ইংরেজিফরাসিস্প্যানিশ

Ad


অনওয়ার্কস ফেভিকন

linsi - ক্লাউডে অনলাইন

উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটরের মাধ্যমে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে লিনসি চালান

এটি হল লিনসি কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।

কার্যক্রম:

NAME এর


mafft - অ্যামিনো অ্যাসিড বা নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সের জন্য একাধিক প্রান্তিককরণ প্রোগ্রাম

সাইনোপিসিস


mafft [অপশন] ইনপুট [> আউটপুট]

লিন্সি ইনপুট [> আউটপুট]

জিন্সি ইনপুট [> আউটপুট]

einsi ইনপুট [> আউটপুট]

fftnsi ইনপুট [> আউটপুট]

fftns ইনপুট [> আউটপুট]

nwns ইনপুট [> আউটপুট]

nwnsi ইনপুট [> আউটপুট]

mafft-প্রোফাইল group1 group2 [> আউটপুট]

ইনপুট, group1 এবং group2 FASTA ফর্ম্যাটে হতে হবে।

বর্ণনাঃ


MAFFT ইউনিক্স-এর মতো অপারেটিং সিস্টেমের জন্য একটি মাল্টিপল সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট প্রোগ্রাম। এটি প্রস্তাব
একাধিক প্রান্তিককরণ পদ্ধতির একটি পরিসীমা।

নির্ভুলতা-ভিত্তিক পদ্ধতি:
· L-INS-i (সম্ভবত সবচেয়ে নির্ভুল; <200 সিকোয়েন্সের জন্য প্রস্তাবিত; পুনরাবৃত্তিমূলক পরিমার্জন
স্থানীয় পেয়ারওয়াইজ সারিবদ্ধকরণ তথ্য অন্তর্ভুক্ত করার পদ্ধতি):

mafft --স্থানীয় পেয়ার -- সর্বোচ্চ করা 1000 ইনপুট [> আউটপুট]

লিন্সি ইনপুট [> আউটপুট]

· G-INS-i (অনুরূপ দৈর্ঘ্যের ক্রমগুলির জন্য উপযুক্ত; <200 ক্রমগুলির জন্য প্রস্তাবিত;
পুনরাবৃত্ত পরিমার্জন পদ্ধতি বিশ্বব্যাপী জোড়া অনুসারে প্রান্তিককরণ তথ্য অন্তর্ভুক্ত করে):

mafft --গ্লোবালপেয়ার -- সর্বোচ্চ করা 1000 ইনপুট [> আউটপুট]

জিন্সি ইনপুট [> আউটপুট]

· ই-আইএনএস-আই (বড় অসংখ্যাযোগ্য অঞ্চল ধারণকারী ক্রমগুলির জন্য উপযুক্ত; এর জন্য প্রস্তাবিত
<200 ক্রম):

mafft --ep 0 --জেনাফপেয়ার -- সর্বোচ্চ করা 1000 ইনপুট [> আউটপুট]

einsi ইনপুট [> আউটপুট]

E-INS-i এর জন্য, --ep 0 বিকল্প বড় ফাঁক অনুমতি সুপারিশ করা হয়.

গতি-ভিত্তিক পদ্ধতি:
· FFT-NS-i (পুনরাবৃত্ত পরিশোধন পদ্ধতি; শুধুমাত্র দুটি চক্র):

mafft -- বৃক্ষ 2 -- সর্বোচ্চ করা 2 ইনপুট [> আউটপুট]

fftnsi ইনপুট [> আউটপুট]

· FFT-NS-i (পুনরাবৃত্ত পরিশোধন পদ্ধতি; সর্বোচ্চ 1000 পুনরাবৃত্তি):

mafft -- বৃক্ষ 2 -- সর্বোচ্চ করা 1000 ইনপুট [> আউটপুট]

· FFT-NS-2 (দ্রুত; প্রগতিশীল পদ্ধতি):

mafft -- বৃক্ষ 2 -- সর্বোচ্চ করা 0 ইনপুট [> আউটপুট]

fftns ইনপুট [> আউটপুট]

