবং ওটিইউ-পিকিং এনজিএস রিডের জন্য টুল (indexdb)

সাইনোপিসিস

indexdb_rna --রেফ db.fasta,db.idx [বিকল্প]

বর্ণনাঃ

SortMeRNA হল ফিল্টারিং, ম্যাপিং এবং OTU-পিকিংয়ের জন্য একটি জৈবিক ক্রম বিশ্লেষণের সরঞ্জাম
এনজিএস পড়ে। মূল অ্যালগরিদম আনুমানিক বীজের উপর ভিত্তি করে এবং দ্রুত এবং এর জন্য অনুমতি দেয়
নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সের সংবেদনশীল বিশ্লেষণ। SortMeRNA এর প্রধান অ্যাপ্লিকেশন হল ফিল্টারিং
মেটাট্রান্সক্রিপ্টোমিক ডেটা থেকে rRNA। অতিরিক্ত অ্যাপ্লিকেশনের মধ্যে রয়েছে ওটিইউ-পিকিং এবং
শ্রেণীবিন্যাস নিয়োগ QIIME v1.9+ এর মাধ্যমে উপলব্ধ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1)।

SortMeRNA ইনপুট হিসাবে একটি রিডস ফাইল (fasta বা fastq ফরম্যাট) এবং এক বা একাধিক rRNA নেয়
ডাটাবেস ফাইল(গুলি), এবং rRNA এবং প্রত্যাখ্যাত রিডগুলি দ্বারা নির্দিষ্ট করা দুটি ফাইলে আলাদা করে সাজায়
ব্যবহারকারী ঐচ্ছিকভাবে, এটি rRNA-এর বিপরীতে উচ্চ মানের স্থানীয় প্রান্তিককরণ প্রদান করতে পারে
rRNA ডাটাবেস। SortMeRNA Illumina, 454, Ion Torrent এবং PacBio ডেটার সাথে কাজ করে এবং করতে পারে
SAM এবং BLAST-এর মতো প্রান্তিককরণ তৈরি করে।

বিকল্প

বাধ্যতামূলক বিকল্প
--রেফ STRING, STRING
FASTA রেফারেন্স ফাইল, ইনডেক্স ফাইল
উদাহরণ:
--রেফ /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
একাধিক রেফারেন্স সিকোয়েন্স ফাইল পাস করলে, ':' দ্বারা আলাদা করুন
উদাহরণ:
--রেফ /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2

ঐচ্ছিক বিকল্প
--দ্রুত bool
~99% সম্পর্কিত প্রজাতি সারিবদ্ধ করার জন্য প্রস্তাবিত বিকল্প (ডিফল্ট: বন্ধ)

-- সংবেদনশীল bool
~75-98% সম্পর্কিত প্রজাতি সারিবদ্ধ করার জন্য প্রস্তাবিত বিকল্প (ডিফল্ট: চালু)

--tmpdir STRING এর
ডিরেক্টরি যেখানে অস্থায়ী ফাইল লিখতে হয়

-m INT সূচক তৈরির জন্য মেমরির পরিমাণ (Mbytes-এ) (ডিফল্ট: 3072)

-L INT বীজের দৈর্ঘ্য (ডিফল্ট: 18)

--max_pos INT
প্রতিটি অনন্য L-mer-এর জন্য সঞ্চয় করার জন্য সর্বাধিক সংখ্যক অবস্থান (ডিফল্ট: 10000, সেটিং
--max_pos 0 সব অবস্থান সংরক্ষণ করবে)

-v bool
ভার্বোস

-h bool
সাহায্য

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে indexdb_rna অনলাইন ব্যবহার করুন