āĻāĻāĻŋ āĻšāĻ˛ PRADA āĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ° āĻ˛āĻŋāĻ¨āĻžāĻā§āĻ¸ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒ āĻ¯āĻžāĻ° āĻ¸āĻ°ā§āĻŦāĻļā§āĻˇ āĻ°āĻŋāĻ˛āĻŋāĻāĻāĻŋ PRADA.zip āĻšāĻŋāĻ¸āĻžāĻŦā§ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤ āĻāĻāĻŋ āĻāĻ¯āĻŧāĻžāĻ°ā§āĻāĻ¸ā§āĻā§āĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻšā§āĻ¸ā§āĻāĻŋāĻ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨āĻāĻžāĻ°ā§ OnWorks-āĻ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§ āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤
āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ PRADA āĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ° āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻāĻŋ OnWorks āĻ¸āĻš āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĨ¤
āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻ āĻ¨āĻŋāĻ°ā§āĻĻā§āĻļāĻžāĻŦāĻ˛ā§ āĻ āĻ¨ā§āĻ¸āĻ°āĻŖ āĻāĻ°ā§āĻ¨:
- 1. āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻĒāĻŋāĻ¸āĻŋāĻ¤ā§ āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĻāĻŋ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨ā§ˇ
- 2. āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°ā§ āĻĒā§āĻ°āĻŦā§āĻļ āĻāĻ°ā§āĻ¨ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻ¯ā§ āĻāĻāĻāĻžāĻ°āĻ¨ā§āĻŽ āĻāĻžāĻ¨āĨ¤
- 3. āĻāĻ āĻ§āĻ°āĻ¨ā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°ā§ āĻāĻ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĻāĻŋ āĻāĻĒāĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
- 4. āĻāĻ āĻāĻ¯āĻŧā§āĻŦāĻ¸āĻžāĻāĻ āĻĨā§āĻā§ OnWorks Linux āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻŦāĻž Windows āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻŦāĻž MACOS āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻāĻŽā§āĻ˛ā§āĻāĻ° āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°ā§āĻ¨āĨ¤
- 5. OnWorks Linux OS āĻĨā§āĻā§ āĻāĻĒāĻ¨āĻŋ āĻāĻāĻŽāĻžāĻ¤ā§āĻ° āĻļā§āĻ°ā§ āĻāĻ°ā§āĻā§āĻ¨, āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻŽā§āĻ¯āĻžāĻ¨ā§āĻāĻžāĻ°ā§ āĻ¯āĻžāĻ¨ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX āĻāĻĒāĻ¨āĻžāĻ° āĻĒāĻāĻ¨ā§āĻĻā§āĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ°āĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¨āĻžāĻŽ āĻ¸āĻšāĨ¤