· FFT-NS-1 (খুব দ্রুত; >2000 সিকোয়েন্সের জন্য প্রস্তাবিত; রুক্ষ সহ প্রগতিশীল পদ্ধতি
গাইড গাছ):

mafft -- বৃক্ষ 1 -- সর্বোচ্চ করা 0 ইনপুট [> আউটপুট]

· NW-NS-i (এফএফটি আনুমানিকতা ছাড়াই পুনরাবৃত্তিমূলক পরিশোধন পদ্ধতি; শুধুমাত্র দুটি চক্র):

mafft -- বৃক্ষ 2 -- সর্বোচ্চ করা 2 --নফ্ট ইনপুট [> আউটপুট]

nwnsi ইনপুট [> আউটপুট]

· NW-NS-2 (দ্রুত; FFT আনুমানিকতা ছাড়া প্রগতিশীল পদ্ধতি):

mafft -- বৃক্ষ 2 -- সর্বোচ্চ করা 0 --নফ্ট ইনপুট [> আউটপুট]

nwns ইনপুট [> আউটপুট]

· NW-NS-PartTree-1 (~10,000 থেকে ~50,000 সিকোয়েন্সের জন্য প্রস্তাবিত; প্রগতিশীল পদ্ধতি
PartTree অ্যালগরিদম সহ):

mafft -- বৃক্ষ 1 -- সর্বোচ্চ করা 0 --নফ্ট --পার্টট্রি ইনপুট [> আউটপুট]

দলে দলে প্রান্তিককরণ

mafft-প্রোফাইল group1 group2 [> আউটপুট]

বা:

mafft -- সর্বোচ্চ করা 1000 --বীজ group1 --বীজ group2 /dev/null [> আউটপুট]

বিকল্প


অ্যালগরিদম
--অটো
L-INS-i, FFT-NS-i এবং FFT-NS-2 থেকে স্বয়ংক্রিয়ভাবে একটি উপযুক্ত কৌশল নির্বাচন করে,
তথ্য আকার অনুযায়ী। ডিফল্ট: বন্ধ (সর্বদা FFT-NS-2)

--6 মারজোড়
ভাগ করা 6mers সংখ্যার উপর ভিত্তি করে দূরত্ব গণনা করা হয়। ডিফল্ট: চালু

--গ্লোবালপেয়ার
সমস্ত পেয়ারওয়াইজ অ্যালাইনমেন্ট নিডলম্যান-উন্স অ্যালগরিদম দিয়ে গণনা করা হয়। আরও
নির্ভুল কিন্তু --6 মারপেয়ারের চেয়ে ধীর। বিশ্বব্যাপী সারিবদ্ধ একটি সেটের জন্য উপযুক্ত
ক্রম ~200 ক্রম পর্যন্ত প্রযোজ্য। --maxiterate 1000-এর সাথে একটি সংমিশ্রণ
সুপারিশ করা হয় (G-INS-i)। ডিফল্ট: বন্ধ (6mer দূরত্ব ব্যবহার করা হয়)

--স্থানীয় পেয়ার
সমস্ত জোড়া সারিবদ্ধকরণ স্মিথ-ওয়াটারম্যান অ্যালগরিদমের সাথে গণনা করা হয়। আরও সঠিক
কিন্তু --6 merpair থেকে ধীর। স্থানীয়ভাবে সারিবদ্ধ ক্রমগুলির একটি সেটের জন্য উপযুক্ত।
~200 ক্রম পর্যন্ত প্রযোজ্য। --maxiterate 1000-এর সাথে একটি সংমিশ্রণ হল
প্রস্তাবিত (L-INS-i)। ডিফল্ট: বন্ধ (6mer দূরত্ব ব্যবহার করা হয়)

--জেনাফপেয়ার
সমস্ত পেয়ারওয়াইজ সারিবদ্ধকরণগুলি সাধারণীকৃত সহ একটি স্থানীয় অ্যালগরিদমের সাথে গণনা করা হয়
affine ফাঁক খরচ (Altschul 1998)। আরো নির্ভুল কিন্তু --6merpair এর চেয়ে ধীর। উপযুক্ত
যখন বড় অভ্যন্তরীণ ফাঁক প্রত্যাশিত হয়। ~200 ক্রম পর্যন্ত প্রযোজ্য। ক
--maxiterate 1000-এর সাথে সমন্বয় বাঞ্ছনীয় (E-INS-i)। ডিফল্ট: বন্ধ (6mer
দূরত্ব ব্যবহার করা হয়)

