এটি হল mauveAligner কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
mauveAligner - দক্ষতার সাথে একাধিক জিনোম প্রান্তিককরণ নির্মাণ
সাইনোপিসিস
mauveAligner [বিকল্প] ...
ফাইলের নাম>
বর্ণনাঃ
মাউভ অ্যালাইনার এবং প্রগতিশীল মাউভ অ্যালাইনমেন্ট অ্যালগরিদমগুলি হিসাবে প্রয়োগ করা হয়েছে
কমান্ড-লাইন প্রোগ্রাম ডাউনলোডযোগ্য Mauve সফ্টওয়্যার সঙ্গে অন্তর্ভুক্ত. যখন থেকে চালান
কমান্ড-লাইন, এই প্রোগ্রামগুলি গ্রাফিক্যাল ইন্টারফেসে এখনও উপলব্ধ নয় এমন বিকল্পগুলি প্রদান করে।
বিকল্প
--আউটপুট=আউটপুট ফাইলের নাম.
ডিফল্টরূপে স্ক্রিনে প্রিন্ট করে
--মা শুধুমাত্র এমইউএমগুলি খুঁজুন, স্থানীয়ভাবে কোলিনিয়ার ব্লক (এলসিবি) নির্ধারণ করার চেষ্টা করবেন না
--নো-পুনরাবৃত্তি পুনরাবৃত্ত অ্যাঙ্কর সনাক্তকরণ সম্পাদন করবেন না (উচিত
--নো-গ্যাপড-সারিবদ্ধকরণ)
--নো-এলসিবি-এক্সটেনশন LCBs নির্ধারণ করলে, LCBs বাড়ানোর চেষ্টা করবেন না
--বীজ-আকার=প্রাথমিক বীজ ম্যাচের আকার, ডিফল্ট হল log_2 (গড় সেক। দৈর্ঘ্য)
--max-extension-iterations=এই সংখ্যায় LCB এক্সটেনশন সীমিত করুন,
ডিফল্ট হল 4
--বর্জন-অন্তর্ভুক্তি সাবসেট ম্যাচগুলিতে লিঙ্কযুক্ত অন্তর্ভুক্তি বাদ দিন।
--ওজন=অনুক্রম প্রতি বেস জোড়ায় ন্যূনতম LCB ওজন
--ম্যাচ-ইনপুট=মিলের জন্য অনুসন্ধানের পরিবর্তে নির্দিষ্ট মিল ফাইল ব্যবহার করুন
--lcb-ম্যাচ-ইনপুট ইঙ্গিত করে যে ম্যাচ ইনপুট ফাইলে এমন মিল রয়েছে যা হয়েছে
LCB-তে ক্লাস্টার করা হয়েছে
--lcb-ইনপুট=এলসিবি নির্মাণের পরিবর্তে নির্দিষ্ট এলসিবি ফাইল ব্যবহার করুন (এলসিবি এড়িয়ে যায়
প্রজন্ম)
--স্ক্র্যাচ-পাথ=বড় জিনোমের জন্য, অস্থায়ী তথ্য সংরক্ষণের জন্য একটি ডিরেক্টরি ব্যবহার করুন।
বিভিন্ন পথ দিয়ে দুই বা তার বেশি বার দিতে হবে।
--আইডি-ম্যাট্রিক্স=LCB পরিসংখ্যান তৈরি করুন এবং নির্দিষ্ট ফাইলে লিখুন
--দ্বীপ-আকার=প্রদত্ত সংখ্যার চেয়ে বড় দ্বীপ খুঁজুন
--দ্বীপ-আউটপুট=প্রদত্ত ফাইলটি আউটপুট দ্বীপ (প্রয়োজনীয় --দ্বীপের আকার)
--ব্যাকবোন-আকার=প্রদত্ত bp সংখ্যার চেয়ে দীর্ঘ মেরুদণ্ডের প্রসারিত খুঁজুন
--ম্যাক্স-ব্যাকবোন-গ্যাপ=ব্যাকবোন এই দৈর্ঘ্য পর্যন্ত ফাঁক দ্বারা বাধাপ্রাপ্ত করার অনুমতি দিন
bp
--ব্যাকবোন-আউটপুট=প্রদত্ত ফাইলটি আউটপুট দ্বীপ (প্রয়োজনীয় --দ্বীপের আকার)
--কভারেজ-আউটপুট=নির্দিষ্ট ফাইলে একটি কভারেজ তালিকা আউটপুট করুন (- stdout এর জন্য)
--পুনরাবৃত্তি একটি পুনরাবৃত্তি মানচিত্র তৈরি করে। শুধুমাত্র একটি ক্রম নির্দিষ্ট করা যেতে পারে
--আউটপুট-গাইড-ট্রি=মনোনীত ফাইলে একটি গাইড ট্রি লিখুন
-- সমরেখার অনুমান করুন যে ইনপুট সিকোয়েন্সগুলি সমরেখার - তাদের কোনও পুনর্বিন্যাস নেই৷
ফাঁক করা শ্রেণীবিন্যাস নিয়ন্ত্রণ:
--নো-গ্যাপড-সারিবদ্ধকরণ একটি ফাঁকা প্রান্তিককরণ সঞ্চালন করবেন না
--max-gapped-aligner-length=সারিবদ্ধ করার চেষ্টা করার জন্য বেস জোড়ার সর্বোচ্চ সংখ্যা
ফাঁক সারিবদ্ধকারী
--মিন-রিকারসিভ-গ্যাপ-লেংথ=ন্যূনতম আকারের ফাঁক যা Mauve পুনরাবৃত্তি করবে
MUM অ্যাঙ্করিং চালু (ডিফল্ট হল 200)
সাইন ইন অনুমান জরায়ু বিকল্প:
--পারমিউটেশন-ম্যাট্রিক্স-আউটপুট=LCB গুলিকে একটি স্বাক্ষরিত পারমুটেশন ম্যাট্রিক্স হিসাবে লিখুন
প্রদত্ত ফাইল
--পারমিউটেশন-ম্যাট্রিক্স-মিন-ওয়েট=প্রতিটির জন্য একটি পারমুটেশন ম্যাট্রিক্স লেখা হবে
এই মান এবং এর মানের মধ্যে ওজন সহ LCB-এর সেট --ওজন
শ্রেণীবিন্যাস আউটপুট বিকল্প:
--অ্যালাইনমেন্ট-আউটপুট-ডির=সারিবদ্ধকরণ ফাইলের একটি সেট আউটপুট করে (এলসিবি প্রতি একটি) এ
প্রদত্ত ডিরেক্টরি
--সারিবদ্ধকরণ-আউটপুট-ফরম্যাট=এর জন্য আউটপুট বিন্যাস নির্বাচন করে --সারিবদ্ধকরণ-আউটপুট-ডির
--আউটপুট-সারিবদ্ধকরণ=মনোনীত ফাইলে একটি XMFA বিন্যাস বিন্যাস লিখুন
সমর্থিত প্রান্তিককরণ আউটপুট ফর্ম্যাটগুলি হল: ফিলিপ, ক্লাসাল, এমএসএফ, নেক্সাস, মেগা, কোডন
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে mauveAligner ব্যবহার করুন
