miraconvert - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

miraconvert - কনভার্ট অ্যাসেম্বলি এবং সিকোয়েন্সিং ফাইল প্রকার

সাইনোপিসিস

miraconvert [-চ ] [-ট [-টি ...]] [-aAChimMsuZ]
[-cflnNoPqrtvxXyYz {...}] {infile} {outfile} [ ...]

বিকল্প

-f
এই ধরনের প্রজেক্ট ফাইল লোড করুন, যেখানে fromtype হল:

CAF CAF থেকে একটি সম্পূর্ণ সমাবেশ বা একক সিকোয়েন্স

মাফ CAF থেকে একটি সম্পূর্ণ সমাবেশ বা একক সিকোয়েন্স

ফাস্ট একটি FASTA ফাইল থেকে ক্রম

fastq একটি FASTQ ফাইল থেকে ক্রম

gb[f|k|ff] একটি GenBank ফাইল থেকে ক্রম

পিএইচডি একটি পিএইচডি ফাইল থেকে ক্রম

fofnexp ফাইলের নামের ফাইল থেকে EXP ফাইলে ক্রম

-t
এই ধরনের ক্রম/সমাবেশ লিখুন (এর একাধিক উল্লেখ -t অনুমতি দেওয়া হয়):

টেক্কা সিকোয়েন্স বা এসিইতে সম্পূর্ণ সমাবেশ

CAF সিকোয়েন্স বা সিএএফে সম্পূর্ণ সমাবেশ

মাফ ক্রম বা MAF সম্পূর্ণ সমাবেশ

স্যাম SAM-এ সম্পূর্ণ সমাবেশ

samnbb উপরের মত, কিন্তু ম্যাপিং সমাবেশগুলিতে রেফারেন্স (ব্যাকবোন) বাদ দিয়ে

gb[f|k|ff] GenBank-এর ক্রম বা ঐক্যমত্য

gff3 GFF3 সম্মতি

পরচুলা ফাইল নড়াচড়া করতে সমাবেশ কভারেজ তথ্য

gcwig ফাইল নড়াচড়া করতে জিসি বিষয়বস্তু তথ্য সমাবেশ

ফাস্ট FASTA ফাইলের ক্রম বা ঐক্যমত্য (গুণমান থেকে .qual)

fastq FASTQ ফাইলের অনুক্রম বা ঐক্যমত

মেপুঃ ডিরেক্টরীতে EXP ফাইলে সিকোয়েন্স বা সম্পূর্ণ সমাবেশ। সম্পূর্ণ সমাবেশ
নির্দেশিত সমাবেশ হিসাবে gap4 আমদানির জন্য উপযুক্ত। দ্রষ্টব্য: আমদানি করতে caf2gap ব্যবহার করে
যদিও gap4 সুপারিশ করা হয়

পাঠ পাঠ্য সারিবদ্ধকরণে সম্পূর্ণ সমাবেশ (শুধুমাত্র যখন -f is CAF, মাফ or জিবিএফ)

এইচটিএমএল HTML-এ সম্পূর্ণ সমাবেশ (শুধুমাত্র যখন -f is CAF, মাফ or জিবিএফ)

টিসিএস টিসিএসে সম্পূর্ণ সমাবেশ

এইচএসএনপি SNP ট্যাগ (SROc, SAOc, SIOc) থেকে HTML (শুধুমাত্র যখন -f is CAF, মাফ
or জিবিএফ)

asnp SNP ট্যাগের বিশ্লেষণ (শুধুমাত্র যখন -f is CAF, মাফ or জিবিএফ)

cstats MIRA থেকে contig পরিসংখ্যান ফাইল (শুধুমাত্র যখন উৎসে contigs থাকে)

crlist কন্টিগ রিড লিস্ট ফাইল যেমন MIRA থেকে (শুধুমাত্র যখন উৎসে কনটিগ থাকে)

