এটি হল macs2_filterdup কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
macs2_filterdup - চিপ-সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য মডেল-ভিত্তিক বিশ্লেষণ
বর্ণনাঃ
ব্যবহার: macs2 filterdup [-h] -i আইফিল [আইফাইল...]
[-f {অটো,বাম,স্যাম,বেড,ইল্যান্ড,ইল্যান্ড মাল্টি,এল্যান্ড এক্সপোর্ট,বোটি}]
[-g GSIZE] [-s TSIZE] [-p PVALUE] [--কিপ-ডুপ রাখুন ডুপ্লিকেটস] [--ভার্বোস ভার্বোস]
[--আউটডির আউটডির] [-ও আউটপুটফাইল] [-ডি]
ঐচ্ছিক যুক্তি:
-h, --help
এই সাহায্য বার্তাটি দেখান এবং প্রস্থান করুন
-i আইফিল [আইফাইল...], --ফাইল আইফিল [আইফাইল...]
ChIP-seq প্রান্তিককরণ ফাইল। যদি একাধিক ফাইল '-t AB C' হিসাবে দেওয়া হয়, তাহলে তারা করবে
সব পড়া এবং একত্রিত করা. মনে রাখবেন পেয়ার-এন্ড ডেটা এর সাথে কাজ করার কথা নয়
আদেশ প্রয়োজন।
-f {অটো,বাম,স্যাম,বেড,এল্যান্ড,এল্যান্ড মাল্টি,এল্যান্ড এক্সপোর্ট,বোটি}, --ফরম্যাট
{অটো,বাম,স্যাম,বেড,এল্যান্ড,এল্যান্ড মাল্টি,এল্যান্ড এক্সপোর্ট,বোটি}
ট্যাগ ফাইলের বিন্যাস, "AUTO", "BED" বা "ELAND" বা "ELANDMULTI" বা "ELANDEXPORT" বা
"SAM" বা "BAM" বা "BOWTIE"। ডিফল্ট AUTO বিকল্পটি 'macs2 filterdup' করতে দেবে
ফাইলটি কোন ফর্ম্যাট তা নির্ধারণ করুন। আপনি যদি README ফাইলে সংজ্ঞা পরীক্ষা করুন
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE বেছে নিন। ডিফল্ট: "অটো"
-g GSIZE, --gsize GSIZE
কার্যকর জিনোম আকার. এটি 1.0e+9 বা 1000000000, বা শর্টকাট হতে পারে: মানুষের জন্য 'hs'
(2.7e9), মাউসের জন্য 'mm' (1.87e9), C. elegans (9e7) এর জন্য 'ce' এবং ফ্রুটফ্লাইয়ের জন্য 'dm'
(1.2e8), ডিফল্ট:hs
-s টিসাইজ, --সাইজ TSIZE
ট্যাগের আকার. এটি স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করা ট্যাগ আকারকে ওভাররাইড করবে৷ ডিফল্ট: সেট করা নেই
-p PVALUE, --pvalue PVALUE
দ্বিপদ বন্টন পরীক্ষার জন্য Pvalue কাটঅফ। ডিফল্ট:1e-5
--কিপ-ডাপ নকল করে রাখুন
এটি ডুপ্লিকেট ট্যাগ/জোড়ার প্রতি 'macs2 ফিল্টারডুপ' আচরণ নিয়ন্ত্রণ করে
ঠিক একই অবস্থান -- একই সমন্বয় এবং একই স্ট্র্যান্ড। 'অটো' বিকল্প
'macs2 filterdup' ঠিক একই অবস্থান ভিত্তিক সর্বোচ্চ ট্যাগ গণনা করে
দেওয়া ব্যবহার করে দ্বিপদ বিতরণের উপর -p pvalue cutoff হিসাবে; এবং 'সমস্ত' বিকল্পটি রাখে
প্রতিটি ট্যাগ (আপনি শুধুমাত্র বিন্যাস রূপান্তর করতে চান তাহলে দরকারী)। যদি একটি পূর্ণসংখ্যা দেওয়া হয়, এ
বেশিরভাগ ট্যাগ একই অবস্থানে রাখা হবে। দ্রষ্টব্য, MACS2 কলপিক
ফাংশন KEEPDUPLICATES=1 ডিফল্ট হিসাবে ব্যবহার করে। দ্রষ্টব্য, আপনি যদি samtools বা picard ব্যবহার করে থাকেন
বিট 1024-এ ডুপ্লিকেট ফ্ল্যাগ করতে, আপনি যেভাবেই সেট করুন না কেন MACS2 সেগুলি বাতিল করবে
নকল করে রাখুন। ডিফল্ট: স্বয়ংক্রিয়
-- ভারবোস ভার্বোস
ভার্বোস লেভেল সেট করুন। 0: শুধুমাত্র সমালোচনামূলক বার্তা দেখান, 1: অতিরিক্ত সতর্কতা দেখান
বার্তা, 2: প্রক্রিয়া তথ্য দেখান, 3: ডিবাগ বার্তা দেখান। জানতে চাইলে
যেখানে ডুপ্লিকেট রিড হয়, 3 ব্যবহার করুন। ডিফল্ট:2
-- বাইরে OUTDIR
নির্দিষ্ট করা হলে সমস্ত আউটপুট ফাইল সেই ডিরেক্টরিতে লেখা হবে। ডিফল্ট: the
বর্তমান কাজের ডিরেক্টরি
-o আউটপুট ফাইল, --অফিল আউটপুট ফাইল
আউটপুট BED ফাইলের নাম। নির্দিষ্ট না হলে, মানক আউটপুটে লিখবে। ডিফল্ট:
stdout
-d, --শুষ্ক রান
সেট করা হলে, ফিল্টারডুপ আউটপুট ফাইল লেখার পরিবর্তে শুধুমাত্র সংখ্যা আউটপুট করবে,
সর্বাধিক অনুমোদিত অনুলিপি সহ, ফিল্টার করার আগে মোট পড়ার সংখ্যা,
ফিল্টার করার পরে মোট পড়ার সংখ্যা এবং অপ্রয়োজনীয় হার। ডিফল্ট: সেট করা হয়নি
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে macs2_filterdup ব্যবহার করুন
