āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ raxmlHPC āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ¯āĻž āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻŦā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻĢā§āĻĄā§āĻ°āĻž āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨, āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MAC OS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ OnWorks āĻĢā§āĻ°āĻŋ āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻā§āĻ°āĻŽ:
NAME āĻāĻ°
āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨ - āĻāĻ˛ā§āĻŽā§āĻ˛ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸ā§āĻ˛āĻ°ā§āĻā§āĻĄ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
AVX āĻ¸āĻŽāĻ°ā§āĻĨāĻ¨ āĻ¸āĻš raxml āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨ (1 cpus)
āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ RAxML āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ 8.2.4 āĻ¯āĻž āĻāĻ˛ā§āĻāĻāĻžāĻ¨ā§āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¸ āĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻžāĻāĻžāĻāĻŋāĻ¸ 02 āĻ āĻā§āĻā§āĻŦāĻ° 2015 āĻ āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻļ āĻāĻ°ā§āĻā§āĨ¤
āĻāĻ¨ā§āĻĻā§āĻ°ā§ āĻāĻŦā§āĻ°āĻžāĻ° (HITS) āĻ¸āĻžāĻāĻŽāĻ¨ āĻŦāĻžāĻ°ā§āĻāĻžāĻ° āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ āĻ¤ā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻļāĻāĻ¸āĻŋāĻ¤ āĻā§āĻĄ āĻ āĻŦāĻĻāĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§
(HITS) āĻāĻ˛ā§āĻā§āĻ¸āĻŋ āĻā§āĻāĻ˛āĻ (HITS) Kassian Kobert (HITS) David Dao (KIT and HITS)
āĻ¨āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¨āĻā§āĻ˛ (āĻ¸ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄāĻŋāĻ¯āĻŧāĻž) āĻāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ āĻĢāĻŋāĻĢāĻžāĻ° (āĻāĻ¸āĻĄāĻŋāĻāĻ¸āĻ¸āĻŋ) āĻāĻāĻŋāĻĢā§āĻŽāĻŋ āĻāĻ¸ āĻāĻžāĻ¨āĻžāĻŦā§ (āĻāĻ¨āĻāĻ°āĻāĻāĻāĻĢāĻāĻ¸)
āĻāĻāĻžāĻĄāĻŧāĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻš āĻāĻ°ā§ RAxML-āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ˛ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻ°ā§āĻļ āĻāĻ°ā§āĻ¨
RAxML āĻā§āĻāĻ˛ āĻā§āĻ°ā§āĻĒā§āĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻŦāĻžāĻ āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨! āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻ¸āĻŦ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒāĻžāĻ āĻžāĻ¨, āĻ¸āĻ āĻŋāĻ
āĻāĻŽāĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ°āĻŖ, HW āĻāĻŦāĻ āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ āĻ¸āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĻŽā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°āĻŖ, āĻ¸ā§āĻāĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻ¤ā§āĻ°ā§āĻāĻŋ āĻŦāĻžāĻ°ā§āĻ¤āĻž āĻŽā§āĻĻā§āĻ°āĻŋāĻ¤
āĻĒāĻ°ā§āĻĻāĻžāĻ¯āĻŧ.
raxmlHPC[-SSE3|-AVX|-PTHREADS|-PTHREADS-SSE3|-PTHREADS-AVX|-āĻšāĻžāĻāĻŦā§āĻ°āĻŋāĻĄ
-s sequenceFileName -n āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ -m āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻŽāĻĄā§āĻ˛
[-āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ¨ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ¨ā§āĻĄāĻžāĻ°āĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻāĻāĻžāĻ° āĻ¸āĻžāĻŦāĻ¸ā§āĻāĻŽāĻĄā§āĻ˛] [-āĻŦāĻŋ
āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻ°âā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄāĻŽ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ° āĻ¸ā§āĻĄ] [-āĻŦāĻŋ wcCriterionThreshold] [-c numberOfCategories] [-C]
[-āĻĄāĻŋ] [-āĻĄāĻŋ] [-āĻ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻāĻĒāĻ¸āĻŋāĻ˛āĻ¨] [-āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻŦāĻžāĻĻ āĻĻāĻŋāĻ¨] [-āĻāĻĢ
a|A|b|B|c|C|d|D|e|E|F|g|Gh|H|i|I|j|J|k|m|n|N|o|p| P|q|r|R|s|S|t|T|u|v|V|w|W|x|y]
[-F] [-g groupingFileName] [-G placementThreshold] [-h] [-H] [-i
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻĨāĻŽāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ¨āĻ°ā§āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ] [-I autoFC|autoMR|autoMRE|autoMRE_IGN] [-j] [-J
MR|MR_DROP|MRE|STRICT|STRICT_DROP|T_ ] [-āĻā§] [-āĻā§] [-āĻāĻ˛ āĻāĻŽāĻāĻ°|āĻāĻŽāĻāĻ°āĻ|āĻāĻŋ_ ]
[-M] [-o outGroupName1[,outGroupName2[,...]]][-O] [-p parsimonyRandomSeed] [-P
āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻŽāĻĄā§āĻ˛] [-q āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ] [-āĻāĻ° āĻŦāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻ°āĻŋ āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¨ā§āĻāĻā§āĻ°āĻŋ] [-āĻāĻ°
binaryModelParamFile] [-S SecondaryStructureFile] [-t userStartingTree] [-T
numberOfThreads] [-u] [-U] [-v] [-V] [-w outputDirectory] [-W slidingWindowSize]
[-x āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻ°âā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄāĻŽ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°āĻŦā§āĻ] [-āĻāĻā§āĻ¸] [-āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ] [-āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ
quartetGroupingFileName|AnestralSequenceCandidatesFileName] [-z multipleTreesFile]
[-#|-N numberOfRuns|autoFC|autoMR|autoMRE|autoMRE_IGN]
[--mesquite][--āĻ¨ā§āĻ°āĻŦ][--no-seq-check][--no-bfgs]
[--asc-corr=stamatakis|felsenstein|lewis]
[--āĻĒāĻ¤āĻžāĻāĻž-āĻā§āĻ][--auto-prot=ml|bic|aic|aicc]
[--epa-keep-placements=number][--epa-acumulated-threshold=threshold]
[--epa-prob-threshold=threshold] [-JC69][--K80][--HKY85]
-a āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻāĻ˛āĻžāĻŽā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¤āĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ° āĻāĻāĻ¨ āĻŦāĻ°āĻžāĻĻā§āĻĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻ˛āĻžāĻŽ āĻāĻāĻ¨ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻ āĻāĻāĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ āĻ¯ā§āĻā§āĻ¨ āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻ° āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒā§āĻĨāĻ āĻāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖāĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻšāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻĨāĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ¸āĻžāĻĻāĻž āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨, āĻāĻĻāĻžāĻšāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ "example_weights" āĻĻā§āĻā§āĻ¨āĨ¤
-A RAxML-āĻ āĻŦāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧāĻŋāĻ¤ āĻ¸ā§āĻā§āĻ¨ā§āĻĄāĻžāĻ°āĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻāĻāĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻŽāĻĄā§āĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
PHASE āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ˛ā§āĻ° āĻŽāĻ¤ā§ āĻāĻāĻ āĻ¨āĻžāĻŽāĻāĻ°āĻŖ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§, āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ āĻŽāĻĄā§āĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋ: S6A, S6B,
S6C, S6D, S6E, S7A, S7B, S7C, S7D, S7E, S7F, S16, S16A, S16B
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 16-āĻ¸ā§āĻā§āĻ GTR āĻŽāĻĄā§āĻ˛ (S16)
-b āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖāĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž (āĻāĻ˛ā§āĻŽā§āĻ˛ā§ āĻŦā§āĻ) āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻāĻžāĻ˛ā§ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
-B 0.0 āĻāĻŦāĻ 1.0 āĻāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢā§āĻ˛ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯āĻž āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
MR-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻāĻĒāĻŋāĻ āĻŽāĻžāĻ¨āĻĻāĻŖā§āĻĄā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄāĨ¤ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤ āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻšāĻ˛ 0.03āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 0.03 (āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤ āĻ āĻāĻŋāĻā§āĻāĻ¤āĻžāĻāĻ¤āĻāĻžāĻŦā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ)
-c āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ RAxML-āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¤āĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ° āĻšāĻžāĻ° āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻž CAT-āĻ¤ā§ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻŦā§āĻ¯āĻā§āĻ¤āĻŋāĻāĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ-āĻ¸āĻžāĻāĻ āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻāĻŖāĻ¨āĻžāĻā§ āĻ¤ā§āĻŦāĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻŦāĻŋāĻ¤ āĻāĻ°āĻ¤ā§ numberOfCategories āĻ°ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 25
-C "-L" āĻāĻŦāĻ "-fi" āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻžāĻ°ā§āĻŦā§āĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻ¸āĻā§āĻˇāĻŽ āĻāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ āĻāĻ āĻāĻ°ā§ āĻāĻ¤ā§āĻĒāĻžāĻĻāĻ¨ āĻšāĻŦā§, āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§
āĻ¸ā§āĻāĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻ°āĻ āĻāĻžāĻ°ā§āĻŦā§āĻ¸ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
-d āĻāĻ˛ā§āĻŽā§āĻ˛ā§ āĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĨā§āĻā§ āĻāĻŽāĻāĻ˛ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨ āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
-D ML āĻ¸āĻžāĻ°ā§āĻ āĻāĻ¨āĻāĻžāĻ°āĻā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻŽāĻžāĻ¨āĻĻāĻŖā§āĻĄāĨ¤ āĻāĻ¤ā§āĻŽā§āĻ¯āĻŧ āĻšāĻ˛ā§ āĻāĻāĻŋ āĻāĻŽāĻāĻ˛ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦāĻ¨ā§āĻ§ āĻāĻ°ā§ āĻĻā§āĻŦā§
āĻĒāĻ°āĻĒāĻ° āĻĻā§āĻāĻŋ āĻ āĻ˛āĻ¸ SPR āĻĨā§āĻā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻĒā§āĻ¤ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ°āĻŦāĻŋāĻ¨āĻ¸āĻ¨-āĻĢā§āĻ˛ā§āĻĄāĻ¸ āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ
āĻāĻā§āĻ° āĻā§āĻ āĻŦāĻž 1% āĻāĻ° āĻ¸āĻŽāĻžāĻ¨āĨ¤ āĻā§āĻŦ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻĄā§āĻāĻžāĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤ā§ˇ
āĻā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸ā§āĻ° āĻļāĻ°ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻ˛ā§āĨ¤ 500 āĻāĻŋāĻ°āĻ āĻŦā§āĻļāĻŋ āĻā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸āĻž āĻ¸āĻš āĻāĻžāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¤ā§ āĻāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻāĻ° āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ āĻĻā§āĻŦā§
āĻāĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻŋāĻ 50% āĻāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻŋ āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻ¯āĻāĻ¨ āĻĢāĻ˛āĻ¨ āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻžāĻ°āĻžāĻĒ āĻāĻžāĻāĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
-e āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ˛āĻ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻāĻāĻ¨āĻŋāĻā§ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻā§āĻ˛āĻ¤āĻž āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻĒā§āĻ˛āĻāĻŋ
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 0.1
āĻŽāĻĄā§āĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻĒāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻĒāĻžāĻ¤ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻž
0.001 āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¸āĻžāĻāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻĒāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻĒāĻžāĻ¤ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§
-E āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻā§āĻ¸āĻā§āĻ˛ā§āĻĄ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨, āĻ¯āĻžāĻ¤ā§ āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻ āĻŦāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻĒā§āĻ¸āĻŋāĻĢāĻŋāĻā§āĻļāĻ¨ āĻĨāĻžāĻā§
āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦāĻžāĻĻ āĻĻāĻŋāĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ¨āĨ¤ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻāĻŋ āĻ¨ā§āĻā§āĻ¸āĻžāĻ¸ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻ°ā§āĻĒ, āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻāĻŋāĻ¤ā§ āĻāĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĨāĻžāĻāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ "100-200 300-400", āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ āĻāĻ˛āĻžāĻŽ āĻŦāĻžāĻĻ āĻĻāĻŋāĻ¤ā§, āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨, "100-100", āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŽāĻŋāĻļā§āĻ° āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨, āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻĒāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤āĻāĻžāĻŦā§ āĻ āĻāĻŋāĻ¯ā§āĻāĻŋāĻ¤ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ˛ā§āĻāĻž āĻšāĻŦā§āĨ¤
-f āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨:
"-fa": āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽā§ āĻ¸ā§āĻ°āĻž-āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻāĻŽāĻāĻ˛ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨
"-f A" āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨: āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻ°ā§āĻā§āĻĄ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¤ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°ā§āĻŦāĻĒā§āĻ°ā§āĻˇā§āĻ° āĻ°āĻžāĻā§āĻ¯ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
"-t" "-fb" āĻ¸āĻš: "-t" āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻžāĻā§ āĻĻā§āĻŦāĻŋ-āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻā§āĻ° āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻāĻāĻā§āĻ¨
āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻāĻžāĻā§
(āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨, āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻĨā§āĻā§) "-z" āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§
"-f B": āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻžāĻā§ br-len āĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻ° āĻāĻŦāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻāĻžāĻ° (GTR, alpha, āĻāĻ¤ā§āĻ¯āĻžāĻĻāĻŋ) āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
"-t" āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤
āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻļāĻžāĻāĻžāĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻĨāĻžāĻāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§āĨ¤ āĻļāĻžāĻāĻžāĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§ āĻ¨āĻž,
āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻŽāĻžāĻ¨ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¸ā§āĻā§āĻ˛ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤
"-fc": RAxML "-f C" āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¸āĻ āĻŋāĻāĻāĻžāĻŦā§ āĻĒāĻĄāĻŧāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§ āĻāĻŋāĻ¨āĻž āĻ¤āĻž āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨: āĻĒā§āĻ°ā§āĻŦāĻĒā§āĻ°ā§āĻˇ
āĻāĻŋāĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ¸ā§āĻ, āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻĻā§āĻ°āĻ āĻā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸āĻ¨ āĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
-Y āĻšā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻāĻ¸ā§āĻĒā§āĻ¸ "-fd" āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻŦāĻŋāĻāĻā§āĻ¤: āĻ¨āĻ¤ā§āĻ¨ āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻĒāĻžāĻšāĻžāĻĄāĻŧā§ āĻāĻĄāĻŧāĻž
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻāĻžāĻ˛ā§
"-f D": RELL āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻ¸āĻš āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻĒāĻžāĻšāĻžāĻĄāĻŧā§ āĻāĻ°ā§āĻšāĻŖ "-fe": āĻŽāĻĄā§āĻ˛+āĻļāĻžāĻāĻž āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
GAMMA/GAMMAI āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° "-f E" āĻāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯: āĻā§āĻŦ āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻžāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨, āĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻŽāĻžāĻ¨ā§ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° "-f F" āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯: āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻžāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨, āĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻŽāĻžāĻ¨ā§ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° "-fg" āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯: āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ āĻ¸āĻžāĻāĻ āĻ˛āĻ āĻāĻŽā§āĻĒāĻŋāĻāĻ
āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ°āĻŋāĻ āĻāĻ°ā§ āĻāĻžāĻ āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻĒāĻžāĻ¸
"-z" āĻāĻŦāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻ˛āĻŋāĻā§āĻ¨ āĻ¯āĻž āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻ˛ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒāĻĄāĻŧāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻāĻžāĻ° āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻāĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§!
"-f G": āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ āĻ¸āĻžāĻāĻ āĻ˛āĻ āĻāĻŽā§āĻĒāĻŋāĻāĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻ°āĻ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ°āĻŋāĻ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻ¯āĻžāĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻžā§ˇ
"-z" āĻāĻŦāĻ āĻ¸ā§āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻ˛āĻŋāĻā§āĻ¨ āĻ¯āĻž āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻ˛ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒāĻĄāĻŧāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻ¯āĻŧ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
"-fh": "-t" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻ¸ā§āĻ°āĻž āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻ˛āĻ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž (SH-āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž)
āĻāĻŦāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻā§āĻ "-z" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻāĻžāĻā§!
"-f H": "-t" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻāĻ¤ā§āĻ¤ā§āĻ°ā§āĻŖ āĻ¸ā§āĻ°āĻž āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻ˛āĻ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž (SH-āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž)
āĻāĻŦāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻā§āĻ "-z" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻšāĻŦā§ā§ˇ
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻ¯āĻŧ āĻāĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻŋāĻ
"-fi": "-t" āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻžāĻā§ IC āĻāĻŦāĻ TC āĻ¸ā§āĻā§āĻ° (Salichos and Rokas 2013) āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋ āĻāĻ°ā§
(āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨, āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻĨā§āĻā§) "-z" āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§
"-f I": āĻļāĻŋāĻāĻĄāĻŧāĻŦāĻŋāĻšā§āĻ¨ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽāĨ¤
āĻāĻāĻŋ āĻļāĻžāĻāĻžāĻ¯āĻŧ āĻļāĻŋāĻāĻĄāĻŧ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻāĻžāĻāĻā§ āĻļāĻŋāĻāĻĄāĻŧ āĻĻā§āĻ¯āĻŧ āĻ¯āĻž āĻāĻĒāĻŦā§āĻā§āĻˇā§āĻ° āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŽ āĻāĻžāĻ°āĻ¸āĻžāĻŽā§āĻ¯ āĻŦāĻāĻžāĻ¯āĻŧ āĻ°āĻžāĻā§
āĻŦāĻžāĻŽ āĻāĻŦāĻ āĻĄāĻžāĻ¨ āĻāĻĒāĻŦā§āĻā§āĻˇā§āĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ (āĻāĻĒāĻŦā§āĻā§āĻˇā§āĻ° āĻļāĻžāĻāĻžāĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¸āĻŽāĻˇā§āĻāĻŋ)āĨ¤ āĻ
āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤āĻŽ āĻāĻžāĻ°āĻ¸āĻžāĻŽā§āĻ¯ āĻ¸āĻā§āĻā§ āĻļāĻžāĻāĻž āĻ¸āĻŦāĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ āĻŦāĻŋāĻĻā§āĻ¯āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻž! āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻā§ āĻāĻžāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ "-t" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ¨āĨ¤
"-fj": āĻāĻāĻāĻŋ āĻŽā§āĻ˛ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĨā§āĻā§ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻĄ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻā§āĻ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻā§ "-b" āĻ¸āĻš āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ āĻāĻŦāĻ "-#" āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ˛āĻŋāĻĒāĻŋāĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
"-f J": "-t" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻā§ SH-āĻāĻ° āĻŽāĻ¤ā§ āĻ¸āĻŽāĻ°ā§āĻĨāĻ¨ āĻŽāĻžāĻ¨āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ "-fk":
āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ āĻ¨ā§āĻĒāĻ¸ā§āĻĨāĻŋāĻ¤ āĻĄā§āĻāĻž āĻ¸āĻš āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻĄā§āĻāĻž āĻ¸ā§āĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¤ā§ āĻĻā§āĻ°ā§āĻ āĻļāĻžāĻāĻžāĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻ āĻŋāĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻļāĻžāĻāĻž āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ.
āĻāĻ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻāĻŋ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° "-t", "-M", āĻāĻŦāĻ "-q" āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻžāĻ āĻāĻ°ā§āĨ¤ āĻāĻāĻž āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻāĻāĻ āĻšāĻŦā§
āĻā§āĻ āĻļāĻžāĻāĻž āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻ¸āĻš āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ, āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻāĻāĻ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻā§āĨ¤
"-fm": "-t" āĻāĻŦāĻ "-z" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻĻā§āĻāĻŋ āĻā§āĻā§āĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻĻā§āĻŦāĻŋ-āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻā§āĻ° āĻ¤ā§āĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ¯āĻĨāĻžāĻā§āĻ°āĻŽā§ āĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻĻā§āĻŦāĻŋ-āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻĒāĻŋāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°āĻ¸āĻ¨ āĻĒāĻžāĻ°āĻ¸ā§āĻĒāĻ°āĻŋāĻ āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻ°ā§āĻ āĻĢāĻŋāĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻĻā§āĻŦā§
āĻĻā§āĻāĻŋ āĻāĻžāĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒāĻžāĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧ. āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻāĻ˛
RAxML_bipartitionFrequencies.outpuFileName āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§ āĻ¯āĻžāĻ¤ā§ āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻĻā§āĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻā§āĻĄāĻŧāĻž-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻĻā§āĻŦāĻŋāĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĻ¨ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ
"-fn": āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻĨāĻžāĻāĻž āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻ˛āĻ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
GAMMA āĻŦāĻž GAMMA+P-Invar āĻāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ "-z" āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻāĻžāĻ!