মুখোশ যেখানে সিকোয়েন্সিং ভেক্টর মাস্ক করা হয়েছে (X সহ) FASTA ফাইলে
(গুণ থেকে .qual)

স্কাফ সিকোয়েন্স বা সম্পূর্ণ সমাবেশ থেকে একক সিকোয়েন্স সিএএফ

-a পুনর্লিখনের পরিবর্তে টার্গেট ফাইলগুলিতে যোগ করুন

-A সিকোয়েন্স কেস সামঞ্জস্য করবেন না

ক্লিপিং পয়েন্টগুলিকে সংজ্ঞায়িত করে এমন ফর্ম্যাটগুলি পড়ার সময় এবং যেগুলি করে সেগুলিকে সংরক্ষণ করে৷
ক্লিপিং তথ্য নেই, miraconvert সাধারণত পড়ার ক্ষেত্রে সামঞ্জস্য করে
সিকোয়েন্স: ক্লিপ করা অংশের জন্য ছোট হাতের, রিডের আনক্লিপ করা অংশের জন্য বড় হাতের অক্ষর।
ব্যবহার -A যদি আপনি এই না চান. আরো দেখুন -C.

শুধুমাত্র ফাইল/ফরম্যাটের ক্ষেত্রে প্রযোজ্য যাতে কনটিগ থাকে না।

-b অন্ধ তথ্য

একটি 'c' দিয়ে রিডস/কন্টিগসের সমস্ত বেস প্রতিস্থাপন করে

-C পড়ার জন্য হার্ড ক্লিপ সম্পাদন করুন

ক্লিপিং পয়েন্টগুলিকে সংজ্ঞায়িত করে এমন ফর্ম্যাটগুলি পড়ার সময়, শুধুমাত্র আনক্লিপডগুলি সংরক্ষণ করবে
ফলাফল ফাইলে অংশ।

শুধুমাত্র ফাইল/ফরম্যাটের ক্ষেত্রে প্রযোজ্য যাতে কনটিগ থাকে না।

-d শুধু ফাঁক কলাম মুছুন

যখন আউটপুট কনটিগস হয়: কলামগুলি মুছুন যেগুলি সম্পূর্ণ ফাঁক (যেমন থাকার পরে)
gap4 বা অনুরূপ সম্পাদনার সময় মুছে ফেলা পড়া)

যখন আউটপুট পড়া হয়: রিডের ফাঁক মুছুন

-F বিভিন্ন ফাইলে রিড গ্রুপ ফিল্টার করুন

শুধুমাত্র রিডগ্রুপ (CAF/MAF) 3 (বা 4) ফাইল তৈরি করা ইনপুট ফাইলগুলির জন্য কাজ করে: একটি
জোড়া জন্য বা দুটি, unpaired জন্য একটি এবং ধ্বংসাবশেষ পড়ার জন্য একটি.

পেয়ার করা ফাইলে রিড ডিফল্টভাবে ইন্টারলেস করা হয়, ব্যবহার করুন -F দুইবার আলাদা তৈরি করতে
ফাইল।

-m কনটিগ তৈরি করুন (শুধুমাত্র এর জন্য -t = CAF or মাফ)

সিএএফ/এমএএফ ফাইলে কনটিগ সিঙ্গেল হিসেবে সিঙ্গেল রিড এনকেস করুন।

-n
দেওয়া হলে, সেই ফাইলে নাম দ্বারা প্রদত্ত শুধুমাত্র রিড বা কনটিগ নির্বাচন করে।

-N
মত -n, কিন্তু ফাইলে প্রদত্ত ক্রম অনুসারে আউটপুট সাজায়।

-i কখন -n ব্যবহার করা হয়, নির্বাচনকে উল্টে দেয়

-o t
FASTQ মানের অফসেট (শুধুমাত্র এর জন্য -f = 'fastq')

