āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ mauveToXMFA āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
addUnalignedIntervals - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
alignmentProjector - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
backbone_global_to_local - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
bbAnalyze - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
createBackboneMFA - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
getAlignmentWindows - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
getOrthologList - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
makeBadgerMatrix - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
mauveToXMFA - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
mfa2xmfa - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
ProjectAndStrip - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
randomGeneSample - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
stripGapColumns - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
stripSubsetLCBs - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
toGrimmFormat - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
toMultiFastA - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
toRawSequence - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
uniqueMerCount - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
uniquifyTrees - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
xmfa2maf - mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻāĻļ
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
āĻāĻ āĻ¸āĻ°āĻā§āĻāĻžāĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋ mauveAligner āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻāĻ¤āĨ¤ āĻ¤āĻžāĻ°āĻž āĻ¸ā§āĻĒāĻˇā§āĻāĻāĻžāĻŦā§ āĻ¨āĻĨāĻŋāĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ āĻ¨āĻž āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§
āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻāĻā§āĻˇāĻŋāĻĒā§āĻ¤ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻŽā§āĻĻā§āĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻā§ āĻ¯āĻž āĻāĻāĻžāĻ¨ā§ āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤
āĻ¸āĻāĻ¯ā§āĻāĻŋāĻ¤ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻ¯ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ <āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛> <āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛>
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻĒā§āĻ°āĻā§āĻā§āĻāĻ° <āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ xmfa> <āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ xmfa> <mfa SeQ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ> <mfa SeQ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ> <āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž of
seqs āĻĨā§āĻā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤, āĻļā§āĻ°ā§ at 0>
backbone_global_to_local <xmfa āĻĢāĻžāĻāĻ˛> <āĻĒāĻŋāĻ ā§āĻ° āĻšāĻžāĻĄāĻŧ āĻĢāĻžāĻāĻ˛> <āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛>
āĻŦāĻŋāĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ <xmfa āĻĢāĻžāĻāĻ˛> <āĻāĻžāĻāĻĄ āĻāĻžāĻ> <āĻĒāĻŋāĻ ā§āĻ° āĻšāĻžāĻĄāĻŧ seqpos āĻĢāĻžāĻāĻ˛> <āĻĒāĻŋāĻ ā§āĻ° āĻšāĻžāĻĄāĻŧ āĻĒāĻ°ā§āĻŦāĻ¤āĻŽāĻžāĻ˛āĻžāĻ° āĻā§āĻ˛ āĻĢāĻžāĻāĻ˛> <āĻā§āĻāĻž
SeQ index> <āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛>
āĻā§āĻāĻžāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ seq āĻ¸ā§āĻāĻ 0 āĻ āĻļā§āĻ°ā§ āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤
CreateBackboneMFA <āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛> <āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻŽāĻāĻĢāĻ āĻ¨āĻžāĻŽ>
āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻĒāĻžāĻ¨ <āĻāĻā§āĻ¸āĻāĻŽāĻāĻĢāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ> <āĻāĻžāĻ¨āĻžāĻ˛āĻž āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯> <āĻāĻžāĻ¨āĻžāĻ˛āĻž āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŽāĻžāĻŖ> <āĻŦā§āĻ¸ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ
āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ>
Get OrthologList Get OrthologList <āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ xmfa> <āĻĒāĻŋāĻ ā§āĻ° āĻšāĻžāĻĄāĻŧ SeQ āĻĢāĻžāĻāĻ˛> <āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ> <āĻ¸āĻŋāĻĄāĻŋāĻāĻ¸
āĻ āĻ°ā§āĻĨā§āĻ˛āĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ> <āĻ¸āĻŋāĻĄāĻŋāĻāĻ¸ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ āĻ¨āĻžāĻŽ>
āĻŽā§āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻŽā§āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ <āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ xmfa> <āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛> <āĻāĻ˛āĻ¸āĻŋāĻŦāĻŋ āĻ¤ā§āĻ˛ā§āĻ¯ āĻĢāĻžāĻāĻ˛>
mauveToXMFA mauveToXMFA <āĻŽāĻāĻ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ> <āĻāĻā§āĻ¸āĻāĻŽāĻāĻĢāĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ>
mfa2xmfa <MFA āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ> <āĻāĻā§āĻ¸āĻāĻŽāĻāĻĢāĻ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ> [āĻ āĻ¸āĻāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤āĻŋāĻšā§āĻ¨ āĻĢāĻžāĻ¸ā§āĻāĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ]
āĻĒā§āĻ°āĻā§āĻā§āĻ āĻāĻŦāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒ <āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ xmfa> <āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ xmfa> ...
āĻ¸āĻžāĻāĻā§āĻ¯āĻŋāĻ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻļāĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤āĻāĻžāĻ°ā§ 0 āĻĨā§āĻā§ āĻļā§āĻ°ā§ āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤
āĻāĻ˛ā§āĻŽā§āĻ˛ā§ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ° āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž <āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ xmfa> <āĻĒāĻŋāĻ ā§āĻ° āĻšāĻžāĻĄāĻŧ SeQ āĻĢāĻžāĻāĻ˛> <āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ> <āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž of āĻāĻŋāĻ¨>
<āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ āĻ¨āĻžāĻŽ> [āĻāĻ˛ā§āĻŽā§āĻ˛ā§ āĻŦā§āĻ]
āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ <āĻ¸āĻ āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ> <āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ> [āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻŋāĻ¤ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻĢāĻžāĻāĻ˛] [āĻ¸ā§āĻ˛ā§āĻāĻžāĻ¨]
stripGapColumns <āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ XMFA> <āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ XMFA>
āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒ āĻ¸āĻžāĻŦāĻ¸ā§āĻāĻāĻ˛āĻ¸āĻŋāĻŦāĻŋ <āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ xmfa> <āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ bbcols> <āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ xmfa> [āĻŽāĻŋāĻ¨āĻŋāĻ āĻāĻ˛āĻ¸āĻŋāĻŦāĻŋ āĻāĻāĻžāĻ°] [āĻŽāĻŋāĻ¨āĻŋāĻ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ]
[āĻāĻ˛ā§āĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻžāĻŦā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž āĻĨā§āĻā§ X kb]
āĻā§āĻ°āĻŋāĻŽ āĻĢāĻ°āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§ <āĻŽāĻāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ > <āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ 1 chr, āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ >... N chr, āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯>
āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻĢāĻžāĻ¸ā§āĻāĻ āĻĨā§āĻā§ <āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛> <āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ āĻ¨āĻžāĻŽ>
toRawSequence <āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻā§āĻ°āĻŽ > <āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛>
āĻ āĻ¨āĻ¨ā§āĻ¯MerCount <āĻŦāĻžāĻāĻžāĻ āĻāĻ°āĻž mer āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž>
āĻ āĻ¨āĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻžāĻ <āĻ¨ā§āĻā§āĻ¸āĻžāĻ¸ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛> <āĻ¨ā§āĻā§āĻ¸āĻžāĻ¸ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛>
āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻā§ āĻāĻāĻ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻ āĻā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸āĻž āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻ āĻā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸āĻ¨ āĻĨāĻžāĻāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
āĻ˛ā§āĻŦā§āĻ˛
xmfa2maf <xmfa āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ> <maf āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ>
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ mauveToXMFA āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