"-f N": āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻĨāĻžāĻāĻž āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻ˛āĻ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
GAMMA āĻŦāĻž GAMMA+P-Invar āĻāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ "-z" āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻ¯āĻŧ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ
"-fo": āĻšāĻŋāĻāĻ°āĻŋāĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻāĻžāĻāĻ āĻĢ "-fp" āĻāĻžāĻĄāĻŧāĻžāĻ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§ āĻāĻŦāĻ āĻ§ā§āĻ° āĻāĻ¤āĻŋāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻšāĻžāĻĄāĻŧā§ āĻāĻĄāĻŧāĻž: āĻĒāĻžāĻ°āĻĢāĻ°ā§āĻŽ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻāĻāĻŋ āĻ āĻ¸āĻŽā§āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ°āĻŽā§āĻāĻŋāĻ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ā§ āĻ¨āĻ¤ā§āĻ¨ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻļā§āĻĻā§āĻ§ āĻ§āĻžāĻĒā§ āĻāĻŽāĻĒāĻŋ āĻ¯ā§āĻ
"-f P": āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻ¸āĻžāĻŦ āĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻā§āĻ¨ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ˛ā§āĻ¸āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻ¸āĻā§āĻāĻžāĻ˛āĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¤ā§ "-z" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§
āĻ¯āĻžāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻāĻ āĻ¸āĻžāĻŦāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻ¯āĻž "-t" āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽāĨ¤
"-fq": āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻā§āĻ āĻā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻā§āĻ˛ā§āĻāĻ° "-fr": āĻāĻŽā§āĻĒāĻŋāĻāĻ āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻ āĻ°āĻŦāĻŋāĻ¨āĻ¸āĻ¨-āĻĢā§āĻ˛ā§āĻĄāĻ¸ (RF)
āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻž āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ "-z" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻĒāĻžāĻ¸
āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻžāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¤ā§ āĻ¨ā§āĻĄ āĻ˛ā§āĻŦā§āĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖāĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻ¸āĻŽāĻ°ā§āĻĨāĻ¨ āĻŽāĻžāĻ¨ āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻāĻĒāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ āĻ¤āĻŦā§ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽāĻāĻŋāĻ āĻāĻ°āĻŦā§
āĻĻā§āĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻŦāĻžāĻĻ āĻāĻŖāĻ¨āĻž
āĻāĻāĻ¨āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻ°āĻŦāĻŋāĻ¨āĻ¸āĻ¨-āĻĢā§āĻ˛ā§āĻĄāĻ¸ (WRF) āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ
"-f R": āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŋāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻ āĻ°āĻŦāĻŋāĻ¨āĻ¸āĻ¨-āĻĢā§āĻ˛ā§āĻĄ (RF) āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
"-t" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻĒāĻžāĻ¸
āĻāĻŦāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ āĻā§āĻ āĻāĻžāĻ (āĻ¯ā§āĻā§āĻ˛ā§ āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸āĻžāĻ° āĻāĻĒāĻ¸ā§āĻ āĻĨāĻžāĻāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§) āĻāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻā§āĻā§
"-z"āĨ¤
āĻāĻ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻāĻŋ āĻā§āĻŦ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻā§āĻ¨āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ¯āĻ¤āĻž āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻĻā§āĻĻā§āĻļā§āĻ¯ā§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻ¯ā§ āĻāĻ° āĻāĻžāĻā§āĻˇā§āĻˇāĻāĻžāĻŦā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻ¯āĻžāĻŦā§ āĻ¨āĻž.
"-fs": āĻāĻāĻāĻŋ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻāĻŋāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĻŋāĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ˛āĻŋāĻˇā§āĻ āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻŦāĻŋāĻāĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ¸āĻžāĻŦāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ "-f S": āĻāĻāĻāĻŋ āĻ˛āĻŋāĻ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ¨ āĻāĻāĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻĒā§āĻ˛ā§āĻ¸āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧāĻžāĻ¸ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ "-ft" āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ āĻ¨ā§āĻĒā§āĻ°āĻžāĻŖāĻŋāĻ¤ āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž: āĻāĻ˛ā§āĻŽā§āĻ˛ā§ āĻāĻžāĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ āĻā§āĻ°āĻŋ "-f T" āĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§: ML āĻāĻ° āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻĒā§āĻā§āĻāĻžāĻ¨ā§āĻĒā§āĻā§āĻ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻĨā§āĻā§ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄ-āĻ āĻ˛ā§āĻ¨ āĻŽā§āĻĄā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨ "-fu": āĻŽāĻ°āĻĢā§āĻ˛āĻāĻŋāĻā§āĻ¯āĻžāĻ˛ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨
āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻāĻāĻ¨ āĻā§āĻ°āĻŽāĻžāĻā§āĻāĻ¨, āĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ¨ āĻā§āĻā§āĻāĻ° āĻĢāĻŋāĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻĻā§āĻŦā§āĨ¤
āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻā§ "-t" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ°ā§āĻĒāĻāĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
"-fv": āĻĒā§āĻā§āĻāĻžāĻ¨ā§āĻĒā§āĻā§āĻāĻāĻžāĻŦā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¤ā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦā§āĻļāĻāĻ¤ āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻā§āĻāĻā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ¸āĻ¨ā§āĻ¨āĻŋāĻŦā§āĻļ āĻĒāĻĄāĻŧā§āĻ¨
āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ -āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻ¤ā§āĻ¤ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ RAxML āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ§āĻžāĻ°āĻŖāĻāĻžāĻ°ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ (āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ + āĻĒā§āĻ°āĻļā§āĻ¨)
"-f V": āĻĒā§āĻā§āĻāĻžāĻ¨ā§āĻĒā§āĻā§āĻāĻāĻžāĻŦā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¤ā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦā§āĻļāĻāĻ¤ āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻā§āĻāĻā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ¸āĻ¨ā§āĻ¨āĻŋāĻŦā§āĻļ āĻĒāĻĄāĻŧā§āĻ¨
āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ -āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻ¤ā§āĻ¤ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ RAxML āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ¸āĻŽāĻ¨ā§āĻŦāĻŋāĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ (āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ + āĻā§āĻ¯ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§) āĻ¸āĻ¤āĻ°ā§āĻāĻ¤āĻž: āĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž
āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻāĻŋāĻ¨/āĻšā§āĻ˛-āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ āĻĄā§āĻāĻžāĻ¸ā§āĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻ°āĻ āĻĻāĻā§āĻˇ āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻžāĻ˛āĻ¨āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨!
"-fw": "-z" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻāĻāĻā§āĻā§āĻ āĻāĻžāĻā§ ELW āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻāĻžāĻ° āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻāĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§!
"-f W": "-z" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻāĻāĻā§āĻā§āĻ āĻāĻžāĻā§ ELW āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻ¯āĻŧ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
"-fx": āĻā§āĻĄāĻŧāĻž-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ ML āĻĻā§āĻ°āĻ¤ā§āĻŦ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨, ML āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻāĻāĻ¨ āĻāĻŽāĻĒāĻŋāĻ¤ā§ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
āĻ¸ā§āĻāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§-āĻ¸āĻāĻā§āĻāĻžāĻ¯āĻŧāĻŋāĻ¤ āĻā§āĻ°āĻŋ "-t" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§, āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° GAMMA-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻŽā§āĻĻāĻŋāĻ¤ā§ˇ
āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻžāĻ° āĻŽāĻĄā§āĻ˛
"-fy": āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¸āĻŋāĻŽāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦā§āĻļāĻāĻ¤ āĻā§āĻ°āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻā§āĻāĻā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¤ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ -āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻ¤ā§āĻ¤ āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ RAxML āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻ§āĻžāĻ°āĻŖāĻāĻžāĻ°ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ (āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ + āĻĒā§āĻ°āĻļā§āĻ¨)
"-f" āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻ¨āĻ¤ā§āĻ¨ āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻĒāĻžāĻšāĻžāĻĄāĻŧ āĻāĻ°ā§āĻšāĻŖ
-F āĻ¸ā§āĻ¯ā§āĻāĻ āĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ āĻā§āĻŦ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ CAT āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ ML āĻā§āĻ°āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻ¸āĻā§āĻˇāĻŽ āĻāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
āĻļā§āĻˇ āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻŽāĻž (āĻŽā§āĻŽāĻ°āĻŋ āĻ¸āĻāĻ°āĻā§āĻˇāĻŖ āĻāĻ°ā§)āĨ¤ āĻāĻ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻāĻŋ GAMMA āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻ¸ā§āĻ°āĻž-āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻ āĻāĻŽāĻāĻ˛ āĻā§āĻ°āĻŋāĻ° āĻĒā§āĻā§āĻāĻžāĻ¨ā§āĻĒā§āĻā§āĻ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨ āĻāĻĄāĻŧāĻžāĻ¤ā§ āĻŽāĻĄā§āĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋ
āĻļā§āĻˇāĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
-g āĻāĻ āĻā§āĻ°āĻŋāĻāĻŋāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻāĻ¨ āĻ¨ā§āĻ āĻāĻŽāĻ¨ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻšā§āĻŽā§āĻā§ āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻžāĻ° āĻā§āĻ°āĻŋāĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻ āĻšāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§, āĻ āĻ°ā§āĻĨāĻžā§ āĻ¸āĻŦ āĻā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸ āĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻž āĻāĻāĻŋāĻ¤ āĻ¨āĻ¯āĻŧ
-G āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§ āĻāĻŽāĻāĻ˛-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ āĻšāĻŋāĻāĻ°āĻŋāĻ¸ā§āĻāĻŋāĻāĻ¸ āĻ¸āĻā§āĻˇāĻŽ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ āĻŽāĻžāĻ¨ (āĻ¸āĻ¨ā§āĻ¨āĻŋāĻŦā§āĻļ āĻļāĻžāĻāĻžāĻ° āĻāĻā§āĻ¨āĻžāĻāĻļ āĻ§ā§āĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
āĻāĻŽāĻāĻ˛ āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻ¸āĻ¨ā§āĻ¨āĻŋāĻŦā§āĻļ)āĨ¤
-h āĻāĻ āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ āĻŦāĻžāĻ°ā§āĻ¤āĻž āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨.