--ফাস্টপেয়ার
সমস্ত জোড়া সারিবদ্ধকরণ FASTA (Pearson and Lipman 1988) দিয়ে গণনা করা হয়। FASTA হল
প্রয়োজনীয় ডিফল্ট: বন্ধ (6mer দূরত্ব ব্যবহার করা হয়)

--ওজন সংখ্যা
জোড় অনুসারে সারিবদ্ধকরণ থেকে গণনা করা সামঞ্জস্যতার মেয়াদের জন্য ওয়েটিং ফ্যাক্টর। বৈধ
যখন --globalpair, --localpair, --genafpair, --fastapair বা --blastpair হয়
নির্বাচিত ডিফল্ট: 2.7

-- বৃক্ষ সংখ্যা
গাইড ট্রি নির্মিত হয়েছে সংখ্যা প্রগতিশীল পর্যায়ে বার. 6mer দূরত্ব সহ বৈধ।
ডিফল্ট: 2 X

-- সর্বোচ্চ করা সংখ্যা
সংখ্যা পুনরাবৃত্তিমূলক পরিশোধন চক্র সঞ্চালিত হয়. ডিফল্ট: 0

--এফএফটি
গ্রুপ থেকে গ্রুপ প্রান্তিককরণে FFT আনুমানিকতা ব্যবহার করুন। ডিফল্ট: চালু

--নফ্ট
গ্রুপ-টু-গ্রুপ অ্যালাইনমেন্টে FFT আনুমানিক ব্যবহার করবেন না। ডিফল্ট: বন্ধ

--ফলাফলশূন্য
সারিবদ্ধকরণ স্কোর পুনরাবৃত্তিমূলক পরিমার্জন পর্যায়ে পরীক্ষা করা হয় না। ডিফল্ট: বন্ধ (স্কোর
আমি পরীক্ষা করে দেখেছি)

--মেমসেভ
Myers-Miller (1988) অ্যালগরিদম ব্যবহার করুন। ডিফল্ট: স্বয়ংক্রিয়ভাবে চালু যখন
প্রান্তিককরণের দৈর্ঘ্য 10,000 (aa/nt) ছাড়িয়ে গেছে।

--পার্টট্রি
2007 মের দূরত্ব সহ একটি দ্রুত ট্রি-বিল্ডিং পদ্ধতি ব্যবহার করুন (PartTree, Katoh and Toh 6)।
একটি বড় সংখ্যার (> ~10,000) অনুক্রমের জন্য প্রস্তাবিত ইনপুট। ডিফল্ট: বন্ধ

--ডিপিপার্টট্রি
PartTree অ্যালগরিদম DP এর উপর ভিত্তি করে দূরত্বের সাথে ব্যবহার করা হয়। সামান্য আরো সঠিক এবং
--পার্টট্রির চেয়ে ধীর। একটি বড় সংখ্যার (> ~10,000) অনুক্রমের জন্য প্রস্তাবিত
ইনপুট. ডিফল্ট: বন্ধ

--ফাস্টপার্টট্রি
PartTree অ্যালগরিদম FASTA ভিত্তিক দূরত্বের সাথে ব্যবহার করা হয়। একটু বেশি নির্ভুল
এবং --parttree এর চেয়ে ধীর। একটি বড় সংখ্যার (> ~10,000) ক্রমগুলির জন্য প্রস্তাবিত৷
ইনপুট হয় FASTA প্রয়োজন। ডিফল্ট: বন্ধ

--খণ্ডিত সংখ্যা
PartTree অ্যালগরিদমে পার্টিশনের সংখ্যা। ডিফল্ট: 50

--গ্রুপ আকার সংখ্যা
থেকে বড় প্রান্তিককরণ করবেন না সংখ্যা ক্রম শুধুমাত্র --*পার্টট্রির সাথে বৈধ
বিকল্প ডিফল্ট: ইনপুট সিকোয়েন্সের সংখ্যা

