alien_hunter – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

alien_hunter – Interpolierte Motive variabler Ordnung zur horizontalen Identifizierung
erworbene DNA

ZUSAMMENFASSUNG

alien_hunter [Optionen]

BESCHREIBUNG

Alien_hunter ist eine Anwendung zur Vorhersage eines mutmaßlichen horizontalen Gentransfers
(HGT)-Ereignisse mit der Implementierung von Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs). Ein
Der IVOM-Ansatz nutzt kompositorische Vorurteile unter Verwendung von Motivverteilungen variabler Ordnung und
erfasst die lokale Zusammensetzung einer Sequenz zuverlässiger als die Methode mit fester Reihenfolge
Methoden. Optional können die Vorhersagen in einen Hidden Markov mit zwei Zuständen 2. Ordnung geparst werden
Modell (HMM) in einem Change-Point-Detection-Framework, um die Lokalisierung des zu optimieren
Grenzen der vorhergesagten Regionen. Die Vorhersagen (embl-Format) können automatisch erfolgen
geladen in den Artemis-Genom-Viewer, frei verfügbar unter:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

EINGABE: Genomrohsequenz VORHERSAGE: HGT-Regionen basierend auf der interpolierten Variablenreihenfolge
Argumente für Motive (IVOMs):


rohe genomische Sequenz


Dateiname für Ausgabedaten

Optionale Argumente:

-a, um die Vorhersagedatei in Artemis zu laden

-c Optimieren Sie vorhergesagte Grenzen mit einem HMM 2. Ordnung zur Änderungspunkterkennung mit 2 Zuständen

Ausgabedateien:


Vorhersagen (Tab-Datei) im Embl-Format

.opt
optimierte (HMM) Vorhersagen (Tab-Datei) im Embl-Format

.Parzelle
Vorhersagen im Artemis User Plot-Format, die manuell über Diagramm -> Hinzufügen geladen werden können
Benutzerplot...

.opt.plot
Optimierte (HMM) Vorhersagen im Artemis User Plot-Format zum manuellen Laden mit
Diagramm -> Benutzerdiagramm hinzufügen...

.sco
die Ergebnisse über alle Schiebefenster – zur Überprüfung der Punkteverteilung

Hinweis: Vorhersagen, die sich mit dem rRNA-Operon überschneiden, werden im Anmerkungsqualifizierer erwähnt

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