babel – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

babel, obabel — ein Konverter für Chemie- und Molekularmodellierungsdatendateien

ZUSAMMENFASSUNG

babel [-H Hilfe-Optionen]
babel [OPTIONAL] [-i Eingabetyp] im Ordner [-o Ausgabetyp] Outfile

obabel [-H Hilfe-Optionen]
obabel [OPTIONAL] [-i Eingabetyp | -"SMILES-String"] im Ordner [-o Ausgabetyp] -O Outfile

BESCHREIBUNG

babel ist ein plattformübergreifendes Programm, das entwickelt wurde, um zwischen vielen Dateiformaten zu konvertieren, die in
Molekulare Modellierung und Computerchemie und verwandte Gebiete.

obabel und babel sind etwas anders. Die erste ist näher an der normalen Unix-Konvention
für Kommandozeilenprogramme und flexibler, wenn der Benutzer Parameterwerte angeben muss
auf Optionen. Mit babel dies funktioniert nur, wenn die Option die letzte in der Zeile ist; mit obabel
eine solche Einschränkung gilt nicht. Es hat außerdem eine Abkürzung für die Eingabe von SMILES-Strings, die
kann anstelle einer Eingabedatei verwendet werden.

Open Babel ist auch ein komplettes Programmierwerkzeug für die Entwicklung von Chemiesoftware. Zum
Weitere Informationen finden Sie auf den Open Babel-Webseitenhttp://openbabel.org/>.

OPTIONAL

Wenn nur Eingabe- und Ausgabedateien angegeben sind, errät Open Babel den Dateityp anhand der
Dateinamenerweiterung.

-"SMILES-String"
Geben Sie den SMILES-String ein und verwenden Sie ihn anstelle einer Eingabedatei. Die SMILES-Zeichenfolge sollte sein
in Anführungszeichen eingeschlossen. Es können mehrere verwendet werden, und ein Molekültitel kann sein
enthalten, wenn in Anführungszeichen eingeschlossen.

-a Optionen
Formatspezifische Eingabemöglichkeiten. Sehen -H Format-ID für Optionen, die von einem bestimmten erlaubt sind
Format

--addtotitle
Text an den aktuellen Molekültitel anhängen

--addformula
Fügen Sie die Summenformel nach dem aktuellen Molekültitel an

-b Dative Bindungen umrechnen: zB [N+]([O-])=O in N(=O)=O

-c Zentrale Atomkoordinaten bei (0,0,0)

-C Kombinieren Sie Moleküle in der ersten Datei mit anderen mit demselben Namen

-e Nach Fehlern fortfahren

-d Wasserstoffe löschen

---Fehlerstufe 2
Filtern Sie die Ebene der angezeigten Fehler und Warnungen:
1 = nur kritische Fehler
2 = auch Warnungen einschließen (Standard)
3 = auch Informationsnachrichten einschließen
4 = "Audit-Log"-Meldungen über Datenänderungen einschließen
5 = Debugging-Meldungen auch einschließen

-f # Bei Eingabe mit mehreren Einträgen starten Sie den Import mit Molekül # als erstem Eintrag

-F Ausgabe der verfügbaren Fingerabdrucktypen

-h Wasserstoffe hinzufügen

-H Nutzungsinformationen ausgeben

-H Format-ID
Ausgabeformatierungsinformationen und Optionen für das angegebene Format

-Saal
Ausgabeformatierungsinformationen und Optionen für alle Formate

-ich
Gibt das Eingabeformat an, siehe unten für die verfügbaren Formate

-j

--beitreten
Verbinde alle Input-Moleküle zu einem einzigen Output-Molekül-Eintrag

-k Übersetzen von Schlüsselwörtern für die Computerchemie-Modellierung (z. B. GAMESS und Gaussian)

-m Erstellen Sie mehrere Ausgabedateien, um Folgendes zu ermöglichen:
- Aufteilen einer Eingabedatei - lege jedes Molekül in fortlaufend nummerierte
Ausgabedateien
- Stapelkonvertierung - Konvertieren Sie jede von mehreren Eingabedateien in eine bestimmte
Ausgabeformat

-l # Stoppen Sie bei Eingaben mit mehreren Einträgen den Import mit Molekül # als letztem Eintrag

-o Format-ID
Gibt das Ausgabeformat an, siehe unten für die verfügbaren Formate

-O Outfile
Geben Sie die Ausgabedatei an. Diese Option gilt für obabel nur.