স্থিতিমাপ
--op সংখ্যা
গ্রুপ থেকে গ্রুপ প্রান্তিককরণে ফাঁক খোলার পেনাল্টি। ডিফল্ট: 1.53

--ep সংখ্যা
অফসেট মান, যা গ্রুপ-টু-গ্রুপ সারিবদ্ধতার জন্য গ্যাপ এক্সটেনশন পেনাল্টির মতো কাজ করে।
ডিফল্ট: 0.123 X

--লোপ সংখ্যা
স্থানীয় পেয়ারওয়াইজ অ্যালাইনমেন্টে গ্যাপ ওপেনিং পেনাল্টি। বৈধ যখন --localpair বা
--genafpair বিকল্প নির্বাচন করা হয়েছে। ডিফল্ট: -2.00

--লেপ সংখ্যা
স্থানীয় জোড়া অনুসারে সারিবদ্ধকরণে অফসেট মান। বৈধ যখন --localpair বা --genafpair
বিকল্প নির্বাচন করা হয়। ডিফল্ট: 0.1

--লেক্সপ সংখ্যা
স্থানীয় পেয়ারওয়াইজ অ্যালাইনমেন্টে গ্যাপ এক্সটেনশন পেনাল্টি। বৈধ যখন --localpair বা
--genafpair বিকল্প নির্বাচন করা হয়েছে। ডিফল্ট: -0.1

--LOP সংখ্যা
প্রান্তিককরণ এড়িয়ে যাওয়ার জন্য ফাঁক খোলার পেনাল্টি। বৈধ যখন --genafpair বিকল্প হয়
নির্বাচিত ডিফল্ট: -6.00

--লেক্সপ সংখ্যা
সারিবদ্ধকরণ এড়িয়ে যাওয়ার জন্য গ্যাপ এক্সটেনশন পেনাল্টি। বৈধ যখন --genafpair বিকল্প হয়
নির্বাচিত ডিফল্ট: 0.00

--বিএল সংখ্যা
ব্লুসম সংখ্যা ম্যাট্রিক্স (Henikoff and Henikoff 1992) ব্যবহার করা হয়। সংখ্যা=30, 45, 62 বা 80।
ডিফল্ট: 62 X

--jtt সংখ্যা
জেটিটি পিএএম সংখ্যা (Jones et al. 1992) ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করা হয়। সংখ্যা>0 ডিফল্ট: BLOSUM62

--tm সংখ্যা
ট্রান্সমেমব্রেন PAM সংখ্যা (Jones et al. 1994) ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করা হয়। সংখ্যা>0 ডিফল্ট:
BLOSUM62

--aamatrix ম্যাট্রিক্সফাইল
একটি ব্যবহারকারী-সংজ্ঞায়িত AA স্কোরিং ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করুন। এর বিন্যাস ম্যাট্রিক্সফাইল যে একই
বিস্ফোরণ. উপেক্ষা করা হয় যখন নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স ইনপুট হয়। ডিফল্ট: BLOSUM62

--এফ মডেল
স্কোরিং ম্যাট্রিক্সে AA/nuc রচনা তথ্য অন্তর্ভুক্ত করুন। ডিফল্ট: বন্ধ

আউটপুট
--ক্লাস্টালআউট
আউটপুট বিন্যাস: ক্লাসাল বিন্যাস। ডিফল্ট: বন্ধ (ফাস্ট ফরম্যাট)

--ইনপুট অর্ডার
আউটপুট অর্ডার: ইনপুট হিসাবে একই. ডিফল্ট: চালু

--পুনঃক্রম
আউটপুট অর্ডার: সারিবদ্ধ। ডিফল্ট: বন্ধ (ইনপুটর্ডার)

