এটি gsasnp2 নামে একটি উইন্ডোজ অ্যাপ যার সর্বশেষ রিলিজটি gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
gsasnp2 নামের এই অ্যাপটি বিনামূল্যে OnWorks সহ অনলাইনে ডাউনলোড করুন এবং চালান।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে যেকোনো OS OnWorks অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন, তবে আরও ভালো উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর।
- 5. OnWorks Windows OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন এবং এটি ইনস্টল করুন।
- 7. আপনার লিনাক্স ডিস্ট্রিবিউশন সফ্টওয়্যার সংগ্রহস্থল থেকে ওয়াইন ডাউনলোড করুন। একবার ইনস্টল হয়ে গেলে, আপনি ওয়াইন দিয়ে চালানোর জন্য অ্যাপটিতে ডাবল-ক্লিক করতে পারেন। এছাড়াও আপনি PlayOnLinux ব্যবহার করে দেখতে পারেন, ওয়াইনের উপর একটি অভিনব ইন্টারফেস যা আপনাকে জনপ্রিয় উইন্ডোজ প্রোগ্রাম এবং গেম ইনস্টল করতে সাহায্য করবে।
ওয়াইন লিনাক্সে উইন্ডোজ সফ্টওয়্যার চালানোর একটি উপায়, কিন্তু কোন উইন্ডোজ প্রয়োজন নেই। ওয়াইন হল একটি ওপেন সোর্স উইন্ডোজ সামঞ্জস্যপূর্ণ স্তর যা সরাসরি যেকোনো লিনাক্স ডেস্কটপে উইন্ডোজ প্রোগ্রাম চালাতে পারে। মূলত, ওয়াইন স্ক্র্যাচ থেকে পর্যাপ্ত উইন্ডোজ পুনরায় প্রয়োগ করার চেষ্টা করছে যাতে এটি আসলে উইন্ডোজের প্রয়োজন ছাড়াই সেই সমস্ত উইন্ডোজ অ্যাপ্লিকেশন চালাতে পারে।
স্ক্রীনশটগুলি
Ad
gsasnp2
বর্ণনাঃ
* GSA-SNP2 হল GSA-SNP এর উত্তরসূরী (Nam et al. 2010, NAR ওয়েব সার্ভার সমস্যা)। GSA-SNP2 মানব GWAS সারাংশ ডেটা (rs সংখ্যা, p-মান) বা জিন-ভিত্তিক পি-মান গ্রহণ করে এবং প্রদত্ত ফেনোটাইপের সাথে যুক্ত জিনগুলির সাথে পাথওয়ে জিনসেট 'সমৃদ্ধ' আউটপুট করে। এটি সংশ্লিষ্ট পথগুলিতে স্থানীয় এবং বিশ্বব্যাপী উভয় প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া নেটওয়ার্ক সরবরাহ করে।
* প্রবন্ধ: SYoon, HCTNguyen, YJYoo, JKim, BBaik, SKim, JKim, SKim, DNam, "GSA-SNP2 ব্যবহার করে GWAS সারাংশ ডেটার দক্ষ পাথওয়ে সমৃদ্ধকরণ এবং নেটওয়ার্ক বিশ্লেষণ", নিউক্লিক অ্যাসিড গবেষণা, ভলিউম। 46(10), e60(2018)।
* পাবমেড আইডি: 29562348
* DOI: 10.1093/nar/gky175
-> অনুগ্রহ করে আপনার নিবিড় পরীক্ষার ফোল্ডারে (যেমন লিনাক্স, ম্যাক বা উইন্ডোজ নির্দিষ্ট ফোল্ডার) 'ডেটা' ফোল্ডারের একটি অনুলিপি সরান বা তৈরি করুন যাতে প্রোগ্রামটিকে পূর্বনির্ধারিত দাতা খুঁজে পেতে অনুমতি দেওয়া হয়।
* আপডেট নোট:
-> Sep-1-2020: Ubuntu-20.04-এর জন্য একটি আপডেট যোগ করুন। আপনাকে বুস্ট লাইব্রেরি ইনস্টল করতে হবে (sudo apt-get install libboost-all-dev)
-> মার্চ-7-2018: আউটপুট ফাইলে শিরোনামের শর্তাবলী সংশোধন করুন
বৈশিষ্ট্য
- 1/ 'শালীন প্রকার I ত্রুটি নিয়ন্ত্রণ' নিম্নলিখিত দুটি প্রক্রিয়া দ্বারা অর্জিত: ক) একঘেয়ে ঘন ঘন স্প্লাইন প্রবণতা বক্ররেখা ব্যবহার করে প্রতিটি জিনের জন্য নির্ধারিত SNP-এর সংখ্যার সাথে জিনের স্কোরগুলি 'সামঞ্জস্য' করা হয়। খ) প্রতিটি পথের মধ্যে উচ্চ আন্তঃ-জিন পারস্পরিক সম্পর্ক সহ সংলগ্ন জিনগুলি সরানো হয়েছিল
- 2/ এলোমেলো সেট মডেলের উপর ভিত্তি করে 'হাই পাওয়ার এবং ফাস্ট কম্পিউটেশন'
- 3/ 'কোনও ক্রিটিক্যাল ফ্রি প্যারামিটার নেই'
- 4/ সদস্য জিনের মধ্যে 'প্রোটিন ইন্টারঅ্যাকশন নেটওয়ার্ক' উল্লেখযোগ্য পথের জন্য কল্পনা করা হয়েছিল। এই ফাংশনটি ব্যবহারকারীকে গুরুত্বপূর্ণ পথের মধ্যে এবং জুড়ে মূল উপ-নেটওয়ার্কগুলিকে অগ্রাধিকার দিতে সক্ষম করে। STRING এবং HIPPIE নেটওয়ার্কগুলি বর্তমানে প্রদান করা হয়েছে৷
- 5/ 'ব্যবহার করা সহজ': এটির জন্য শুধুমাত্র GWAS সারাংশ ডেটা (বা জিন পি-মান) প্রয়োজন এবং ফলাফল পেতে মাত্র এক বা দুই মিনিট সময় লাগে৷ অন্যান্য শক্তিশালী স্বয়ংসম্পূর্ণ পাথওয়ে সরঞ্জামগুলির জন্যও SNP পারস্পরিক সম্পর্ক ইনপুট প্রয়োজন এবং অনেক বেশি সময় নেয়। ব্যবহারকারী তাদের নিজস্ব পাথওয়ে জিন-সেট এবং প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া নেটওয়ার্ক আপলোড করতে পারেন।
ব্যবহারকারী ইন্টারফেস
Win32 (MS Windows), কমান্ড লাইন
প্রোগ্রামিং ভাষা
সি++, পিএইচপি, জাভাস্ক্রিপ্ট
বিভাগ
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।
