এটি VarScan নামের লিনাক্স অ্যাপ যার সর্বশেষ প্রকাশ VarScan.v2.3.9.jar হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
বিনামূল্যের জন্য OnWorks সহ VarScan নামের এই অ্যাপটি অনলাইনে ডাউনলোড করুন এবং চালান৷
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
স্ক্রীনশটগুলি
Ad
VarScan
বর্ণনাঃ
ব্যাপকভাবে সমান্তরাল সিকোয়েন্সিং মধ্যে বৈকল্পিক সনাক্তকরণ. একটি নমুনার জন্য, SNPs, indels, এবং consensus genotypes কল করে। টিউমার-স্বাভাবিক জোড়ার জন্য, প্রতিটি বৈকল্পিককে জার্মলাইন, সোম্যাটিক বা LOH হিসাবে শ্রেণীবদ্ধ করে এবং সোমাটিক কপি নম্বর পরিবর্তনগুলিও সনাক্ত করে। সর্বশেষ সংস্করণ GITHUB-এ উপলব্ধ
বৈশিষ্ট্য
- SAMtools পাইলআপ ফাইল থেকে SNPs এবং Indels কল করে
- কভারেজ, রিড ডেপথ, ভ্যারিয়েন্ট ফ্রিকোয়েন্সি এবং বেস কোয়ালিটি অনুসারে বৈকল্পিক ফিল্টার করে
- টিউমার-সাধারণ জোড়ার জন্য সোমাটিক অবস্থা (সোমাটিক, জার্মলাইন, LOH) নির্ধারণ করে
- দুটি বৈকল্পিক তালিকার তুলনা করে, একত্রিত করে এবং ছেদ করে
- বৈকল্পিক কলগুলিকে লক্ষ্য অবস্থানের একটি সেট বা লক্ষ্য অঞ্চলে সীমাবদ্ধ করে
- অ বাণিজ্যিক ব্যবহারের জন্য বিনামূল্যে.
পাঠকবর্গ
বিজ্ঞান/গবেষণা
ব্যবহারকারী ইন্টারফেস
কমান্ড লাইন
প্রোগ্রামিং ভাষা
জাভা
বিভাগ
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/varscan/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।