এটি হল কমান্ড ইনসেগট যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
insegt - টীকা সহ দ্বিতীয় প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং ডেটাকে ছেদ করা
সাইনোপিসিস
প্রবেশ করান [বিকল্প]
বর্ণনাঃ
INSEGT হল RNA-Seq রিডের সারিবদ্ধতা বিশ্লেষণ করার একটি টুল (একক-এন্ড বা পেয়ারড-এন্ড)
জিন-টীকা ব্যবহার করে।
INSEGT-এ ইনপুট হল একটি SAM ফাইল যেখানে সারিবদ্ধকরণ রয়েছে এবং একটি ফাইল রয়েছে
রেফারেন্স জিনোমের টীকা, হয় GFF বা GTF ফর্ম্যাটে।
-h, --help
এই সাহায্য বার্তা প্রদর্শন করে.
--সংস্করণ
সংস্করণ তথ্য প্রদর্শন করুন
বিকল্প::
-ro, --পড়া-আউটপুট ফাইল
রিড-আউটপুটের জন্য আউটপুট ফাইলের নাম, যা অনুসরণ করে ম্যাপ করা টীকা ধারণ করে
তাদের অভিভাবক টীকা। বৈধ ফাইলের প্রকার হল: gff.
-আও, --অনু-আউটপুট ফাইল
অ্যানো-আউটপুটের জন্য আউটপুট ফাইলের নাম, যাতে GFF-এর মতো টীকা থাকে
ইনপুট এবং অতিরিক্তভাবে ম্যাপ করা রিডের সংখ্যা এবং স্বাভাবিক অভিব্যক্তি
RPKM এর মাত্রা বৈধ ফাইলের প্রকার হল: gff.
-to, --টুপল-আউটপুট ফাইল
টিপল-আউটপুটের জন্য আউটপুট ফাইলের নাম, যেটিতে রিডস বা দ্বারা সংযুক্ত এক্সন টিপল রয়েছে
matepairs বৈধ ফাইলের প্রকার হল: gff.
-ফো, --ফিউশন-আউটপুট STR
ফিউশন-আউটপুটের জন্য আউটপুট ফাইলের নাম, যেটিতে জিন ফিউশনের এক্সন টুপল রয়েছে
(উন্নত বিকল্প, বর্তমানে KNIME এর জন্য কোন আউটপুট পোর্ট নেই)। জিএফএফ এর একটি।
-n, --ntuple INT
ntuple ডিফল্ট: 2.
-o, --অফসেট-ব্যবধান INT
অনুসন্ধানের জন্য সংক্ষিপ্ত প্রান্তিককরণ-ব্যবধানে অফসেট। ডিফল্ট: 5।
-t, --থ্রেশহোল্ড-ফাঁক INT
প্রান্তিককরণে অনুমোদিত ফাঁকগুলির জন্য থ্রেশহোল্ড (ইনট্রন নয়)। ডিফল্ট: 5।
-c, --থ্রেশহোল্ড-গণনা INT
মিনিটের জন্য থ্রেশহোল্ড। আউটপুট জন্য tuple গণনা. ডিফল্ট: 1.
-r, --থ্রেশহোল্ড-আরপিকেএম ডবল
মিনিটের জন্য থ্রেশহোল্ড। আউটপুট জন্য tuple এর RPKM. ডিফল্ট: 0.0।
-m, --max-tuple
শুধুমাত্র maxTuple তৈরি করুন (যা পুরো পঠিত হয়)।
-e, --সঠিক-ntuple
সঠিক দৈর্ঘ্যের শুধুমাত্র Tuple তৈরি করুন n. ডিফল্টরূপে সমস্ত প্রদত্ত দৈর্ঘ্য পর্যন্ত tuple
গণনা করা হয় (যদি -m সেট করা হয়েছে, -e উপেক্ষা করা হবে)।
-u, --অজানা-ওরিয়েন্টেশন
পঠিত অভিযোজন অজানা.
উদাহরণ
insegt
example/alignments.sam example/annotations.gff
ডিফল্ট প্যারামিটার সহ উদাহরণ ফাইলগুলিতে INSEGT চালান।
insegt -m example/alignments.sam example/annotations.gff
উদাহরণ ফাইলগুলিতে INSEGT চালান এবং শুধুমাত্র maxTuple গণনা করুন।
insegt -c 2 example/alignments.sam example/annotations.gff
উদাহরণ ফাইলগুলিতে INSEGT চালান এবং একটি মিনিটের সাথে শুধুমাত্র আউটপুট টিপল। 2 এর গণনা।
সংস্করণ
insegt সংস্করণ: 1.0 সর্বশেষ আপডেট 2012-09-11
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে insegt অনলাইন ব্যবহার করুন
