এটি হল প্রোটিনঅর্থো5 কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
proteinortho5 - অর্থবিদ্যা সনাক্তকরণ টুল
সাইনোপিসিস
প্রোটিনঅর্থো5 [বিকল্প] FASTA1 FASTA2 [ফাস্ট...]
বর্ণনাঃ
প্রোটিনর্থো হল একটি স্বতন্ত্র টুল যা বড় ডেটাসেটের দিকে প্রস্তুত এবং ব্যবহার করে
মাল্টি-কোর হার্ডওয়্যারে চালানোর সময় বিতরণ করা কম্পিউটিং কৌশল। এটি একটি বাস্তবায়ন করে
পারস্পরিক সেরা প্রান্তিককরণ হিউরিস্টিক এর বর্ধিত সংস্করণ। প্রোটিনর্থো প্রয়োগ করা হয়েছিল
উপলব্ধ সমস্ত 717 ইউব্যাকটেরিয়াল জিনোমের সম্পূর্ণ সেটে অর্থোলগাস প্রোটিন গণনা করুন
2009 এর শুরুতে NCBI-তে। লেখকরা এতে উপস্থিত ত্রিশটি প্রোটিন সনাক্ত করতে সফল হন
সমস্ত ব্যাকটেরিয়া প্রোটিওমের 99%।
বিকল্প
-e= বিস্ফোরণের জন্য ই-মান [ডিফল্ট: 1e-05]
-p= ব্লাস্ট প্রোগ্রাম {blastn|blastp|blastn+|blastp+} [ডিফল্ট: blastp+]
-প্রকল্প=
সমস্ত ফলাফল ফাইল নামের জন্য উপসর্গ [ডিফল্ট: myproject]
- synteny
প্রাসঙ্গিক সংলগ্নতার দ্বারা অনুরূপ ক্রমগুলিকে আলাদা করতে PoFF এক্সটেনশন সক্রিয় করুন
(প্রতিটি .fasta এর জন্য .gff প্রয়োজন)
-ডপস= PoFF: অনুলিপি নির্ধারণ করতে সংলগ্ন হিউরিস্টিক জন্য পুনরাবৃত্তির সংখ্যা
অঞ্চল (ডিফল্ট: 0)
-cs= PoFF: সংলগ্ন ম্যাচের জন্য সর্বাধিক সাধারণ সাবস্ট্রিং (MCS) এর আকার (ডিফল্ট: 3)
-আলফা=
PoFF: সংলগ্ন স্থানের ওজন বনাম ক্রম সাদৃশ্য (ডিফল্ট: 0.5)
-ডেস্ক বর্ণনা ফাইল লিখুন (শুধুমাত্র NCBI FASTA ইনপুটের জন্য)
-রাখুন পুনঃব্যবহারের জন্য অস্থায়ী বিস্ফোরণ ফলাফল সঞ্চয় করে
- বল যেকোন ক্ষেত্রে বিস্ফোরণের ফলাফলের পুনঃগণনা জোর করে
-cpus= ব্যবহার করার জন্য প্রসেসরের সংখ্যা [ডিফল্ট: স্বয়ংক্রিয়]
-সেলফব্লাস্ট
সেলফব্লাস্ট প্রয়োগ করে, অর্থলগ ছাড়া প্যারালগ সনাক্ত করে
- একক
কোনো আঘাত ছাড়াই সিঙ্গেলটন জিন রিপোর্ট করুন
-পরিচয়=
মিনিট সেরা বিস্ফোরণ হিটের শতাংশের পরিচয় [ডিফল্ট: 25]
-cov= মিনিট % [ডিফল্ট: 50] এ সেরা বিস্ফোরণ সারিবদ্ধতার কভারেজ
-কন = মিনিট বীজগণিত সংযোগ [ডিফল্ট: 0.1]
-সিম= মিনিট অতিরিক্ত হিটের জন্য মিল (0..1) [ডিফল্ট: 0.95]
-ধাপ= 1 -> সূচক তৈরি করুন 2 -> ব্লাস্ট চালান (এবং ff-adj, যদি - synteny সেট করা হয়) 3 ->
ক্লাস্টারিং 0 -> সব (ডিফল্ট)
-ব্লাস্টপথ =
আপনার স্থানীয় বিস্ফোরণের পথ (যদি বিশ্বব্যাপী ইনস্টল না হয়)
-ভারবস
আপনাকে অগ্রগতি সম্পর্কে অবহিত রাখে
-পরিষ্কার প্রক্রিয়াকরণের পরে সমস্ত অপ্রয়োজনীয় ফাইল মুছে ফেলুন
-চিত্রলেখ গ্রাফ ফাইল তৈরি করুন (জোড়া অর্থবিদ্যা সম্পর্ক)
-ডিবাগ বাগ ট্র্যাকিংয়ের জন্য বিস্তারিত তথ্য দেয়
আরো নির্দিষ্ট বিস্ফোরণ পরামিতি দ্বারা সংজ্ঞায়িত করা যেতে পারে
-ব্লাস্ট প্যারামিটার ='[প্যারামিটার]' (যেমন -ব্লাস্ট প্যারামিটার ='-সেগ নং')
যদি কাজগুলি বেশ কয়েকটি মেশিনে বিতরণ করা উচিত, ব্যবহার করুন
-শুরু= ফাইল নম্বর দিয়ে শুরু করতে হবে (ডিফল্ট: 0)
-স্টপ্যাট= ফাইল নম্বর দিয়ে শেষ করতে হবে (ডিফল্ট: -1)
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে proteinortho5 ব্যবহার করুন
