Dies ist der Befehl allversusalle, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
allversusall - Sequenzähnlichkeitsdaten aus dem All-versus-All-Vergleich.
ZUSAMMENFASSUNG
allesversusall -Seqinpfad dirliste [-Matrix Matrixf] [-gapopen schweben] [-gaapextend schweben]
-datoutdir draußen -Logdatei Outfile
allesversusall -Hilfe
BESCHREIBUNG
allesversusall ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Utils:Datenbankerstellung".
OPTIONAL
Eingang Abschnitt
-Seqinpfad dirliste
Standardwert: ./
-Matrix Matrixf
Diese Option gibt die Restsubstitutionsmatrix an, die für Sequenzen verwendet wird
Vergleich. Standardwert: EBLOSUM62
Erforderlich Abschnitt
Zusätzliche Abschnitt
-gapopen schweben
Diese Option gibt die Lückeneinfügungsstrafe an. Die Lückeneinfügungsstrafe ist die
Punktzahl weggenommen, wenn eine Lücke entsteht. Der beste Wert hängt von der Wahl ab
Vergleichsmatrix. Der Standardwert geht davon aus, dass Sie die EBLOSUM62-Matrix verwenden für
Proteinsequenzen und die EDNAFULL-Matrix für Nukleotidsequenzen. Standardwert: 10
-gaapextend schweben
Diese Option gibt die Lückenerweiterungsstrafe an. Die Lückenerweiterung, Strafe wird hinzugefügt
auf die Standard-Gap-Strafe für jede Base oder jeden Rückstand in der Lücke. So lange Lücken
werden bestraft. Normalerweise erwarten Sie eher ein paar lange Lücken als viele kurze Lücken, also
die Lückenerweiterungsstrafe sollte niedriger sein als die Lückenstrafe. Eine Ausnahme ist, wo
eine oder beide Sequenzen sind einzelne Lesevorgänge mit möglichen Sequenzierungsfehlern in diesem Fall
Sie würden viele einzelne Basislücken erwarten. Sie können dieses Ergebnis erhalten, indem Sie die Lücke einstellen
offene Strafe auf null (oder sehr niedrig) und Verwendung der Lückenerweiterungsstrafe, um die Lücke zu kontrollieren
punkten. Standardwert: 0.5
Ausgang Abschnitt
-datoutdir draußen
Diese Option gibt den Speicherort von Sequenzähnlichkeitsdatendateien (Ausgabe) an. Standard
Wert: ./
-Logdatei Outfile
Diese Option gibt den Namen der ALLVERSUSALL-Protokolldatei (Ausgabe) an. Die Log-Datei
enthält Meldungen über Fehler, die während der Ausführung von ALLVERSUSALL aufgetreten sind. Standardwert:
allversusall.log
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