এটি হল কমান্ড snp-সাইট যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
snp-sites - একটি মাল্টি ফাস্টা অ্যালাইনমেন্ট ফাইল থেকে snp সাইট খুঁজে বের করে
সাইনোপিসিস
snp_সাইট [-mvph] [-o output_filename] [ইনপুট ফাইল]
বর্ণনাঃ
এই অ্যাপ্লিকেশনটি একটি মাল্টি ফাস্টা অ্যালাইনমেন্ট নেয়, সমস্ত SNP সাইট খুঁজে পায়, তারপর আউটপুট দেয়
SNP সাইটগুলি নিম্নলিখিত ফর্ম্যাটের যে কোনো একটিতে:
একটি মাল্টি ফাস্টা অ্যালাইনমেন্ট, ভিসিএফ, রিলাক্সড ফিলিপ ফরম্যাট।
বিকল্প
-m
একটি মাল্টি ফাস্টা অ্যালাইনমেন্ট ফাইল আউটপুট (ডিফল্ট)
-v
একটি VCF ফাইল আউটপুট করুন
-p
একটি ফিলিপ ফাইল আউটপুট
-o
একটি আউটপুট ফাইলের নাম উল্লেখ করুন
-h
এই নথীটি
-V
সংস্করণ দেখান এবং প্রস্থান করুন
উদাহরণ
snp-সাইট my-alignment.aln
snp-সাইট my-gzipped-alignment.aln.gz
বিন্যাসে OF দ্য ইনপুট ফাইল
ইনপুট ফাইল এই মত হওয়া উচিত:
>রেফারেন্স_ক্রম
aaccggtt
>তুলনা_ক্রম
AACCGGTT
>অন্য_তুলনা_ক্রম
AACCGCTT
আরও উদাহরণের জন্য, দেখুন:
https://github.com/sanger-pathogens/snp_sites/tree/master/tests/data
onworks.net পরিষেবাগুলি ব্যবহার করে অনলাইনে snp-সাইটগুলি ব্যবহার করুন৷