-H āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻāĻžāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŽā§āĻĒā§āĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻ āĻā§āĻˇāĻŽ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻāĻžāĻ˛ā§
-i āĻāĻĒā§āĻ˛āĻāĻŋāĻāĻžāĻ˛ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ° āĻĒāĻ°āĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻĨāĻŽāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ¨āĻ°ā§āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ
āĻĢā§āĻ
-I āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻāĻ°āĻŋ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻāĻĒāĻŋāĻ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖāĨ¤ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨:
āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻ -āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧāĻŽā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻŽāĻžāĻĒāĻāĻžāĻ āĻŋ "-I autoMR"-āĻāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ "-I autoFC"
āĻŦāĻ°ā§āĻ§āĻŋāĻ¤ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻ -āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧāĻŽ āĻāĻā§āĻ¯āĻŽāĻ¤ā§āĻ¯ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻŽāĻ¤ā§āĻ¯ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻŽāĻžāĻ¨āĻĻāĻŖā§āĻĄ "-I autoMRE"
āĻŽāĻžāĻ¨āĻĻāĻŖā§āĻĄ "-I autoMRE_IGN" āĻŽā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ MRE āĻ āĻ¨ā§āĻ°ā§āĻĒ, āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻĻā§āĻŦāĻŋ-āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤
āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄā§āĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻ¤āĻžāĻ°āĻž āĻ¸āĻžāĻŽāĻā§āĻāĻ¸ā§āĻ¯āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ āĻāĻŋāĻ¨āĻž
āĻ āĻĨāĻŦāĻž āĻ¨āĻž. āĻāĻāĻŋ MRE āĻ āĻ¨ā§āĻāĻ°āĻŖ āĻāĻ°ā§ āĻ¤āĻŦā§ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤āĨ¤
āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻā§ "-z" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻŦā§āĻļ āĻāĻ¯āĻŧā§āĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ˛āĻŋāĻĒāĻŋ āĻ¸āĻš āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
-j āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§ āĻ¯ā§ āĻŽāĻ§ā§āĻ¯āĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄāĻžāĻ°ā§āĻĄ āĻāĻ˛āĻžāĻāĻžāĻ˛ā§āĻ¨ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻ˛ā§āĻāĻž āĻšāĻŦā§
āĻāĻŽāĻāĻ˛ āĻāĻŦāĻ āĻŦāĻŋāĻāĻ¸ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
-J "-J MR" āĻŦāĻž āĻŦāĻ°ā§āĻ§āĻŋāĻ¤ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻ āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧāĻŽā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻ āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧāĻŽā§āĻ° āĻāĻā§āĻ¯āĻŽāĻ¤ā§āĻ¯ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
"-J MRE" āĻ¸āĻš āĻāĻāĻŽāĻ¤ā§āĻ¯ āĻāĻžāĻ āĻŦāĻž "-J STRICT" āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻ ā§āĻ° āĻāĻā§āĻ¯āĻŽāĻ¤ā§āĻ¯ āĻāĻžāĻāĨ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻ¨ā§āĻ¯
āĻāĻžāĻ¸ā§āĻāĻŽ āĻ¸āĻŽā§āĻŽāĻ¤āĻŋ āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ >= 50%, T_ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ , āĻ¯ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ 100 >= NUM ââ>= 50āĨ¤
"-J STRICT_DROP" āĻāĻŦāĻ "-J MR_DROP" āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽ āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻāĻ° āĻāĻ°āĻŦā§ āĻ¯āĻž āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§
āĻĄā§āĻ°āĻĒāĻ¸ā§āĻ āĻ¯āĻžāĻ¤ā§ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¨āĻā§āĻ˛ āĻāĻ āĻāĻ˛ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤ āĻĻā§āĻ°ā§āĻŦā§āĻ¤ā§āĻ¤ āĻā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸āĻž āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤ āĻāĻžāĻāĻā§
"āĻ˛ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻā§āĻ¨ā§āĻāĻŋāĻ āĻāĻā§āĻ¯āĻŽāĻ¤ā§āĻ¯ āĻāĻ¨ā§āĻŽā§āĻāĻ¨"āĨ¤ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻāĻŋāĻ¤ā§ "-z" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻŦā§āĻļ āĻāĻ¯āĻŧā§āĻāĻāĻŋ UNROOTED āĻāĻžāĻ āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§
-k āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§ āĻ¯ā§ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻāĻ°āĻž āĻāĻžāĻāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻļāĻžāĻāĻžāĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻ¸āĻš āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻāĻāĻŋāĻ¤āĨ¤ āĻĻā§āĻ¯
āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻŋāĻā§āĻāĻž āĻĻā§āĻ°ā§āĻ āĻšāĻŦā§, āĻāĻžāĻ°āĻŖ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ¤ā§ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§
āĻ¯āĻĨāĻžāĻā§āĻ°āĻŽā§ GAMMA āĻŦāĻž GAMMA+P-āĻāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻļā§āĻˇāĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
-K āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻ¸ā§āĻā§āĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻŽāĻĄā§āĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ (āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ 32āĻāĻŋ āĻ°āĻžāĻā§āĻ¯)
RAxMLāĨ¤ āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ āĻŽāĻĄā§āĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻšāĻ˛: ORDERED, MK, GTRā§ˇ
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: GTR āĻŽāĻĄā§āĻ˛
-L IC āĻ¸āĻŽāĻ°ā§āĻĨāĻ¨ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ˛ā§āĻŦā§āĻ˛āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻā§āĻ¯āĻŽāĻ¤ā§āĻ¯ āĻāĻžāĻ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻžāĻŽāĻā§āĻ°āĻŋāĻ TC āĻŽāĻžāĻ¨ āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§
Salichos āĻāĻŦāĻ Rokas 2013-āĻ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻŦāĻŋāĻ¤āĨ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻ āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧāĻŽ āĻ¸āĻŽā§āĻŽāĻ¤ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
"-L MR" āĻŦāĻž "-L MRE"-āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻ°ā§āĻ§āĻŋāĻ¤ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻ āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧāĻŽā§āĻ° āĻāĻā§āĻ¯āĻŽāĻ¤ā§āĻ¯ āĻāĻžāĻāĨ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻž āĻāĻ¨ā§āĻ¯
āĻāĻāĻŽāĻ¤ā§āĻ¯ āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ >= 50%, āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ "-L T_ ", āĻ¯ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ 100 >= NUM ââ>= 50āĨ¤ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨
āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻŦā§āĻļ āĻāĻ¯āĻŧā§āĻāĻāĻŋ UNROOTED āĻāĻžāĻ āĻ§āĻžāĻ°āĻŖāĻāĻžāĻ°ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
"-z"!
-m āĻŦāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻ°āĻŋ (āĻŽāĻ°āĻĢā§āĻ˛āĻāĻŋāĻā§āĻ¯āĻžāĻ˛), āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄ, āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻ¸ā§āĻā§āĻ āĻŦāĻž āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄā§āĻ° āĻŽāĻĄā§āĻ˛
āĻāĻĒāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻ¨:
āĻŦāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻ°āĻŋ:
"-āĻŽāĻŋ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻāĻžāĻ[āĻāĻā§āĻ¸]"
: āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻšāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°āĻ āĻĢ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻ¤ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻŦā§āĻšāĻ¤ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻŖāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĻāĻā§āĻˇāĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĨ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ BINGAMMA-āĻāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§āĨ¤ āĻ¸āĻā§āĻā§
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
"-āĻŽāĻŋ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻāĻžāĻāĻŋ[āĻāĻā§āĻ¸]"
: āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻšāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°āĻ āĻĢ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻ¤ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻŦā§āĻšāĻ¤ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻŖāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĻāĻā§āĻˇāĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĨ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ BINGAMMAI āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§, āĻāĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§āĨ¤ āĻ¸āĻā§āĻā§
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
"-m ASC_BINCAT[X]"
: āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻšāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°āĻ āĻĢ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻ¤ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻŦā§āĻšāĻ¤ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻŖāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĻāĻā§āĻˇāĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĨ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ BINGAMMA-āĻāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§āĨ¤ āĻ¸āĻā§āĻā§
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻāĻāĻ¸āĻ¸āĻŋ
āĻāĻĒāĻ¸āĻ°ā§āĻ āĻ¨āĻŋāĻļā§āĻāĻŋāĻ¤āĻāĻ°āĻŖ āĻĒāĻā§āĻˇāĻĒāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻžāĻā§ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻāĻ°āĻŦā§āĨ¤
"-āĻŽāĻŋ āĻŦāĻŋāĻāĻāĻŽā§āĻŽāĻž[āĻāĻā§āĻ¸]"
: āĻšāĻžāĻ° āĻŦā§āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ°ā§āĻ¯ā§āĻ° GAMMA āĻŽāĻĄā§āĻ˛ (āĻāĻ˛āĻĢāĻž āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§)āĨ¤
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
"-m ASC_BINGAMMA[X]" : āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻžāĻ° GAMMA āĻŽāĻĄā§āĻ˛ (āĻāĻ˛āĻĢāĻž āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻāĻžāĻ° āĻšāĻŦā§
āĻāĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻŋāĻ).
ASC āĻāĻĒāĻ¸āĻ°ā§āĻ āĻ¨āĻŋāĻļā§āĻāĻŋāĻ¤āĻāĻ°āĻŖ āĻĒāĻā§āĻˇāĻĒāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻāĻ°āĻŦā§āĨ¤ āĻ¸āĻā§āĻā§
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
"-āĻŽāĻŋ āĻŦāĻŋāĻā§āĻāĻžāĻŽāĻžāĻ[āĻāĻā§āĻ¸]"
: BINGAMMA āĻāĻ° āĻŽāĻ¤āĻ, āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¸āĻžāĻāĻā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻĒāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¸āĻšāĨ¤
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
āĻ¨āĻŋāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻāĻāĻžāĻāĻĄāĻ¸:
"-m GTRCAT[X]"
: GTR + āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨ + āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻšāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°āĻ āĻĢ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻ¤ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻŦā§āĻšāĻ¤ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻŖāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĻāĻā§āĻˇāĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĨ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§ GTRGAMMA-āĻāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ āĻ¸āĻā§āĻā§
"X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨.
"-m GTRCATI[X]"
: GTR + āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨ + āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻšāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°āĻ āĻĢ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻ¤ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻŦā§āĻšāĻ¤ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻŖāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĻāĻā§āĻˇāĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĨ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§ GTRGAMMAI-āĻāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ āĻ¸āĻā§āĻā§
"X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨.