- 6. āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨āĻāĻŋ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°ā§āĻ¨, āĻāĻāĻŋ āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻāĻ˛ āĻāĻ°ā§āĻ¨ āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻŋ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨āĨ¤
āĻĒā§āĻ°āĻžāĻĻāĻž-
Ad
āĻŦāĻ°ā§āĻŖāĻ¨āĻžāĻ
RNA (RNASeq) āĻĨā§āĻā§ āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻ˛āĻŋāĻĒāĻŋāĻā§āĻ¤ cDNA āĻāĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻžāĻĒāĻ āĻ¸āĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻ¤āĻ°āĻžāĻ˛ āĻ¸āĻŋāĻā§āĻ¯āĻŧā§āĻ¨ā§āĻ¸āĻŋāĻ mRNA-āĻāĻ° āĻĒāĻ°āĻŋāĻŽāĻžāĻŖ āĻāĻŦāĻ āĻāĻ āĻ¨ā§āĻ° āĻ¸āĻ āĻŋāĻ āĻ
āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻžāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĨ¤ RNA-seq āĻĄā§āĻāĻž āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖā§āĻ° āĻŽāĻžāĻ§ā§āĻ¯āĻŽā§ āĻā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻā§āĻŽāĻā§ āĻāĻŋāĻšā§āĻ¨āĻŋāĻ¤ āĻāĻ°āĻ¤ā§, āĻāĻŽāĻ°āĻž PRADA āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§āĻāĻŋāĨ¤ PRADA āĻāĻŋāĻ¨ āĻāĻā§āĻ¸āĻĒā§āĻ°ā§āĻļāĻ¨ āĻ
āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨ āĻĒā§āĻ°āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻžāĻāĻ°āĻŖ āĻāĻŦāĻ āĻŦāĻŋāĻļā§āĻ˛ā§āĻˇāĻŖā§āĻ° āĻāĻĒāĻ° āĻĻā§āĻˇā§āĻāĻŋ āĻ¨āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻ°ā§, āĻ¤āĻ¤ā§āĻ¤ā§āĻŦāĻžāĻŦāĻ§āĻžāĻ¨ā§ āĻāĻŦāĻ āĻ
-āĻ¤āĻ¤ā§āĻ¤ā§āĻŦāĻžāĻŦāĻ§āĻžāĻ¨ā§ āĻāĻŋāĻ¨ āĻĢāĻŋāĻāĻļāĻ¨ āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤āĻāĻ°āĻŖ āĻāĻŦāĻ āĻ¤āĻ¤ā§āĻ¤ā§āĻŦāĻžāĻŦāĻ§āĻžāĻ¨ā§ āĻāĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻā§āĻ¨āĻŋāĻ āĻŽā§āĻā§ āĻĢā§āĻ˛āĻž āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤āĻāĻ°āĻŖāĨ¤
PRADA āĻŦāĻ°ā§āĻ¤āĻŽāĻžāĻ¨ā§ RNAseq āĻĄā§āĻāĻž āĻĨā§āĻā§ āĻ
āĻ¸ā§āĻŦāĻžāĻāĻžāĻŦāĻŋāĻāĻ¤āĻž āĻĒā§āĻ°āĻā§āĻ°āĻŋāĻ¯āĻŧāĻž āĻāĻŦāĻ āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤ āĻāĻ°āĻ¤ā§ 7 āĻāĻŋ āĻŽāĻĄāĻŋāĻāĻ˛ āĻ¸āĻŽāĻ°ā§āĻĨāĻ¨ āĻāĻ°ā§:
āĻĒā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻ°āĻ¸ā§āĻ¸: āĻ¸āĻžāĻ°āĻŋāĻŦāĻĻā§āĻ§ āĻāĻŦāĻ āĻĒā§āĻ¨āĻ°āĻžāĻ¯āĻŧ āĻā§āĻ¯āĻžāĻ˛āĻŋāĻŦā§āĻ°ā§āĻ āĻāĻ°āĻž BAM āĻĢāĻžāĻāĻ˛ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻ
āĻāĻŋāĻŦā§āĻ¯āĻā§āĻ¤āĻŋ: āĻāĻŋāĻ¨ āĻāĻā§āĻ¸āĻĒā§āĻ°ā§āĻļāĻ¨ (RPKM) āĻāĻŦāĻ āĻā§āĻŖāĻŽāĻžāĻ¨ āĻŽā§āĻā§āĻ°āĻŋāĻā§āĻ¸ āĻ¤ā§āĻ°āĻŋ āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻĢāĻŋāĻāĻļāĻ¨: āĻĒā§āĻ°āĻžāĻ°ā§āĻĨā§ āĻāĻŋāĻ¨ āĻĢāĻŋāĻāĻļāĻ¨ āĻ¸āĻ¨āĻžāĻā§āĻ¤ āĻāĻ°ā§āĨ¤
