Dies ist der Befehl afetch, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
afetch – Abrufen einer Ausrichtung aus einer Ausrichtungsdatenbank
ZUSAMMENFASSUNG
aholen [Optionen] Ausrichtungdb Schlüssel
aholen --Index Ausrichtungdb
BESCHREIBUNG
aholen Ruft die benannte Ausrichtung ab Schlüssel aus einer Ausrichtungsdatenbank in einer Datei Ausrichtungdb.
Ausrichtungdb ist eine „Multiple Multiple Alignment“-Datei in Stockholm (z. B. natives Pfam)
Format.
Schlüssel ist entweder der Name (ID) der Ausrichtung oder ihre Zugangsnummer (AC).
Das Ausrichtungdb Die Datei sollte zunächst mit SSI indiziert werden aholen --Index für effiziente
Abruf. Ein SSI-Index ist nicht erforderlich, ein Alignment-Abruf ohne diesen jedoch möglicherweise
schmerzhaft langsam.
OPTIONAL
-h Kurze Hilfe ausdrucken; enthält Versionsnummer und Zusammenfassung aller Optionen, einschließlich
Expertenoptionen.
EXPERTISE OPTIONAL
--Index
Anstatt a abzurufen Schlüssel, das Sonderkommando aholen --Index Ausrichtungdb
erzeugt einen SSI-Index der Namen und Akzessionen der Alignments in der Datei
Ausrichtungdb. Dies sollte einmal ausgeführt werden Ausrichtungdb Datei, um sie für alle vorzubereiten
zukünftige afetch's.
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