এটি হল কমান্ড কিমার-মাস্ক যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
kmer-mask - kmer বিষয়বস্তু দ্বারা নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সের মাস্ক এবং ফিল্টার সেট
সাইনোপিসিস
kmer-মুখোশ {-উপন্যাস|-নিশ্চিত} [-এমডিবি mer-ডাটাবেস] [-মাইক্রোসফট mer-size] [-edb বিদ্যমান-ডাটাবেস] [-m
ন্যূনতম আকার] [-e প্রসারিত আকার] [-নিম্নসীমা l] [-হাইথ্রেশহোল্ড h] [-t থ্রেড] [-v] [-h
বারলেখ] [-উন্নতি|- অবনমন|-বাতিল করা] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o আউটপুট-উপসর্গ
বর্ণনাঃ
kmer বিষয়বস্তু দ্বারা সিকোয়েন্সের মাস্ক এবং ফিল্টার সেট (পঠিত বলে মনে করা হয়)। মাস্কিং হতে পারে
ডাটাবেসে নয় উপন্যাসের ক্রম ধরে রাখার জন্য বা নিশ্চিত ক্রম বর্তমান ধরে রাখার জন্য করা হয়েছে
ডাটাবেসে ফিল্টারিং সিকোয়েন্সগুলিকে সম্পূর্ণরূপে আলাদা করবে, আংশিকভাবে বা মুখোশযুক্ত নয়।
বিকল্প
-এমডিবি mer-ডাটাবেস
থেকে লোড মাস্কিং kmers মেরিল(1) mer-ডাটাবেস
-মাইক্রোসফট mer-size
-edb বিদ্যমান-ডাটাবেস
একটি মাস্কিং kmers সংরক্ষণ করুন বিদ্যমান ডিবি(1) ফাইল বিদ্যমান-ডাটাবেস দ্রুত রিস্টার্টের জন্য
-1 in.1.fastq
-2 in.2.fastq
ইনপুট ফাইলগুলি fastq, fastq.gz, fastq.bz2 বা fastq.xz ফরম্যাটে পড়ে। দ্বিতীয়টি হল
ঐচ্ছিক, কিন্তু উপস্থিত না থাকলে আউটপুট শ্রেণীবিভাগকে বিশৃঙ্খলা করে।
-o বাইরে
আউটপুট পড়ার জন্য উপসর্গ
বাইরেসম্পূর্ণরূপে মুখোশযুক্ত।[12].fastq
নীচের 'নিম্ন প্রান্তিক' ঘাঁটি ধরে রেখে পড়া
বাইরে.আংশিকভাবে মুখোশযুক্ত।[12].fastq
এর মধ্যে পড়ে
বাইরেধরে রাখা হয়েছে
'হাইট্রেশহোল্ড' বেস ধরে রেখে পড়া
বাইরে.বর্জন করা হয়েছে
পরস্পরবিরোধী স্ট্যাটাস দিয়ে পড়ে
-m ন্যূনতম আকার
ডাটাবেস হিট উপেক্ষা করুন এই অনেকগুলো ক্রমাগত কিমারের নিচে (0)
-e প্রসারিত আকার
এই অনেক অনুপস্থিত kmers জুড়ে ডাটাবেস হিট প্রসারিত করুন (0)
-উপন্যাস ডেটাবেসে উপস্থিত নয় উপন্যাসের ক্রম ধরে রাখুন
-নিশ্চিত
ডাটাবেসে উপস্থিত নিশ্চিত ক্রম বজায় রাখুন
-উন্নতি
কম RETAINED পঠিতকে আরও RETAINED পঠিত অবস্থায় উন্নীত করুন
read1=full masked এবং read2=partiallymasked -> উভয়ই আংশিকভাবে মাস্ক করা হয়েছে
- অবনমন
কম RETAINED পঠিত স্থিতিতে অবনমিত করুন
read1=full masked এবং read2=partiallymasked -> উভয়ই সম্পূর্ণরূপে মাস্কড
-বাতিল করা
বিরোধপূর্ণ স্থিতি সহ জোড়া বাতিল করুন (ডিফল্ট) read1=পুরোপুরি মাস্ক করা এবং
read2=আংশিকভাবে মুখোশ -> উভয়ই বাতিল করা হয়
পরিসংখ্যান on stderr, সংখ্যা of সিকোয়েন্স সঙ্গে পরিমাণ ধরে রাখা হয়েছে:
-নিম্নসীমা t
(0.3333)
-হাইথ্রেশহোল্ড t
(0.6667)
-h বারলেখ
ধরে রাখা অনুক্রমের পরিমাণের একটি হিস্টোগ্রাম লিখুন
-t t ব্যবহার t থ্রেড গণনা
-v অগ্রগতি দেখান
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে কিমার-মাস্ক ব্যবহার করুন