এটি SPANDx নামের একটি লিনাক্স অ্যাপ যার সর্বশেষ প্রকাশ SPANDx_v3.2.tar.gz হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
স্প্যানডিএক্স নামের এই অ্যাপটি অন ওয়ার্কস সহ বিনামূল্যে অনলাইনে ডাউনলোড করুন এবং চালান।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
স্ক্রীনশটগুলি
Ad
স্প্যানডিএক্স
বর্ণনাঃ
এনজিএস ডেটা ব্যবহার করে হ্যাপ্লয়েড জিনোমে এসএনপি এবং ইনডেল ভেরিয়েন্ট সনাক্ত করার জন্য স্প্যানডিএক্স হল আপনার ওয়ান-স্টপ টুল।
SPANDx আপনার নির্বাচিত রেফারেন্স জিনোম বা প্যান-জিনোমের বিপরীতে কাঁচা এনজিএস রিডের সারিবদ্ধকরণ সম্পাদন করে, তারপরে সঠিক বৈকল্পিক কলিং এবং টীকা এবং লোকাস উপস্থিতি/অনুপস্থিতি নির্ধারণ করে। ডাউনস্ট্রিম ফাইলোজেনেটিক বিশ্লেষণের জন্য স্প্যানডিএক্স এসএনপি এবং ইনডেল ম্যাট্রিক্স তৈরি করে। টীকাযুক্ত, জিনোম-ওয়াইড এসএনপি এবং ইনডেলগুলি নির্দিষ্ট করা থাকলে চিহ্নিত করা যেতে পারে এবং মানব পাঠযোগ্য বিন্যাসে আউটপুট। আপনার সমস্ত জিনোমের মূল/আনুষঙ্গিক জিনোম বিষয়বস্তু সনাক্ত করতে আপনাকে অনুমতি দেওয়ার জন্য একটি উপস্থিতি/অনুপস্থিতি ম্যাট্রিক্সও তৈরি করা হয়েছে।
মাইক্রোবিয়াল জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডি (mGWAS) বিশ্লেষণের জন্য SPANDx দ্বারা উত্পন্ন আউটপুটগুলি PLINK-এ আমদানি করা যেতে পারে।
SPANDx সম্পদ ব্যবস্থাপনার জন্য PBS, SGE বা SLURM ব্যবহার করতে পারে। স্প্যানডিএক্স সরাসরি কমান্ড লাইনে চলতে পারে যদি কোনো রিসোর্স ম্যানেজার পাওয়া না যায়।
SPANDx-এর সবচেয়ে আপ-টু-ডেট সংস্করণের জন্য, আমাদের GitHub-এ দেখুন: https://github.com/dsarov/SPANDx
বৈশিষ্ট্য
- 30নভেম্বর16: স্প্যানডিএক্স 3.2 এখন আরও দ্রুত আরও সঠিক প্রান্তিককরণের জন্য BWA-মেম ব্যবহার করে
- 31মে16: SPANDx 3.1.1 এখন প্রাক-v2.3.1 TORQUE/PBS সিস্টেমে কাজ করে।
- 14Feb16: SPANDx 3.1 -z পতাকা এখন .nex আউটপুটগুলিতে ট্রাই- এবং টেট্রা অ্যালিলিক SNPs অন্তর্ভুক্ত করার জন্য সেট করা যেতে পারে।
- 26ডিসেম্বর15: SPANDx 3.0-এর অনেকগুলি আপগ্রেড রয়েছে যার মধ্যে রয়েছে উন্নত samtools সামঞ্জস্য, GWAS-এর জন্য আরও ভাল PLINK ইন্টিগ্রেশন, এবং একক লোকাসে 9টি ইন্ডেল এবং সমস্ত চারটি SNP কল করতে পারে!
- 05Aug15: SPANDx v2.7 এখন SGE, PBS, SLURM, এবং সিস্টেমে রিসোর্স ম্যানেজার ছাড়াই কাজ করে।
পাঠকবর্গ
বিজ্ঞান/গবেষণা
ব্যবহারকারী ইন্টারফেস
কমান্ড লাইন
প্রোগ্রামিং ভাষা
ইউনিক্স শেল
বিভাগ
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/spandx/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।