FASTQ ফাইলে মানের মানের অফসেট। 33 লোডের ডিফল্ট Sanger/Phred শৈলী
ফাইল, 0 ব্যবহার করে স্বয়ংক্রিয়ভাবে সনাক্ত করার চেষ্টা করে।

-P
MIRA প্যারামিটার সহ স্ট্রিং পার্স করা হবে

কনসেনসাস কলিংকে প্রভাবিত করার পরামিতি সেট করার সময় দরকারী -CO:mrpg ইত্যাদি

যেমন: -P "454_সেটিংস -CO:mrpg=3"

-q
মানের মান ছাড়াই ফাইল প্রকারের বেসের জন্য ডিফল্ট গুণমান সেট করুন। উপরন্তু, করবেন
প্রত্যাশিত মানের ফাইল অনুপস্থিত থাকলে থামবেন না (যেমন '.fasta')

-R
প্রদত্ত নামের স্ট্রিং সহ contigs/singlets/reads এর নাম পরিবর্তন করুন যেখানে একটি কাউন্টার
সংযুক্ত

পরিচিত বাগ: যদি ইনপুটে কনটিগ/সিঙ্গলেটও থাকে তবে ডুপ্লিকেট নাম তৈরি করবে
যেমন ফ্রি রিডস, অর্থাৎ কনটিগ বা সিঙ্গেলে নয়।

-S
(নাম)পড়ার নাম পরিবর্তনের স্কিম, পেয়ারড-এন্ডের জন্য গুরুত্বপূর্ণ। শুধু 'সোলেক্সা'
বর্তমানে সমর্থিত।

-T সিঙ্গেল রিডগুলিকে রূপান্তর করার সময়, N এবং X এবং এর শেষগুলি ট্রিম/ক্লিপ করুন
পড়ে দ্রষ্টব্য: ব্যবহার করতে ভুলবেন না -C এছাড়াও একটি হার্ড ক্লিপ সঞ্চালন (যেমন FASTA এর সাথে
আউটপুট)।

-v সংস্করণ নম্বর প্রিন্ট করুন এবং প্রস্থান করুন

-Y
ফলন। রূপান্তর করার জন্য সর্বাধিক (ক্লিপড/প্যাডেড) বেস।

যখন রিড-এ ব্যবহার করা হয়: আউটপুটে ফাইলের প্রথম রিডস থাকবে যেখানে ক্লিপ করা হয়েছে
বেস মোট অন্তত -Y. যখন contigs ব্যবহার করা হয়: আউটপুটে প্রথম contigs থাকবে
ফাইলের যেখানে প্যাডেড কনটিগের মোট দৈর্ঘ্য কমপক্ষে -Y.

নিম্নলিখিত সুইচগুলি তখনই কাজ করে যখন ইনপুট (CAF বা MAF) কনটিগ ধারণ করে। সাবধান: CAF এবং
MAf শুধু রিড ধারণ করতে পারে।

-M contigs (বা তাদের ঐক্যমত্য) নিষ্কাশন করবেন না, কিন্তু তারা পড়ার ক্রম
গঠিত.

-r [cCqf]
ঐকমত্য এবং/অথবা ঐকমত্য মানের মান এবং/অথবা SNP বৈশিষ্ট্য ট্যাগগুলি পুনরায় গণনা করুন।

'c' রিক্যাল্ক কনস এবং কনস গুণাবলী (IUPAC সহ)

'C' রিক্যাল্ক কনস এবং কনস গুণাবলী (জোর করে নন IUPAC)

'q' শুধুমাত্র ঐকমত্য গুণাবলী পুনরায় গণনা করুন

'f' SNP বৈশিষ্ট্যগুলি পুনরায় গণনা করুন

দ্রষ্টব্য: শুধুমাত্র শেষ cCq প্রাসঙ্গিক, f একটি সুইচ হিসাবে কাজ করে এবং একত্রিত করা যেতে পারে
সঙ্গে cQq (যেমন "-r C -r f")