"-m ASC_GTRCAT[X]"
: GTR + āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨ + āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻšāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°āĻ āĻĢ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻ¤ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻŦā§āĻšāĻ¤ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻŖāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĻāĻā§āĻˇāĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĨ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§ GTRGAMMA-āĻāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ āĻ¸āĻā§āĻā§
"X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨. ASC āĻāĻĒāĻ¸āĻ°ā§āĻ
āĻ¨āĻŋāĻļā§āĻāĻŋāĻ¤āĻāĻ°āĻŖ āĻĒāĻā§āĻˇāĻĒāĻžāĻ¤āĻŋāĻ¤ā§āĻŦā§āĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻāĻ°āĻŦā§āĨ¤
"-m GTRGAMMA[X]"
: GTR + āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨ + āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° GAMMA āĻŽāĻĄā§āĻ˛
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻž (āĻāĻ˛āĻĢāĻž āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§)āĨ¤
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
"-m ASC_GTRGAMMA[X]" : GTR + āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨ + āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° GAMMA āĻŽāĻĄā§āĻ˛
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻž (āĻāĻ˛āĻĢāĻž āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§)āĨ¤ ASC āĻāĻĒāĻ¸āĻ°ā§āĻ āĻ¸āĻ āĻŋāĻ āĻšāĻŦā§
āĻ¨āĻŋāĻļā§āĻāĻŋāĻ¤āĻāĻ°āĻŖ āĻĒāĻā§āĻˇāĻĒāĻžāĻ¤āĻŋāĻ¤ā§āĻŦā§āĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻžāĨ¤ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨
āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
"-m GTRGAMMAI[X]"
: GTRGAMMA āĻāĻ° āĻŽāĻ¤āĻ, āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¸āĻžāĻāĻā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻĒāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¸āĻšāĨ¤
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻ¸ā§āĻā§āĻ:
"-āĻŽāĻŋ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻā§āĻ¯āĻžāĻ[āĻāĻā§āĻ¸]"
: āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻšāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°āĻ āĻĢ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻ¤ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻŦā§āĻšāĻ¤ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻŖāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĻāĻā§āĻˇāĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĨ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻāĻžāĻŽā§āĻŽāĻžāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§āĨ¤ āĻ¸āĻā§āĻā§
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
"-āĻŽāĻŋ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻāĻžāĻāĻŋ[āĻāĻā§āĻ¸]"
: āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻšāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°āĻ āĻĢ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻ¤ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻŦā§āĻšāĻ¤ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻŖāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĻāĻā§āĻˇāĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĨ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ MULTIGAMMAI-āĻāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§āĨ¤ āĻ¸āĻā§āĻā§
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
"-m ASC_MULTICAT[X]"
: āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻšāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°āĻ āĻĢ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻ¤ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻŦā§āĻšāĻ¤ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻŖāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĻāĻā§āĻˇāĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĨ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻžāĻ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻāĻžāĻŽā§āĻŽāĻžāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§āĨ¤ āĻ¸āĻā§āĻā§
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻāĻāĻ¸āĻ¸āĻŋ
āĻāĻĒāĻ¸āĻ°ā§āĻ āĻ¨āĻŋāĻļā§āĻāĻŋāĻ¤āĻāĻ°āĻŖ āĻĒāĻā§āĻˇāĻĒāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻžāĻā§ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻāĻ°āĻŦā§āĨ¤
"-āĻŽāĻŋ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻāĻžāĻŽā§āĻŽāĻž[āĻāĻā§āĻ¸]"
: āĻšāĻžāĻ° āĻŦā§āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ°ā§āĻ¯ā§āĻ° GAMMA āĻŽāĻĄā§āĻ˛ (āĻāĻ˛āĻĢāĻž āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§)āĨ¤
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
"-m ASC_MULTIGAMMA[X]" : āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻžāĻ° GAMMA āĻŽāĻĄā§āĻ˛ (āĻāĻ˛āĻĢāĻž āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻāĻžāĻ° āĻšāĻŦā§
āĻāĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻŋāĻ).
ASC āĻāĻĒāĻ¸āĻ°ā§āĻ āĻ¨āĻŋāĻļā§āĻāĻŋāĻ¤āĻāĻ°āĻŖ āĻĒāĻā§āĻˇāĻĒāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻāĻ°āĻŦā§āĨ¤ āĻ¸āĻā§āĻā§
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
"-āĻŽāĻŋ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻāĻžāĻŽā§āĻŽāĻžāĻ[āĻāĻā§āĻ¸]"
: MULTIGAMMA āĻāĻ° āĻŽāĻ¤ā§āĻ, āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¸āĻžāĻāĻā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻĒāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¸āĻšāĨ¤
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻ¸ā§āĻā§āĻ āĻ āĻā§āĻāĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻ¨āĻā§āĻĄ āĻāĻ°āĻ¤ā§ 32āĻāĻŋ āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¤āĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ° āĻ āĻā§āĻˇāĻ° āĻ°āĻžāĻā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨, āĻ¤āĻžāĻ°āĻž
āĻ¨āĻŋāĻŽā§āĻ¨āĻ˛āĻŋāĻāĻŋāĻ¤ āĻā§āĻ°āĻŽā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻāĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, A, B, C, D, E,
F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V āĻ āĻ°ā§āĻĨāĻžā§, āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° 6āĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¤āĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ° āĻĨāĻžāĻā§
āĻ āĻā§āĻˇāĻ° āĻŦāĻ˛ā§ āĻ¯ā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻ¨āĻā§āĻĄ āĻāĻ°āĻ¤ā§ 0, 1, 2, 3, 4, 5 āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨āĨ¤ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨
āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋ-āĻ¸ā§āĻā§āĻ āĻ āĻā§āĻāĻ˛ā§āĻ° āĻŽāĻĄā§āĻ˛ "-K" āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻŋāĻ¨ā§ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻŋāĻĄ:
"-m PROTCATmatrixName[F|X]"
: āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ AA āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ + āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨ + āĻāĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨
āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻšāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°āĻ āĻĢ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻ¤ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻŦā§āĻšāĻ¤ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻŖāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĻāĻā§āĻˇāĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĨ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§ PROTGAMMAmatrixName[F|X] āĻāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĨ¤ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨
āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĨ¤
"-m PROTCATImatrixName[F|X]"
: āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ AA āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ + āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨ + āĻāĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨
āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻšāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°āĻ āĻĢ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻ¤ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻŦā§āĻšāĻ¤ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻŖāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĻāĻā§āĻˇāĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĨ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§ PROTGAMMAImatrixName[F|X] āĻāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĨ¤ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨
āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĨ¤
"-m ASC_PROTCATmatrixName[F|X]"
: āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ AA āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ + āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻžāĻ¨ + āĻāĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨
āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ
āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻšāĻžāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻā§ āĻāĻ˛āĻžāĻĻāĻž āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻŽā§āĻŦāĻ°āĻ āĻĢ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻ¤ā§ āĻļā§āĻ°ā§āĻŖā§āĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻŦā§āĻšāĻ¤ā§āĻ¤āĻ° āĻāĻŖāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻĻāĻā§āĻˇāĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ°ā§āĻ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĨ¤ āĻā§āĻĄāĻŧāĻžāĻ¨ā§āĻ¤ āĻāĻžāĻ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§ PROTGAMMAmatrixName[F|X] āĻāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻāĻžāĻŦā§ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĨ¤ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨
āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĨ¤ ASC āĻāĻĒāĻ¸āĻ°ā§āĻ āĻ¨āĻŋāĻļā§āĻāĻŋāĻ¤āĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻžāĻā§ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻāĻ°āĻŦā§
āĻĒāĻā§āĻˇāĻĒāĻžāĻ¤
"-m PROTGAMMAmatrixName[F|X]"
: āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ AA āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ + āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨ + āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° GAMMA āĻŽāĻĄā§āĻ˛
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻž (āĻāĻ˛āĻĢāĻž āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§)āĨ¤
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
"-m ASC_PROTGAMMAmatrixName[F|X]" : āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ AA āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ + āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ā§āĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨
āĻšāĻžāĻ° + āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° GAMMA āĻŽāĻĄā§āĻ˛
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻž (āĻāĻ˛āĻĢāĻž āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻŦā§)āĨ¤ ASC āĻāĻĒāĻ¸āĻ°ā§āĻ āĻ¸āĻ āĻŋāĻ āĻšāĻŦā§
āĻ¨āĻŋāĻļā§āĻāĻŋāĻ¤āĻāĻ°āĻŖ āĻĒāĻā§āĻˇāĻĒāĻžāĻ¤āĻŋāĻ¤ā§āĻŦā§āĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻžāĨ¤ āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻ āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨
āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
"-m PROTGAMMAImatrixName[F|X]"
: PROTGAMMAmatrixName[F|X] āĻāĻ° āĻŽāĻ¤āĻ, āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¤ā§ āĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ āĻ¨ā§āĻĒāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¸āĻš
āĻ¸āĻžāĻāĻāĨ¤
āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "X" āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ ML āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ AA āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻŽāĻĄā§āĻ˛: DAYHOFF, DCMUT, JTT, MTREV, WAG, RTREV, CPREV,
VT, BLOSUM62, MTMAM, LG, MTART, MTZOA, PMB, HIVB, HIVW, JTTDCMUT, FLU, STMTREV,
DUMMY, DUMMY2, AUTO, LG4M, LG4X, PROT_FILE, GTR_UNLINKED, GTR āĻāĻā§āĻāĻŋāĻ "F" āĻ¸āĻš
āĻĒāĻ°āĻŋāĻļāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ āĻāĻŋāĻā§āĻāĻ¤āĻžāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ¨āĨ¤ āĻ āĻā§āĻĢ āĻāĻŦāĻ
AUTOX āĻāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ°ā§āĻĨāĻŋāĻ¤ āĻ¨āĻ¯āĻŧ, āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¯āĻĻāĻŋ AUTO āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¤āĻžāĻšāĻ˛ā§ āĻāĻāĻŋ prot subst āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°āĻŦā§āĨ¤
āĻāĻāĻ¨ āĻ āĻāĻŋāĻā§āĻāĻ¤āĻžāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ āĻ¸āĻš āĻāĻŦāĻ āĻāĻžāĻĄāĻŧāĻž āĻŽāĻĄā§āĻ˛! āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¯ā§ āĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĻ¨āĻā§āĻ¤ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ-āĻāĻŋāĻ¨ AA āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨
āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ (āĻŦāĻŋāĻļāĻĻ āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ˛ āĻĻā§āĻā§āĻ¨)āĨ¤ āĻāĻāĻžāĻĄāĻŧāĻžāĻ āĻŽāĻ¨ā§ āĻ°āĻžāĻāĻŦā§āĻ¨ āĻ¯ā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¯āĻĻāĻŋ AA GTR āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĻŋāĻ¤ āĻĄā§āĻāĻžāĻ¸ā§āĻā§ āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ¤āĻŋ, āĻ¤āĻžāĻ°āĻž āĻā§āĻĄāĻŧā§ āĻ¸āĻāĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ (āĻāĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻŋāĻ āĻ¯ā§āĻĨāĻāĻžāĻŦā§) āĻšāĻŦā§
āĻāĻāĻžāĻ°-āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ°āĻžāĻŽā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻžāĻāĻā§āĻļāĻ¨ āĻāĻĄāĻŧāĻžāĻ¤ā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨
-M āĻ¸ā§āĻŦāĻ¤āĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ-āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨ āĻļāĻžāĻāĻžāĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻžāĻ˛ā§ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻļā§āĻ§ā§ āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻŦ āĻāĻā§
"-q" āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻāĻ¤ā§āĻ°ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻšāĻ˛ā§ āĻĒā§āĻĨāĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻļāĻžāĻāĻžāĻ° āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻšāĻŦā§
āĻĒā§āĻĨāĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§ āĻŽā§āĻĻā§āĻ°āĻŋāĻ¤ āĻļāĻžāĻāĻž āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ¨āĻ¯ā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻĄāĻŧ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ¸āĻāĻļā§āĻ˛āĻŋāĻˇā§āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨ āĻĻā§āĻ°ā§āĻā§āĻ¯ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
-n āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĨ¤
-o āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻ āĻāĻāĻāĻā§āĻ°ā§āĻĒā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻŦāĻž āĻāĻāĻāĻā§āĻ°ā§āĻĒāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻŽāĻž āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒā§āĻĨāĻ āĻāĻ°āĻž āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻž āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨, āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨
"-āĻ āĻāĻāĻĻā§āĻ°" āĻŦāĻž "-āĻ āĻāĻāĻĻā§āĻ°, āĻŽāĻžāĻāĻ¸", āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻāĻāĻāĻā§āĻ°ā§āĻĒ āĻŽāĻ¨ā§āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻ āĻ¨āĻž āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ āĻ¨āĻžāĻŽāĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻā§āĻ°ā§āĻĒ āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻŋāĻ¤ āĻšāĻŦā§, āĻāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻ¸ā§āĻĒā§āĻ¸ āĻ°āĻžāĻāĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻž
āĻā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸āĻ¨ āĻ¨āĻžāĻŽ!