-p Fügen Sie für den pH-Wert geeignete Wasserstoffe hinzu (verwenden Sie Transformationen in phmodel.txt)

--Eigentum
Hinzufügen oder Ersetzen einer Eigenschaft (z. B. in einer MDL-SD-Datei)

-s SMARTS
Konvertieren Sie nur Moleküle, die dem angegebenen SMARTS-Muster entsprechen

--trennen
Trennen Sie nicht verbundene Fragmente in einzelne molekulare Datensätze

-t Alle Eingabedateien beschreiben ein einzelnes Molekül

--Titel Titel
Molekularen Titel hinzufügen oder ersetzen

-x Optionen
Formatspezifische Ausgabeoptionen. Sehen -H Format-ID für Optionen, die von einem bestimmten erlaubt sind
Format

-v SMARTS
Nur Moleküle umwandeln NICHT passendes SMARTS-Muster angegeben

-V Versionsnummer ausgeben und beenden

-z Komprimieren Sie die Ausgabe mit gzip

FILE FORMATEN

Die folgenden Formate werden derzeit von Open Babel unterstützt:
acr -- Carine ASCI Kristall
alc -- Alchemie-Format
arc -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR-Format [Schreibgeschützt]
bgf -- MSI BGF-Format
Box -- Dock 3.5 Box-Format
bs -- Ball- und Stick-Format
c3d1 -- Chem3D Kartesisches 1-Format
c3d2 -- Chem3D Kartesisches 2-Format
caccrt – Kakao kartesisches Format
cache -- CAChe MolStruct-Format [nur Schreiben]
cacint -- Kakao Internes Format [nur Schreiben]
can -- Canonical SMILES-Format
Auto -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR-Format [Schreibgeschützt]
ccc -- CCC-Format [Schreibgeschützt]
cdx -- ChemDraw-Binärformat [Schreibgeschützt]
cdxml -- ChemDraw CDXML-Format
cht -- Chemtool-Format [nur schreiben]
cif -- Kristallographische Informationsdatei
cml – Chemische Auszeichnungssprache
cmlr -- CML-Reaktionsformat
com -- Gaussian 98/03 Kartesische Eingabe [nur Schreiben]
copy -- Kopiert Rohtext [nur Schreiben]
crk2d -- Chemical Resource Kit 2D-Diagrammformat
crk3d -- Chemical Resource Kit 3D-Format
csr -- Accelrys/MSI Quanta CSR-Format [nur Schreiben]
cssr -- CSD CSSR-Format [nur Schreiben]
ct -- Format der ChemDraw-Verbindungstabelle
dmol -- DMol3-Koordinatenformat
ent -- Proteindatenbankformat
fa -- FASTA-Format [nur Schreiben]
fasta -- FASTA-Format [nur Schreiben]
fch -- Gaussian formatiertes Prüfpunktdateiformat [Schreibgeschützt]
fchk -- Gaussian formatiertes Checkpoint-Dateiformat [Schreibgeschützt]
fck -- Gaussian formatiertes Checkpoint-Dateiformat [Schreibgeschützt]
feat – Feature-Format
fh -- Fenske-Hall Z-Matrix-Format [nur Schreiben]
fix -- SMILES FIX-Format [nur Schreiben]
fpt -- Fingerabdruckformat [nur Schreiben]
fract -- Freies gebrochenes Format
fs -- Öffne die Babel FastSearching-Datenbank
fsa -- FASTA-Format [nur Schreiben]
g03 -- Gaußsche 98/03-Ausgabe [Schreibgeschützt]
g98 -- Gaußsche 98/03-Ausgabe [Schreibgeschützt]
gam -- GAMESS-Ausgabe [Schreibgeschützt]