দ্রষ্টব্য: যদি CAF/MAF-এ একাধিক স্ট্রেন থাকে, তাহলে কনস এবং কনস এর পুনঃগণনা
গুণাবলী বাধ্য করা হয়, আপনি শুধুমাত্র IUPAC ব্যবহার করা হয় কিনা তা প্রভাবিত করতে পারেন।

-s একটি একক ফাইল তৈরি করার পরিবর্তে একাধিক ফাইলে আউটপুট বিভক্ত করুন

-u 'ফিলআপ স্ট্রেন জিনোম'

একটি ঐক্যমত্য থেকে ক্রম সহ একটি স্ট্রেন (N বা @) এর জিনোমের গর্তগুলি পূরণ করুন
অন্যান্য স্ট্রেন

শুধুমাত্র সঙ্গে কার্যকর হয় -r এবং -t FASTA/Q-তে gbf বা fasta/q: বেস পূরণ করা হয়েছে
GBF-এ ছোট হাতের অক্ষর: পূর্ণাঙ্গ বেসগুলি বড় অক্ষরে

-Q
সর্বনিম্ন গুণমান সংজ্ঞায়িত করে একটি স্ট্রেনের ঐকমত্য বেস থাকতে হবে, ঐকমত্য বেস
এর নিচে 'N' হবে ডিফল্ট: 0

শুধুমাত্র সঙ্গে ব্যবহার করা হয় -r, এবং -f caf/maf এবং -t (ফাস্টা বা জিবিএফ)

-V
ন্যূনতম কভারেজ সংজ্ঞায়িত করে একটি স্ট্রেনের ঐকমত্য বেস থাকা আবশ্যক, সাথে বেস
এর নিচে কভারেজ হবে 'N' ডিফল্ট: 0

শুধুমাত্র সঙ্গে ব্যবহার করা হয় -r, এবং -t (ফাস্টা বা জিবিএফ)

-x
ন্যূনতম কনটিগ বা আনক্লিপড পঠিত দৈর্ঘ্য

লোড করার সময়, এই মানের থেকে কম দৈর্ঘ্য সহ সমস্ত কনটিগ/রিড বাতিল করুন।
ডিফল্ট: 0 (=সুইচ অফ)

দ্রষ্টব্য: কন্টিগগুলিতে পড়ার জন্য প্রয়োগ করা হয়নি!

-X
অনুরূপ, একই, সমতুল্য -x কিন্তু শুধুমাত্র পড়া এবং তারপর ক্লিপ করা দৈর্ঘ্যের ক্ষেত্রে প্রযোজ্য।

-y
ন্যূনতম গড় কন্টিগ কভারেজ লোড করার সময়, গড় সহ সমস্ত কন্টিগ বাতিল করুন
কভারেজ এই মানের চেয়ে কম। ডিফল্ট: 1

-z
লোড করার সময় সর্বনিম্ন কন্টিগ-এ পড়ার সংখ্যা, একটি সংখ্যা সহ সমস্ত কন্টিগ বাতিল করুন
এই মানের চেয়ে কম পড়া। ডিফল্ট: 0 (=সুইচ অফ)

-l
যখন টেক্সট বা এইচটিএমএল হিসাবে আউটপুট: একটি সারিবদ্ধ লাইনে দেখানো বেসের সংখ্যা। ডিফল্ট:
60.

-c
যখন পাঠ্য বা এইচটিএমএল হিসাবে আউটপুট: অক্ষর প্যাড এন্ডগ্যাপ করতে ব্যবহৃত হয়। ডিফল্ট: ' ' (খালি)

উদাহরণ

miraconvert source.maf dest.sam

miraconvert source.caf dest.fasta wig ace

miraconvert -x 2000 -y 10 source.caf dest.caf

miraconvert -x 40 -C -F -F source.maf .fastq

miraconvert: আর্গুমেন্ট হিসাবে ইনফাইল এবং আউট-বেসনেম অনুপস্থিত!

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে miraconvert ব্যবহার করুন