-O āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§ āĻ¸āĻŽā§āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖāĻ°ā§āĻĒā§ āĻ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻ āĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŽā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻā§āĻ āĻ āĻā§āĻˇāĻŽ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻāĻ°ā§āĻŽāĻ¸ā§āĻāĻŋ āĻšāĻŦā§
"-O" āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ˛ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¤ā§āĻ°ā§āĻāĻŋ āĻŦāĻžāĻ°ā§āĻ¤āĻž āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻžāĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻā§āĻ āĻ¸āĻā§āĻˇāĻŽ
-p āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¸āĻŋāĻŽāĻ¨āĻŋ āĻāĻ¨āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻ˛ā§āĻŽā§āĻ˛ā§ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ° āĻŦā§āĻ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻāĻāĻŋ āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻā§ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻ¤āĻŋ āĻĻā§āĻ¯āĻŧ
āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻĢāĻ˛āĻžāĻĢāĻ˛ āĻĒā§āĻ¨āĻ°ā§āĻ¤ā§āĻĒāĻžāĻĻāĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻāĻŽāĻžāĻā§ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽ āĻĄāĻŋāĻŦāĻžāĻ āĻ¸āĻžāĻšāĻžāĻ¯ā§āĻ¯ āĻāĻ°āĻŦā§.
-P āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§-āĻ¸āĻāĻā§āĻāĻžāĻ¯āĻŧāĻŋāĻ¤ AA (āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨) āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻāĻ āĻ¨āĻĨāĻŋ
420āĻāĻŋ āĻāĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĨāĻžāĻāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§, āĻĒā§āĻ°āĻĨāĻŽ 400āĻāĻŋ āĻšāĻ˛ AA āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ āĻšāĻžāĻ° (āĻāĻāĻŋ āĻ āĻŦāĻļā§āĻ¯āĻ
āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸āĻŽ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻšāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§) āĻāĻŦāĻ āĻļā§āĻˇ 20 āĻšāĻ˛ āĻ āĻāĻŋāĻā§āĻāĻ¤āĻžāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ
-q āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯āĻžāĻ¤ā§ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ¸āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻžāĻāĻ¨āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻĒāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨āĨ¤ āĻāĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¸āĻŋāĻ¨āĻā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸ āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻāĻ°ā§
āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ˛ āĻĒāĻ°āĻžāĻŽāĻ°ā§āĻļ.
-r āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻ°āĻŋ āĻ¸ā§āĻŽāĻžāĻŦāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻž āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻāĻ āĻāĻžāĻ āĻšāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§ āĻ¨āĻž
āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻ, āĻ āĻ°ā§āĻĨāĻžā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¸ āĻ§āĻžāĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻž āĻāĻāĻŋāĻ¤ āĻ¨āĻ¯āĻŧ
-R āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻžāĻāĻ¨āĻžāĻ°āĻŋ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻāĻžāĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯āĻž āĻĒā§āĻ°ā§āĻŦā§ āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§
RAxML āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ -f āĻ āĻāĻžāĻ āĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĨ¤ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻāĻŋāĻ¤
āĻšāĻ¤ā§: RAxML_binaryModelParameters.runID
-s PHYLIP āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻĄā§āĻāĻž āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-S āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ¨ā§āĻĄāĻžāĻ°āĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻāĻāĻžāĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻāĻŋāĻ¤ā§ "" āĻĨāĻžāĻāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤ āĻāĻ¨ā§āĻ¯
āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ˛āĻžāĻŽ āĻ¯āĻž āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸ā§āĻā§āĻŽ āĻāĻŦāĻ āĻ āĻā§āĻˇāĻ°āĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻ āĻāĻļ āĻāĻ āĻ¨ āĻāĻ°ā§ āĻ¨āĻž "()<>[]{}" āĻĨā§āĻā§
āĻ¸ā§āĻā§āĻŽ āĻ āĻā§āĻāĻ˛ āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻŋāĻāĻĄā§āĻāĻ¨āĻ āĻ¸āĻāĻā§āĻāĻžāĻ¯āĻŧāĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-t Newick āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻļā§āĻ°ā§ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-T PTHREADS āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ°! āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¯ā§ āĻĨā§āĻ°ā§āĻĄ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ¨ āĻ¤āĻžāĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤ āĻ¨āĻŋāĻļā§āĻāĻŋāĻ¤ āĻāĻ°āĻž
āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻŽā§āĻļāĻŋāĻ¨ā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻ¸āĻŋāĻĒāĻŋāĻāĻ-āĻāĻ° āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻ¯āĻŧ "-T" āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨, āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻĨāĻžāĻ¯āĻŧ, āĻ¸ā§āĻāĻžāĻ¨ā§
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻļāĻžāĻ˛ āĻāĻ°ā§āĻŽāĻā§āĻˇāĻŽāĻ¤āĻž āĻšā§āĻ°āĻžāĻ¸ āĻšāĻŦā§!
-u āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° GAMMA āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻā§āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻāĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨āĻŋāĻāĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŽāĻ§ā§āĻ¯āĻŽ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻž
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
-U āĻŦāĻĄāĻŧ āĻā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ¤ā§ āĻĢāĻžāĻāĻ āĻāĻ˛āĻžāĻŽā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ SEV-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻŦāĻžāĻ¸ā§āĻ¤āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻŽā§āĻŽāĻ°āĻŋ āĻ¸āĻāĻ°āĻā§āĻˇāĻŖ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻā§āĻˇā§āĻāĻž āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻā§āĻļāĻ˛āĻāĻŋ āĻāĻāĻžāĻ¨ā§ āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§:
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/470 āĻāĻāĻŋ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° DNA āĻāĻŦāĻ/āĻ āĻĨāĻŦāĻž āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻžāĻ āĻāĻ°āĻŦā§
āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻĄā§āĻāĻž āĻāĻŦāĻ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻā§āĻĄā§āĻ° SSE3 āĻŦāĻž AVX-āĻā§āĻā§āĻ¸āĻāĻ°āĻžāĻāĻāĻĄ āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§āĨ¤
-v āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ āĻ¤āĻĨā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻ¨
-V āĻ¸āĻžāĻāĻ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻž āĻ āĻā§āĻˇāĻŽ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻšāĻžāĻ° āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻž āĻāĻžāĻĄāĻŧāĻžāĻ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤ā§. āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻžāĻ° CAT āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¤āĻžāĻšāĻ˛ā§āĻ āĻāĻžāĻ āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻšāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨
-w RAxML āĻ¤āĻžāĻ° āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ˛āĻŋāĻāĻŦā§ āĻāĻŽāĻ¨ āĻĄāĻŋāĻ°ā§āĻā§āĻāĻ°āĻŋāĻ° āĻ¸āĻŽā§āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖ (!) āĻĒāĻĨ
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻŽāĻžāĻ¨ āĻĄāĻŋāĻ°ā§āĻā§āĻāĻ°āĻŋ
-W āĻ˛āĻŋāĻ-āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ¨-āĻāĻāĻ āĻ¸āĻžāĻāĻ-āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻĒā§āĻ˛ā§āĻ¸āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻŦāĻžāĻ¯āĻŧāĻžāĻ¸ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸ā§āĻ˛āĻžāĻāĻĄāĻŋāĻ āĻāĻāĻ¨ā§āĻĄā§āĻ° āĻāĻāĻžāĻ°
"-f S" āĻāĻ° āĻ¸āĻāĻŽāĻŋāĻļā§āĻ°āĻŖā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻšāĻ˛ā§ āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻāĻ°
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 100āĻāĻŋ āĻ¸āĻžāĻāĻ
-x āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖāĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž (āĻāĻ˛ā§āĻŽā§āĻ˛ā§ āĻŦā§āĻ) āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻŋāĻ āĻāĻžāĻ˛ā§ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¸āĻžāĻŦāĻ§āĻžāĻ¨:
7.0.4 āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻĒāĻ°ā§āĻ¤ā§ RAxML āĻāĻ° āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¤ BS āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ˛āĻŋāĻĒāĻŋ āĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻžāĻ˛āĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻŦā§
āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ "-m" āĻāĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻā§āĻ¨ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨āĻ¤āĻžāĻā§ āĻšāĻžāĻ° āĻĻāĻŋāĻ¨ āĻāĻŦāĻ CAT āĻāĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻāĻ°ā§āĻĒā§ āĻ¨āĻ¯āĻŧ
-X āĻ¨ā§āĻā§āĻ° "-y" āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻŽāĻ¤ā§āĻ, āĻ¤āĻŦā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¸āĻŋāĻŽāĻ¨āĻŋ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨āĻāĻŋ āĻāĻ°āĻ āĻāĻĒāĻ°āĻŋāĻāĻžāĻā§āĻ°āĨ¤
RAxML āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻ˛ā§āĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻžāĻŦā§ āĻ§āĻžāĻĒā§ āĻ§āĻžāĻĒā§ āĻ¸āĻāĻ¯ā§āĻāĻ¨ āĻ āĻ°ā§āĻĄāĻžāĻ° āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¸āĻŋāĻŽāĻ¨āĻŋ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻŦā§
āĻā§āĻ¨ā§ āĻ āĻ¤āĻŋāĻ°āĻŋāĻā§āĻ¤ SPR āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻžāĻĻāĻ¨ āĻāĻžāĻĄāĻŧāĻžāĻ āĻĒā§āĻ¨āĻ°ā§āĻāĻ āĻ¨āĨ¤ āĻāĻ āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻšāĻžāĻ¯āĻŧāĻ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻā§āĻŦ āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻ¤ā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ°ā§-āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻŽ āĻĄā§āĻāĻžāĻ¸ā§āĻ, āĻ¯ā§āĻšā§āĻ¤ā§ āĻāĻāĻŋ āĻāĻĒā§āĻ˛āĻāĻŋāĻā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻŋ āĻāĻ°āĻ āĻŦā§āĻļāĻŋ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻŦāĻŋāĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻžāĻāĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
-y āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° RAxML āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¸āĻŋāĻŽāĻ¨āĻŋ āĻļā§āĻ°ā§ āĻšāĻāĻ¯āĻŧāĻž āĻāĻžāĻ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ¨ āĻ¤āĻŦā§ "-y" āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨,
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ°āĻŽā§āĻāĻŋāĻ āĻāĻžāĻā§āĻ° āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻĒāĻ°ā§ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽāĻāĻŋ āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻāĻ°āĻŦā§
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
-Y āĻāĻžāĻ°āĻāĻŋ āĻā§āĻ°ā§āĻĒ āĻ¸āĻāĻā§āĻāĻžāĻ¯āĻŧāĻŋāĻ¤ āĻāĻ°ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻā§āĻ āĻā§āĻ°ā§āĻĒāĻŋāĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻĒāĻžāĻ¸ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§āĻāĻžāĻ¨ āĻĨā§āĻā§ āĻā§āĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻā§āĻ āĻāĻāĻāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§
āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ āĻŦāĻŋāĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¸ā§ āĻ¨āĻŋāĻŽā§āĻ¨āĻ˛āĻŋāĻāĻŋāĻ¤ āĻāĻāĻžāĻ°ā§ 4āĻāĻŋ āĻā§āĻ°ā§āĻĒ āĻĨāĻžāĻāĻ¤ā§ āĻšāĻŦā§: (āĻŽā§āĻ°āĻāĻŋ, āĻŽāĻžāĻ¨āĻŦ,
āĻ˛ā§āĻ), (āĻāĻ°ā§, āĻāĻžāĻ°ā§āĻĒ), (āĻŽāĻžāĻāĻ¸, āĻāĻāĻĻā§āĻ°, āĻ¸ā§āĻ˛), (āĻ¤āĻŋāĻŽāĻŋ, āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻ); āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¨ā§āĻŦāĻ¯āĻŧā§ āĻāĻžāĻ āĻāĻ°ā§
āĻ¸āĻā§āĻā§ -f q!