guess-ft: āĻĢāĻŋāĻāĻļāĻ¨ āĻā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¤āĻ¤ā§āĻ¤ā§āĻŦāĻžāĻŦāĻ§āĻžāĻ¨ā§ āĻ
āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨āĨ¤
āĻ
āĻ¨ā§āĻŽāĻžāĻ¨-āĻ¯āĻĻāĻŋ: āĻāĻ¨ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻā§āĻ¨āĻŋāĻ āĻĢāĻŋāĻāĻļāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻ¤āĻ¤ā§āĻ¤ā§āĻŦāĻžāĻŦāĻ§āĻžāĻ¨ā§ āĻ
āĻ¨ā§āĻ¸āĻ¨ā§āĻ§āĻžāĻ¨āĨ¤
āĻšā§āĻŽā§āĻ˛āĻāĻŋ: āĻĒā§āĻ°āĻĻāĻ¤ā§āĻ¤ āĻĻā§āĻāĻŋ āĻāĻŋāĻ¨ā§āĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻšā§āĻŽā§āĻ˛āĻāĻŋ āĻāĻŖāĻ¨āĻž āĻāĻ°ā§āĨ¤
āĻĢā§āĻ°ā§āĻŽ: āĻĢāĻŋāĻāĻļāĻ¨ āĻā§āĻ°āĻžāĻ¨ā§āĻ¸āĻā§āĻ°āĻŋāĻĒā§āĻā§āĻ° āĻāĻžāĻ°ā§āĻ¯āĻāĻ°ā§ āĻĢāĻ˛āĻžāĻĢāĻ˛ā§āĻ° āĻĒā§āĻ°ā§āĻŦāĻžāĻāĻžāĻ¸ āĻĻā§āĻ¯āĻŧ
āĻŦā§āĻļāĻŋāĻˇā§āĻā§āĻ¯
- PRADA āĻĒāĻžāĻāĻĨāĻ¨ āĻĒā§āĻ°ā§āĻā§āĻ°āĻžāĻŽāĻŋāĻ āĻāĻžāĻˇāĻžāĻ¯āĻŧ āĻ˛ā§āĻāĻž āĻāĻŦāĻ āĻāĻāĻŋ UNIX āĻŦāĻž LINUX āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ āĻ¸āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĻŽā§ āĻāĻŽāĻžāĻ¨ā§āĻĄ āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ āĻĒāĻ°āĻŋāĻŦā§āĻļā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻĻā§āĻĻā§āĻļā§āĻ¯ā§āĨ¤
- āĻāĻ¨āĻ¸ā§āĻāĻ˛ā§āĻļāĻ¨ āĻĒāĻĻāĻā§āĻˇā§āĻĒā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ¸ā§āĻ¤āĻžāĻ°āĻŋāĻ¤ āĻŦāĻŋāĻŦāĻ°āĻŖ āĻāĻŦāĻ āĻāĻĻāĻžāĻšāĻ°āĻŖ āĻ¸āĻš āĻĒā§āĻ°āĻ¤āĻŋāĻāĻŋ āĻŽāĻĄāĻŋāĻāĻ˛ā§āĻ° āĻŦā§āĻ¯āĻŦāĻšāĻžāĻ° āĻāĻāĻžāĻ¨ā§ āĻĄāĻā§āĻŽā§āĻ¨ā§āĻā§āĻļāĻ¨ā§ āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- hg19 āĻ°ā§āĻĢāĻžāĻ°ā§āĻ¨ā§āĻ¸ āĻĢāĻžāĻāĻ˛āĻā§āĻ˛āĻŋ āĻāĻāĻžāĻ¨ā§ āĻĄāĻžāĻāĻ¨āĻ˛ā§āĻĄ āĻāĻ°āĻžāĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻĒāĻ˛āĻŦā§āĻ§ http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- āĻĢāĻŋāĻāĻļāĻ¨ āĻāĻ°ā§āĻāĻŋāĻĢā§āĻ¯āĻžāĻā§āĻāĻā§āĻ˛āĻŋ āĻ āĻĒāĻ¸āĻžāĻ°āĻŖ āĻāĻ°āĻ¤ā§, āĻāĻŽāĻ°āĻž āĻāĻāĻ āĻ¨āĻŽā§āĻ¨āĻž āĻāĻŦāĻ āĻšā§āĻŽā§āĻ˛āĻāĻŋāĻ¤ā§ āĻāĻāĻžāĻ§āĻŋāĻ āĻ āĻāĻļā§āĻĻāĻžāĻ°ā§āĻ° āĻ¸āĻžāĻĨā§ āĻāĻŋāĻ¨ āĻĢāĻŋāĻ˛ā§āĻāĻžāĻ° āĻāĻ°āĻŋāĨ¤
āĻŦāĻŋāĻāĻžāĻ
āĻāĻāĻŋ āĻāĻāĻāĻŋ āĻ ā§āĻ¯āĻžāĻĒā§āĻ˛āĻŋāĻā§āĻļāĻ¨ āĻ¯āĻž https://sourceforge.net/projects/prada/ āĻĨā§āĻā§āĻ āĻāĻ¨āĻž āĻ¯ā§āĻ¤ā§ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĨ¤ āĻāĻŽāĻžāĻĻā§āĻ° āĻŦāĻŋāĻ¨āĻžāĻŽā§āĻ˛ā§āĻ¯ā§āĻ° āĻ āĻĒāĻžāĻ°ā§āĻāĻŋāĻ āĻ¸āĻŋāĻ¸ā§āĻā§āĻŽāĻā§āĻ˛āĻŋāĻ° āĻŽāĻ§ā§āĻ¯ā§ āĻāĻāĻāĻŋ āĻĨā§āĻā§ āĻ¸āĻŦāĻā§āĻ¯āĻŧā§ āĻ¸āĻšāĻ āĻāĻĒāĻžāĻ¯āĻŧā§ āĻ āĻ¨āĻ˛āĻžāĻāĻ¨ā§ āĻāĻžāĻ˛āĻžāĻ¨ā§āĻ° āĻāĻ¨ā§āĻ¯ āĻāĻāĻŋ OnWorks-āĻ āĻšā§āĻ¸ā§āĻ āĻāĻ°āĻž āĻšāĻ¯āĻŧā§āĻā§āĨ¤