gamin -- GAMESS-Eingabe [nur schreiben]
gamout -- GAMESS-Ausgabe [Schreibgeschützt]
gau -- Gaussian 98/03 Kartesische Eingabe [nur Schreiben]
gjc -- Gaussian 98/03 Kartesische Eingabe [nur Schreiben]
gjf -- Gaussian 98/03 Kartesische Eingabe [nur Schreiben]
gpr -- Ghemisches Format
gr96 -- GROMOS96-Format [nur Schreiben]
hin -- HyperChem HIN-Format
inchi -- IUPAC InChI [Schreibgeschützt]
inp -- GAMESS-Eingabe [nur schreiben]
ins -- ShelX-Format [Schreibgeschützt]
jin -- Jaguar-Eingabeformat [nur Schreiben]
jout -- Jaguar-Ausgabeformat [Schreibgeschützt]
mdl -- MDL MOL-Format
mmd -- MacroModel-Format
mmod -- MacroModel-Format
mol -- MDL MOL-Format
mol2 -- Sybyl Mol2-Format
molreport -- Babel-Molekülbericht öffnen [Nur schreiben]
moo -- MOPAC-Ausgabeformat [Schreibgeschützt]
mop -- MOPAC Kartesisches Format
mopcrt - Kartesisches MOPAC-Format
mopin -- MOPAC intern
mopout -- MOPAC-Ausgabeformat [Schreibgeschützt]
mpc -- Kartesisches MOPAC-Format
mpd -- Sybyl-Deskriptorformat [nur Schreiben]
mpqc -- MPQC-Ausgabeformat [Schreibgeschützt]
mpqcin -- Vereinfachtes MPQC-Eingabeformat [nur Schreiben]
nw -- NWChem-Eingabeformat [nur Schreiben]
nwo -- NWChem-Ausgabeformat [Schreibgeschützt]
pc -- PubChem-Format [Schreibgeschützt]
pcm -- PCModel-Format
pdb -- Proteindatenbankformat
pov -- POV-Ray-Eingabeformat [nur Schreiben]
pqs -- Paralleles Quantum Solutions-Format
prep -- Amber Prep-Format [Schreibgeschützt]
qcin -- Q-Chem-Eingabeformat [nur Schreiben]
qcout -- Q-Chem-Ausgabeformat [Schreibgeschützt]
Bericht -- Offenes Babel-Berichtsformat [Schreibgeschützt]
res -- ShelX-Format [Schreibgeschützt]
rxn -- MDL RXN-Format
sd -- MDL MOL-Format
sdf -- MDL MOL-Format
smi -- SMILES-Format
sy2 -- Sybyl Mol2-Format
tdd -- Thermoformat
test -- Testformat [nur Schreiben]
therm -- Thermoformat
tmol -- TurboMole Koordinatenformat
txyz -- Tinker MM2-Format [nur Schreiben]
unixyz -- UniChem XYZ-Format
vmol -- ViewMol-Format
xed -- XED-Format [nur Schreiben]
xml -- Allgemeines XML-Format [Schreibgeschützt]
xyz -- kartesisches XYZ-Koordinatenformat
yob -- YASARA.org YOB-Format
zin -- ZINDO-Eingabeformat [nur Schreiben]

FORMAT OPTIONAL

Einzelne Dateiformate können zusätzliche Formatierungsoptionen haben.

Eingabeformatoptionen werden durch ein 'a' vorangestellt, zB -as

Ausgabeformat-Optionen sind mit 'x' vorangestellt, zB -xn

Für weitere spezifische Informationen und Optionen verwenden Sie -H
zB -Hcml

Beispiele:

Standardumwandlung:
babel -ixyz ethanol.xyz -opdb ethanol.pdb
Konvertierung von einer SMI-Datei in STDIN in eine in STDOUT geschriebene Mol2-Datei:
babel -ismi -omol2
Teilen Sie eine Datei mit mehreren Molekülen in new1.smi, new2.smi usw. auf:
babel infile.mol neu.smi -m

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