-z āĻāĻāĻāĻŋ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§āĻāĻžāĻ¨ā§ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻā§āĻ°āĻŋ āĻ°āĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻ¯ā§āĻŽāĻ¨ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻĨā§āĻā§
āĻ¯ā§āĻāĻŋ "-t" āĻĻāĻŋāĻ¯āĻŧā§ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻāĻžāĻā§ āĻĻā§āĻŦāĻŋ-āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻā§āĻ° āĻŽāĻžāĻ¨ āĻāĻāĻāĻ¤ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻšāĻŦā§
"-fg" āĻāĻŦāĻ āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻāĻ¤ā§āĻ°ā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋ āĻ¸āĻžāĻāĻ āĻ˛āĻ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°āĻ¤ā§āĻ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§
āĻāĻ°āĻ āĻāĻ¯āĻŧā§āĻāĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻā§āĻā§āĻ āĻāĻžāĻ āĻĒāĻĄāĻŧāĻ¤ā§ ("-fh", "-fm", "-fn")āĨ¤
-#|-N āĻ¸āĻāĻŽāĻŋāĻļā§āĻ°āĻŖā§ āĻ¸ā§āĻŦāĻ¤āĻ¨ā§āĻ¤ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ°āĻŽā§āĻāĻŋāĻ āĻāĻžāĻāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ¤ā§ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
"-b" āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§, āĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŽāĻžāĻ˛ā§āĻāĻŋāĻĒāĻ˛ āĻŦā§āĻ¸ā§āĻā§āĻ°ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°āĻŦā§ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻā§āĻ¯ āĻ¯ā§ "-N"
āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻ¯ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§ āĻ¯ā§āĻšā§āĻ¤ā§ "-#" āĻŽāĻžāĻā§ āĻŽāĻžāĻā§ āĻāĻŋāĻā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¯āĻž āĻ¸ā§āĻˇā§āĻāĻŋ āĻāĻ°ā§
MPI āĻāĻžāĻāĻ°āĻŋ āĻāĻŽāĻž āĻĻā§āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ° āĻ¸āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĻŽ, āĻ¯ā§āĻšā§āĻ¤ā§ "-#" āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¯āĻŧāĻ āĻŽāĻ¨ā§āĻ¤āĻŦā§āĻ¯ āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧāĨ¤ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¯āĻĻāĻŋ
āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻāĻĒāĻŋāĻ āĻŽāĻžāĻ¨āĻĻāĻŖā§āĻĄ "-# autoMR" āĻŦāĻž "-# autoMRE" āĻŦāĻž "-# āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ¨
autoMRE_IGN" āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻžāĻāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻ -āĻ¨āĻŋāĻ¯āĻŧāĻŽ āĻāĻžāĻ āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻŽāĻžāĻ¨āĻĻāĻŖā§āĻĄā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ (āĻĻā§āĻā§āĻ¨ -I āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ) āĻŦāĻž "-#
āĻ āĻā§āĻāĻĢāĻ¸āĻŋ" āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻŽāĻžāĻ¨āĻĻāĻŖā§āĻĄā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĨ¤ āĻŦā§āĻāĻ¸ā§āĻāĻĒāĻŋāĻ āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻāĻžāĻ āĻāĻ°āĻŦā§
"-x" āĻŦāĻž "-b" āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻ¸āĻŽāĻ¨ā§āĻŦāĻ¯āĻŧ
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 1 āĻāĻāĻ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖ
--mesquite āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻāĻāĻāĻĒā§āĻ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¯āĻž Mesquite āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¸ āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
--āĻā§āĻĒ āĻ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻŽā§āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖāĻ°ā§āĻĒā§ āĻ¸āĻŽā§āĻĒāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¤ āĻ¸āĻ¤āĻ°ā§āĻāĻ¤āĻžāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻāĻāĻāĻ āĻ āĻā§āĻˇāĻŽ āĻāĻ°ā§
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖā§ āĻ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻ¸āĻžāĻāĻ
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
--āĻ¨ā§-āĻ¸ā§āĻ-āĻā§āĻ āĻ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻā§āĻ°āĻŽ āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻŽā§āĻĒā§āĻ°ā§āĻŖāĻ°ā§āĻĒā§ āĻāĻ¨āĻĒā§āĻ MSA āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°āĻž āĻ āĻā§āĻˇāĻŽ āĻāĻ°ā§ā§ˇ
āĻ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻ¸āĻžāĻāĻāĨ¤
āĻāĻ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻāĻŋ āĻ¸āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧ āĻāĻ°āĻž āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ āĻŦāĻžāĻāĻāĻžāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§, āĻŦāĻŋāĻļā§āĻˇ āĻāĻ°ā§ āĻŦāĻĄāĻŧ āĻĢāĻžāĻāĻ˛ā§āĻā§āĻ¨ā§āĻŽāĻŋāĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻā§, "-fc" āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻŋāĻāĻāĻ°āĻŖ āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻā§āĻ˛āĻŦā§āĻ¨ āĻ¨āĻž
āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒ!
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
--āĻ¨āĻž-āĻŦāĻŋāĻāĻĢāĻāĻŋāĻāĻ¸ āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻāĻ¨āĻŦāĻŋāĻšā§āĻ¨ GTR āĻšāĻžāĻ° āĻ āĻĒā§āĻāĻŋāĻŽāĻžāĻāĻ āĻāĻ°āĻ¤ā§ BFGS āĻĒāĻĻā§āĻ§āĻ¤āĻŋāĻ° āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻ āĻā§āĻˇāĻŽ āĻāĻ°ā§ā§ˇ
āĻĄāĻŋāĻāĻ¨āĻ āĻĄā§āĻāĻžāĻ¸ā§āĻ
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: BFGS āĻāĻžāĻ˛ā§
--asc-corr āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¯ā§ āĻ§āĻ°āĻ¨ā§āĻ° āĻ¨āĻŋāĻļā§āĻāĻŋāĻ¤āĻāĻ°āĻŖ āĻĒāĻā§āĻˇāĻĒāĻžāĻ¤ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ¨ āĻ¤āĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻ¤āĻŋ āĻĻā§āĻ¯āĻŧāĨ¤
3 āĻāĻā§
āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻ°: --asc-corr=āĻ˛ā§āĻāĻ¸: āĻĒāĻ˛ āĻ˛ā§āĻāĻ¸ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻāĻĻāĻ°ā§āĻļ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨
--asc-corr=āĻĢā§āĻ˛āĻ¸ā§āĻ¨āĻ¸ā§āĻāĻžāĻāĻ¨: āĻā§ āĻĢā§āĻ˛āĻ¸ā§āĻ¨āĻ¸ā§āĻāĻžāĻāĻ¨ āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°āĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻŋāĻ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻ¯āĻž āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻ¤āĻŋ āĻĻā§āĻ¯āĻŧ
āĻ¸ā§āĻĒāĻˇā§āĻāĻāĻžāĻŦā§ āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¸āĻžāĻāĻā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž (āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻžāĻ¨āĻž āĻĨāĻžāĻā§) āĻā§āĻ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ¯āĻŧāĨ¤
--asc-corr=stamatakis: āĻ¨āĻŋāĻā§āĻ° āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻĒā§āĻ°āĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻŋāĻ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻ¯āĻž āĻ¸ā§āĻĒāĻˇā§āĻāĻāĻžāĻŦā§ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻ¤āĻŋ āĻĻā§āĻ¯āĻŧ
āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ
āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻ āĻā§āĻˇāĻ°ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻ¨ā§āĻ¯āĻŧ āĻ¸āĻžāĻāĻā§āĻ° āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž (āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻžāĻ¨āĻž āĻĨāĻžāĻā§) āĻāĻāĻāĻ¨ āĻ¸āĻāĻļā§āĻ§āĻ¨ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ¯āĻŧ
āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĨ¤
--āĻĒāĻ¤āĻžāĻāĻž-āĻā§āĻ āĻāĻ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻāĻŋ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ, RAxML āĻļā§āĻ§ā§āĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻĢā§āĻ˛ā§āĻ¯āĻžāĻ āĻāĻā§ āĻāĻŋāĻ¨āĻž āĻ¤āĻž āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°āĻŦā§
āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ āĻāĻŦāĻ āĻ¤āĻžāĻ°āĻĒāĻ° āĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨
āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻ āĻŦā§āĻ§ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻĒāĻ¤āĻžāĻāĻž āĻ¤āĻžāĻ˛āĻŋāĻāĻžāĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻžāĻ°ā§āĻ¤āĻž āĻŦāĻž āĻāĻāĻāĻŋ āĻŦāĻžāĻ°ā§āĻ¤āĻž āĻŦāĻŋāĻŦā§āĻ¤āĻŋ āĻ¸āĻš
āĻ¯ā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻĒāĻ¤āĻžāĻāĻž āĻŦā§āĻ§āĨ¤
--āĻ āĻā§-āĻĒā§āĻ°ā§āĻ=ml|bic|aic|aicc āĻ¸ā§āĻŦāĻ¯āĻŧāĻāĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧ āĻĒā§āĻ°ā§āĻāĻŋāĻ¨ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻ¸āĻŽāĻ¯āĻŧ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻ¯āĻŧāĻ¨ āĻāĻ°āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻ¨ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŽāĻžāĻ¨āĻĻāĻŖā§āĻĄ.
