এটি হল PASHA নামের লিনাক্স অ্যাপ: প্যারালালাইজড শর্ট রিড অ্যাসেম্বলি যার সর্বশেষ প্রকাশ Pasha-1.0.10.tar.bz2 হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
PASHA নামের এই অ্যাপটি অনলাইনে ডাউনলোড করুন এবং চালান: অনওয়ার্কসের সাথে সমান্তরাল শর্ট রিড অ্যাসেম্বলি বিনামূল্যে।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
পাশা: সমান্তরাল সংক্ষিপ্ত পাঠ সমাবেশ
Ad
বর্ণনাঃ
PASHA ডি ব্রুইজন গ্রাফ ব্যবহার করে বড় জিনোমের জন্য একটি সমান্তরাল সংক্ষিপ্ত পঠিত অ্যাসেম্বলার। শেয়ার্ড-মেমরি মাল্টি-কোর সিপিইউ এবং ডিস্ট্রিবিউটেড-মেমরি কম্পিউট ক্লাস্টার উভয়ের সুবিধা নিয়ে, PASHA পরিমিত কম্পিউটিং সংস্থানগুলির সাথে যুক্তিসঙ্গত সময়ে বড় জিনোমের উচ্চ-মানের ডি-নভো সমাবেশ করার ক্ষমতা প্রদর্শন করেছে। তিনটি ছোট রিয়েল পেয়ারড-এন্ড ডেটাসেট ব্যবহার করে আমাদের মূল্যায়ন দেখায় যে PASHA তিনটি নেতৃস্থানীয় অ্যাসেম্বলারের তুলনায় তুলনামূলক জিনোম কভারেজ এবং মিস-অ্যাসেম্বলি রেট সহ আরও ভাল সমাবেশ তৈরি করতে সক্ষম: ভেলভেট, ABySS এবং SOAPdenovo৷ তাছাড়া, PASHA একটি সিপিইউতে তিনটি ডেটাসেটের জন্য দ্রুততম গতি অর্জন করে। মানব জিনোমের জন্য, PASHA ABySS-এর সাথে প্রতিযোগিতামূলক সমাবেশের গুণমান অর্জন করে এবং প্রায় 21 ঘন্টার মধ্যে সমাবেশ সম্পূর্ণ করতে সক্ষম হয়, যা একই হার্ডওয়্যার কনফিগারেশনে ABySS-এর তুলনায় প্রায় 2.38× দ্রুত।
ব্যবহারকারী ইন্টারফেস
কনসোল/টার্মিনাল
প্রোগ্রামিং ভাষা
সি ++
বিভাগ
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/pasha/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।