--বৃক্ষ
গাইড গাছ আউটপুট হয় ইনপুট.ট্রি ফাইল। ডিফল্ট: বন্ধ

-- শান্ত
অগ্রগতি রিপোর্ট করবেন না। ডিফল্ট: বন্ধ

ইনপুট
--nuc
অনুমান করুন ক্রমগুলি নিউক্লিওটাইড। ডিফল্ট: স্বয়ংক্রিয়

--অ্যামিনো
অনুমান ক্রমগুলি অ্যামিনো অ্যাসিড। ডিফল্ট: স্বয়ংক্রিয়

--বীজ প্রান্তিককরণ1 [--বীজ প্রান্তিককরণ2 --বীজ প্রান্তিককরণ3 ...]
দেওয়া বীজ প্রান্তিককরণ প্রান্তিককরণ_n (fasta বিন্যাস) মধ্যে অনুক্রমের সাথে সারিবদ্ধ করা হয়
ইনপুট. প্রতিটি বীজের মধ্যে প্রান্তিককরণ সংরক্ষিত হয়।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে লিনসি ব্যবহার করুন


বিনামূল্যে সার্ভার এবং ওয়ার্কস্টেশন

উইন্ডোজ এবং লিনাক্স অ্যাপ ডাউনলোড করুন

  • 1
    Phaser
    Phaser
    Phaser একটি দ্রুত, বিনামূল্যে, এবং মজার খোলা
    উৎস HTML5 গেম ফ্রেমওয়ার্ক অফার করে
    WebGL এবং ক্যানভাস রেন্ডারিং জুড়ে
    ডেস্কটপ এবং মোবাইল ওয়েব ব্রাউজার। গেমস
    সহ হতে পারে...
    Phaser ডাউনলোড করুন
  • 2
    ভাসাল ইঞ্জিন
    ভাসাল ইঞ্জিন
    VASSAL তৈরির জন্য একটি গেম ইঞ্জিন
    ঐতিহ্যগত বোর্ডের ইলেকট্রনিক সংস্করণ
    এবং কার্ড গেম। এটি জন্য সমর্থন প্রদান করে
    গেম পিস রেন্ডারিং এবং মিথস্ক্রিয়া,
    এবং...
    ভাসাল ইঞ্জিন ডাউনলোড করুন
  • 3
    OpenPDF - iText এর কাঁটা
    OpenPDF - iText এর কাঁটা
    OpenPDF তৈরির জন্য একটি জাভা লাইব্রেরি
    এবং LGPL দিয়ে PDF ফাইল সম্পাদনা করা এবং
    এমপিএল ওপেন সোর্স লাইসেন্স। OpenPDF হল
    LGPL/MPL ওপেন সোর্স iText এর উত্তরসূরি,
    আছে ...
    OpenPDF ডাউনলোড করুন - iText এর ফর্ক
  • 4
    সাগা জিআইএস
    সাগা জিআইএস
    SAGA - স্বয়ংক্রিয় জন্য সিস্টেম
    ভূ-বৈজ্ঞানিক বিশ্লেষণ - একটি ভৌগলিক
    সাথে ইনফরমেশন সিস্টেম (GIS) সফটওয়্যার
    জিওডাটার জন্য বিশাল ক্ষমতা
    প্রক্রিয়াকরণ এবং ana...
    SAGA GIS ডাউনলোড করুন
  • 5
    Java/JTOpen এর জন্য টুলবক্স
    Java/JTOpen এর জন্য টুলবক্স
    Java/JTOpen এর জন্য IBM টুলবক্স হল a
    জাভা ক্লাসের লাইব্রেরি সমর্থন করে
    ক্লায়েন্ট/সার্ভার এবং ইন্টারনেট প্রোগ্রামিং
    OS/400 চালিত একটি সিস্টেমের মডেল,
    i5/OS, o...
    Java/JTOpen এর জন্য টুলবক্স ডাউনলোড করুন
  • 6
    D3.js
    D3.js
    D3.js (বা ডেটা-চালিত নথিগুলির জন্য D3)
    একটি জাভাস্ক্রিপ্ট লাইব্রেরি যা আপনাকে অনুমতি দেয়
    গতিশীল, ইন্টারেক্টিভ ডেটা তৈরি করতে
    ওয়েব ব্রাউজারে ভিজ্যুয়ালাইজেশন। D3 সহ
    আপনি...
    D3.js ডাউনলোড করুন
  • আরও »

লিনাক্স কমান্ডগুলি

Ad