RAxML āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ āĻĒā§āĻ°ā§āĻ āĻ¸āĻžāĻŦāĻ¸ā§āĻ āĻĒāĻ°ā§āĻā§āĻˇāĻž āĻāĻ°āĻŦā§āĨ¤ LG4M, LG4X āĻāĻŦāĻ āĻāĻžāĻĄāĻŧāĻž āĻŽāĻĄā§āĻ˛
GTR-āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻŽāĻĄā§āĻ˛, āĻ āĻāĻŋāĻā§āĻāĻ¤āĻžāĻŽā§āĻ˛āĻ āĻŦā§āĻ¸ āĻĢā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋ āĻ¸āĻš āĻāĻŦāĻ āĻāĻžāĻĄāĻŧāĻžāĨ¤ āĻŦā§āĻā§ āĻ¨āĻŋāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻ¨
ML āĻ¸ā§āĻā§āĻ° āĻāĻŋāĻ¤ā§āĻ¤āĻŋāĻ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŦāĻ BIC, AIC, āĻāĻŦāĻ AICc āĻŽāĻžāĻ¨āĻĻāĻŖā§āĻĄā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŽāĻŋāĻ˛āĻŋ
--epa-āĻāĻŋāĻĒ-āĻĒā§āĻ˛ā§āĻ¸āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ=āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ°āĻžāĻāĻ¤ā§ āĻāĻžāĻ¨ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ˛ā§āĻ¸āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻ¸āĻāĻā§āĻ¯āĻž āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
EPA āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻāĻ°āĻŋāĻĻāĻŽā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻĒāĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯āĨ¤
āĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§, āĻĒā§āĻ°āĻā§āĻ¤ āĻŽāĻžāĻ¨ āĻŽā§āĻĻā§āĻ°āĻŋāĻ¤ āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻāĻ¸ā§āĻ° āĻāĻĒāĻ°āĻ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°āĻŦā§
--epa-prob-threshold=āĻā§āĻŦāĻ°āĻžāĻ !
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 7
--epa-prob-threshold=āĻā§āĻŦāĻ°āĻžāĻ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻ¤āĻ°ā§āĻā§āĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻāĻŋ āĻļāĻ¤āĻžāĻāĻļ āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻāĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻāĻ° āĻāĻ°ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒāĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŖ
āĻāĻ āĻĒāĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻ§āĻžāĻ°āĻŖā§āĻ° āĻāĻāĻ¨āĨ¤ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¯āĻĻāĻŋ āĻāĻ āĻŽāĻžāĻ¨āĻāĻŋ 0.01 āĻĒā§āĻ˛ā§āĻ¸āĻŽā§āĻ¨ā§āĻā§ āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ¯ā§ āĻĒā§āĻ˛ā§āĻ¸āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻāĻāĻ¨ āĻāĻā§ āĻ¸āĻ°ā§āĻŦā§āĻā§āĻ āĻĒā§āĻ˛ā§āĻ¸āĻŽā§āĻ¨ā§āĻā§āĻ° 1 āĻļāĻ¤āĻžāĻāĻļ āĻāĻāĻ¨āĻ āĻšāĻŦā§
āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻ¨ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ˛ā§ āĻāĻ° āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ --epa-āĻāĻŋāĻĒ-āĻĒā§āĻ˛ā§āĻ¸āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻāĻāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻŽāĻ¤āĻŋ āĻĻā§āĻ¯āĻŧ
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: 0.01
--epa-āĻ¸āĻā§āĻāĻŋāĻ¤-āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ=āĻā§āĻŦāĻ°āĻžāĻ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻā§āĻāĻŋāĻ¤ āĻ¸āĻŽā§āĻāĻžāĻŦāĻ¨āĻž āĻāĻāĻ¨ āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻāĻŋāĻˇā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨
āĻ¯āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒāĻ āĻŋāĻ¤ āĻŦāĻŋāĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ¨ āĻ¸ā§āĻĨāĻžāĻ¨ āĻŽā§āĻĻā§āĻ°āĻŋāĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ
āĻ¨āĻĨāĻŋāĻ¤ā§. āĻāĻāĻāĻŋ āĻĒāĻĄāĻŧāĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻĒā§āĻ˛ā§āĻ¸āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ āĻ¤āĻžāĻĻā§āĻ° āĻŦāĻ¸āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻāĻĢāĻ˛ āĻĒāĻ°ā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤ āĻŽā§āĻĻā§āĻ°āĻŋāĻ¤ āĻšāĻŦā§
āĻāĻāĻ¨ āĻĨā§āĻ°ā§āĻļāĻšā§āĻ˛ā§āĻĄ āĻŽāĻžāĻ¨ āĻĒā§āĻāĻā§āĻā§. āĻŽāĻ¨ā§ āĻ°āĻžāĻāĻŦā§āĻ¨, āĻāĻ āĻŦāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻĒāĻāĻŋ āĻšāĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§ āĻ¨āĻž
āĻāĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻāĻ¤ā§āĻ°ā§ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšā§āĻ¤ āĻšāĻ¯āĻŧ --epa-prob-threshold āĻ¸āĻā§āĻā§ āĻ¨āĻž --epa-āĻāĻŋāĻĒ-āĻĒā§āĻ˛ā§āĻ¸āĻŽā§āĻ¨ā§āĻ!
--JC69 āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻĄāĻŋāĻāĻ¨āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨ āĻā§āĻāĻ¸-āĻā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻāĻ° āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻŦāĻŋāĻāĻļāĻŋāĻ¤ āĻšāĻŦā§, āĻāĻāĻŋ
DNA āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻ¸ā§āĻĒā§āĻ¸āĻŋāĻĢāĻŋāĻā§āĻļāĻ¨ āĻāĻāĻžāĻ°āĻ°āĻžāĻāĻĄ āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
--K80 āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻĄāĻŋāĻāĻ¨āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨ K80 āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻŦāĻŋāĻāĻļāĻŋāĻ¤ āĻšāĻŦā§, āĻāĻāĻŋ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤āĻā§ āĻāĻāĻžāĻ°āĻ°āĻžāĻāĻĄ āĻāĻ°ā§
āĻĄāĻŋāĻāĻ¨āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻ¸ā§āĻĒā§āĻ¸āĻŋāĻĢāĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
--HKY85 āĻāĻ˛ā§āĻ˛ā§āĻ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻ¯ā§ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ DNA āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨ HKY85 āĻŽāĻĄā§āĻ˛ā§āĻ° āĻ āĻ§ā§āĻ¨ā§ āĻŦāĻŋāĻāĻļāĻŋāĻ¤ āĻšāĻŦā§, āĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻžāĻ°āĻ°āĻžāĻāĻĄ āĻāĻ°ā§
āĻĄāĻŋāĻāĻ¨āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ āĻ¨ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¸āĻŽāĻ¸ā§āĻ¤ āĻŽāĻĄā§āĻ˛ āĻ¸ā§āĻĒā§āĻ¸āĻŋāĻĢāĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĨ¤
āĻĄāĻŋāĻĢāĻ˛ā§āĻ: āĻŦāĻ¨ā§āĻ§
āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ RAxML āĻ¸āĻāĻ¸ā§āĻāĻ°āĻŖ 8.2.4 āĻ¯āĻž āĻāĻ˛ā§āĻāĻāĻžāĻ¨ā§āĻĻā§āĻ°ā§āĻ¸ āĻ¸ā§āĻā§āĻ¯āĻžāĻŽāĻžāĻāĻžāĻāĻŋāĻ¸ 02 āĻ āĻā§āĻā§āĻŦāĻ° 2015 āĻ āĻĒā§āĻ°āĻāĻžāĻļ āĻāĻ°ā§āĻā§āĨ¤
āĻāĻ¨ā§āĻĻā§āĻ°ā§ āĻāĻŦā§āĻ°āĻžāĻ° (HITS) āĻ¸āĻžāĻāĻŽāĻ¨ āĻŦāĻžāĻ°ā§āĻāĻžāĻ° āĻĻā§āĻŦāĻžāĻ°āĻž āĻ āĻ¤ā§āĻ¯āĻ¨ā§āĻ¤ āĻĒā§āĻ°āĻļāĻāĻ¸āĻŋāĻ¤ āĻā§āĻĄ āĻ āĻŦāĻĻāĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§
(HITS) āĻāĻ˛ā§āĻā§āĻ¸āĻŋ āĻā§āĻāĻ˛āĻ (HITS) Kassian Kobert (HITS) David Dao (KIT and HITS)
āĻ¨āĻŋāĻ āĻĒā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻ¨āĻā§āĻ˛ (āĻ¸ā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻĄāĻŋāĻ¯āĻŧāĻž) āĻāĻ¯āĻŧā§āĻ¨ āĻĢāĻŋāĻĢāĻžāĻ° (āĻāĻ¸āĻĄāĻŋāĻāĻ¸āĻ¸āĻŋ) āĻāĻāĻŋāĻĢā§āĻŽāĻŋ āĻāĻ¸ āĻāĻžāĻ¨āĻžāĻŦā§ (āĻāĻ¨āĻāĻ°āĻāĻāĻāĻĢāĻāĻ¸)
onworks.net āĻĒāĻ°āĻŋāĻˇā§āĻŦāĻž āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§ raxmlHPC āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻ°ā§āĻ¨