এই কমান্ড locuspocus যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
locuspocus - প্রদত্ত জিন টীকা জন্য লোকাস স্থানাঙ্ক গণনা
সাইনোপিসিস
লোকসপোকাস [অপশন] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]
বর্ণনাঃ
মৌলিক বিকল্প:
-d|--ডিবাগ
টার্মিনালে বিস্তারিত ডিবাগিং বার্তা প্রিন্ট করুন (মান ত্রুটি)
-h|--- সাহায্য
এই সাহায্য বার্তাটি প্রিন্ট করুন এবং প্রস্থান করুন
-v|---সংস্করণ
প্রিন্ট সংস্করণ নম্বর এবং প্রস্থান করুন
iLocus পার্সিং:
-l|--ডেল্টা: INT
ইন্টারভাল লোকি পার্স করার সময়, জিন লোকি প্রসারিত করতে এবং অন্তর্ভুক্ত করতে নিম্নলিখিত ডেল্টা ব্যবহার করুন
সম্ভাব্য নিয়ন্ত্রক অঞ্চল; ডিফল্ট হল 500
-s|--- এড়িয়ে যায়
ইন্টারভাল লোকি গণনা করার সময়, অব্যক্ত (এবং সম্ভবত অসম্পূর্ণ) বাদ দিন
ক্রমটির উভয় প্রান্তে iLoci
-e|--এন্ডসনলি
সিকোয়েন্সের অব্যক্ত প্রান্তে শুধুমাত্র অসম্পূর্ণ iLocus টুকরা রিপোর্ট করুন
(এর পরিপূরক -- স্কিপেন্ড)
-y|---স্কিপিইলোচি
ইন্টারজেনিক iLoci রিপোর্ট করবেন না
পরিশোধন বিকল্প:
-r|---পরিমার্জন
ডিফল্ট জিন একই iLocus এ গোষ্ঠীভুক্ত করা হয় যদি তাদের কোনো ওভারল্যাপ থাকে; 'পরিমার্জন'
মোড ওভারল্যাপিং জিনগুলির আরও সংক্ষিপ্ত পরিচালনার জন্য অনুমতি দেয়
-c|---সিডিএস
জিন ওভারল্যাপ নির্ধারণের জন্য UTR-এর পরিবর্তে CDS ব্যবহার করুন; 'পরিমার্জন' মোড বোঝায়
-m|--মিনওভারল্যাপ: INT
নিউক্লিওটাইডের ন্যূনতম সংখ্যা দুটি জিনকে একই গ্রুপে ভাগ করতে ওভারল্যাপ করতে হবে
iLocus; ডিফল্ট হল 1
আউটপুট বিকল্পগুলি:
-n|--namefmt: STR
নতুনের জন্য ডিফল্ট আইডি বিন্যাস ওভাররাইড করতে একটি printf-স্টাইল বিন্যাস স্ট্রিং প্রদান করুন
তৈরি লোকি; ডিফল্ট হল 'locus%lu' (locus1, locus2, etc) loci এবং 'iLocus%lu' এর জন্য
(iLocus1, iLocus2, ইত্যাদি) ব্যবধান অবস্থানের জন্য; নোট করুন বিন্যাস স্ট্রিং একটি অন্তর্ভুক্ত করা উচিত
একক %lu স্পেসিফায়ার একটি দীর্ঘ স্বাক্ষরবিহীন পূর্ণসংখ্যা মান দিয়ে পূরণ করতে হবে
-i|--ilens: FILE
প্রতিটি ইন্টারজেনিক iLocus এর দৈর্ঘ্য সহ একটি ফাইল তৈরি করুন
-g|--genemap: FILE
প্রতিটি জিন টীকা থেকে একটি ম্যাপিং প্রদত্ত এর সাথে সংশ্লিষ্ট অবস্থানে মুদ্রণ করুন
ফাইল
-o|--আউটফাইল: FILE
ফাইলের নাম যেখানে ফলাফল লেখা হবে; ডিফল্ট হল টার্মিনাল (মান
আউটপুট)
-T|--রিটেইনডস
ইনপুট ফাইল থেকে মূল বৈশিষ্ট্য আইডি বজায় রাখা; ইনপুট দিলে দ্বন্দ্ব দেখা দেবে
সদৃশ আইডি মান রয়েছে
-t|---ট্রান্সম্যাপ: FILE
প্রতিটি ট্রান্সক্রিপ্ট টীকা থেকে এর সংশ্লিষ্ট অবস্থানে একটি ম্যাপিং মুদ্রণ করুন
দেওয়া ফাইল
-V|--বাক্য
GFF3 আউটপুটে সমস্ত লোকাস সাবফিচার (জিন, আরএনএ, ইত্যাদি) অন্তর্ভুক্ত করুন; ডিফল্ট
শুধুমাত্র locus বৈশিষ্ট্য অন্তর্ভুক্ত
ইনপুট বিকল্প:
-f|---ফিল্টার: TYPE
loci/iLoci নির্মাণে ব্যবহার করার জন্য বৈশিষ্ট্যের প্রকারের কমা দ্বারা পৃথক করা তালিকা; ডিফল্ট হয়
'জিন'
-p|--পিতা: CT:PT
যদি $CT টাইপের একটি বৈশিষ্ট্য অভিভাবক ছাড়া বিদ্যমান থাকে, তাহলে এই বৈশিষ্ট্যটির জন্য একজন অভিভাবক তৈরি করুন
$PT টাইপ সহ; উদাহরণস্বরূপ, mRNA:gene এর জন্য অভিভাবক হিসাবে একটি জিন বৈশিষ্ট্য তৈরি করবে
যেকোনো উচ্চ-স্তরের mRNA বৈশিষ্ট্য; এই বিকল্পটি একাধিকবার নির্দিষ্ট করা যেতে পারে
-u|---ছদ্ম
ভুলভাবে লেবেলযুক্ত সিউডোজিনগুলি সঠিক করুন
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে locuspocus ব্যবহার করুন
