এটি হল mcmc_analysis কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
mcmc_analysis - MCMC এর বিশ্লেষণ
সাইনোপিসিস
mcmc_analysis [বিকল্প] MCMC-ডেটা ...
বর্ণনাঃ
এই প্রোগ্রামটি MCMC আউটপুট পড়ে, এক বা একাধিক ফাইল থেকে, BEEP-এর প্রোগ্রাম থেকে
প্যাকেজ প্রতিটি ইনপুট ফাইলে একই কলাম থাকা গুরুত্বপূর্ণ।
ছক পূরণ করা:
বিন্যাসে MCMC পুনরাবৃত্তি থেকে আউটপুট
কোথায়
ফ্লোট বিন্যাসে সম্ভাবনার লগারিদম
ট্যাব হোয়াইটস্পেস ক্ষেত্রগুলিকে আলাদা করে
পুনরাবৃত্তির অর্ডিন্যালের জন্য একটি পূর্ণসংখ্যা
সেমিকোলন ধারণকারী ক্ষেত্রগুলির একটি তালিকা
MCMC এর পরামিতি।
MCMC প্যারামগুলি ফাইলের প্রথম লাইন দ্বারা টাইপ করা হয় এবং নাম দেওয়া হয়,
যা ফরম্যাটে আছে
# এল এন [ ( )]+
নাম অনন্য হতে হবে, কিন্তু হতে হবে না. দ্য এক
of
ভাসা
লগফ্লোট
পূর্ণসংখ্যা
বৃক্ষ
orthology pairs
এবং বাকি লাইনগুলিকে কীভাবে পার্স এবং বিশ্লেষণ করতে হয় তা অনুমান করতে ব্যবহৃত হয়।
আউটপুট ফরমেট:
MCMC চালানোর উপর একটি প্রতিবেদন, পরামিতিগুলির পরবর্তী অনুমান সহ।
বিকল্প
-b [ফ্লোট|INT]
শতকরা (0 <= x <1), বা ইনপুটের সংখ্যা (x পূর্ণসংখ্যা >= 1) হতে হবে
বার্নিন হিসাবে বর্জন করা হয়। ডিফল্ট: 0.1।
-p STRING এর
নামের প্যারামিটারটি প্লট করুন . আউটপুট হল দুটি কলাম, পুনরাবৃত্তি সংখ্যা এবং
পুনরাবৃত্তিতে প্যারামিটারের মান।
-i STRING এর
নামযুক্ত প্যারামিটার উপেক্ষা করুন। কলামের নামের জন্য MCMC আউটপুটে হেডার লাইন দেখুন। আপনি
কমা-ডিলিমিটেড ফরম্যাট ব্যবহার করে একসাথে একাধিক কলামের নাম দিতে পারে, (যেমন -i
দৈর্ঘ্য, নাম)। কলামের নামের মধ্যে কোনো স্পেস অনুমোদিত নয়।
-t বিশ্লেষণের জন্য আউটপুট LaTex.
-l ইনপুট ফাইলে নমুনার সংখ্যা গণনা করুন এবং রিপোর্ট করুন।
-এমপি NT প্লট করার জন্য সর্বাধিক পয়েন্ট।
-sp স্পষ্টভাবে প্লট পয়েন্ট নির্দেশ করুন.
-চোদা R-এ CODA প্যাকেজের জন্য আউটপুট ফাইল
-কোডাট্রিস
-coda-এর মতোই, কিন্তু ট্রি প্যারামিটার অন্তর্ভুক্ত। প্রতিটি গাছ একটি পূর্ণসংখ্যা আইডি হিসাবে আউটপুট হয়
(শৃঙ্খলে পরিদর্শনের ক্রম, 1,2,...)। কোনো গাছ লুকানোর জন্য -i ব্যবহার করতে ভুলবেন না
দৈর্ঘ্য/সময়/হার সমন্বিত।
-P সমান্তরাল চেইন। এটি বোঝায় যে (সমান্তরাল) নমুনার কয়েকটি ফাইল তালিকাভুক্ত করা হয়েছে।
URL টি
প্রাইম-ফাইলো হোম পেজ: http://prime.sbc.su.se
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে mcmc_analysis ব্যবহার করুন
