এই কমান্ড পাইনাস্ট যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
PyNAST - সংক্ষিপ্ত ডিএনএ সিকোয়েন্সের প্রান্তিককরণ
সাইনোপিসিস
pynast [অপশন] {-আমি input_fp -t টেমপ্লেট_এফপি}
বর্ণনাঃ
[] ঐচ্ছিক ইনপুট নির্দেশ করে (অর্ডার গুরুত্বহীন) {} প্রয়োজনীয় ইনপুট নির্দেশ করে (অর্ডার
গুরুত্বহীন)
উদাহরণ ব্যবহার:
pynast -i my_input.fasta -t my_template.fasta
বিকল্প
--সংস্করণ
প্রোগ্রামের সংস্করণ নম্বর দেখান এবং প্রস্থান করুন
-h, --help
এই সাহায্য বার্তাটি দেখান এবং প্রস্থান করুন
-t TEMPLATE_FP, --টেমপ্লেট_এফপি=TEMPLATE_FP
টেমপ্লেট সারিবদ্ধকরণ ফাইলের পথ [প্রয়োজনীয়]
-i INPUT_FP, --ইনপুট_এফপি=INPUT_FP
ফাস্টা ফাইল ইনপুট করার পথ [প্রয়োজনীয়]
-v, -- ভারবোস
সম্পাদনের সময় অবস্থা এবং অন্যান্য তথ্য মুদ্রণ করুন [ডিফল্ট: মিথ্যা]
-p MIN_PCT_ID, --মিন_পিসিটি_আইডি=MIN_PCT_ID
একটি সিকোয়েন্সকে ম্যাচ হিসেবে বিবেচনা করার জন্য ন্যূনতম শতাংশ সিকোয়েন্স আইডেন্টিটি [ডিফল্ট: 75.0]
-l আবশ্যিকভাবে MIN_LEN, --মিন_লেন=আবশ্যিকভাবে MIN_LEN
NAST প্রান্তিককরণে অন্তর্ভুক্ত করার জন্য ন্যূনতম ক্রম দৈর্ঘ্য [ডিফল্ট: 1000]
-m PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD, --পেয়ারওয়াইজ_সারিবদ্ধকরণ_পদ্ধতি=PAIRWISE_ALIGNMENT_METHOD৷
পেয়ারওয়াইজ অ্যালাইনমেন্ট করার পদ্ধতি [ডিফল্ট: uclust]
-a FASTA_OUT_FP, --fasta_out_fp=FASTA_OUT_FP
ফলাফল সারিবদ্ধকরণ ফাইল সংরক্ষণের পথ [ডিফল্ট: ইনপুট ফাইলপথ থেকে উদ্ভূত]
-g LOG_FP, --log_fp=LOG_FP
লগ ফাইল সংরক্ষণের পথ [ডিফল্ট: ইনপুট ফাইলপথ থেকে উদ্ভূত]
-f FAILURE_FP, --failure_fp=FAILURE_FP
seqs ফাইল সংরক্ষণের পথ যা সারিবদ্ধ করতে ব্যর্থ হয় [ডিফল্ট: ইনপুট থেকে উদ্ভূত
ফাইল পাথ]
-e MAX_E_VALUE, --max_e_value=MAX_E_VALUE
অবমূল্যায়ন। PyNAST 1.2 এ সরানো হবে
-d BLAST_DB, --blast_db=BLAST_DB
অবমূল্যায়ন। PyNAST 1.2 এ সরানো হবে
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে pynast ব্যবহার করুন
