Dies ist der Befehl bio-rainbow, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
rainbow – Handbuchseite für rainbow 2.0.4 –[E-Mail geschützt] , [E-Mail geschützt] >
ZUSAMMENFASSUNG
Regenbogen [Optionen]
BESCHREIBUNG
Regenbogen 2.0.4 -- <[E-Mail geschützt] , [E-Mail geschützt] >
Gruppe
Eingabedateiformat: gepaarte Fasta/Fastq-Datei(en) Ausgabedateiformat:
\T \T \T
-1 Eingabe der Fasta/Fastq-Datei, unterstützt mehrere „-1“
-2 Eingabe der Fasta/Fastq-Datei, unterstützt mehrere „-2“ [null]
-l
Leselänge, Standard: 0 Variable
-m
Maximale Abweichungen [4]
-e
Exakt passender Schwellenwert [2000]
-L Geringe Polymorphie
div
Eingabedateiformat: \T \T \T Ausgabe
File Format:
\T \T \T [\T ]
-i Eingabedatei [stdin]
-o Ausgabedatei [stdout]
-k
K_allele, minimale Varianten zum Erstellen einer neuen Gruppe [2]
-K
K_allele, dividieren unabhängig von der Häufigkeit, wenn die Anzahl der Varianten diesen Wert überschreitet
[50]
-f
Häufigkeit, minimale Variantenhäufigkeit zum Erstellen einer neuen Gruppe [0.2]
fusionieren
Eingabedateiformat:
\T \T \T [\T ]
-i Eingabe-RBASM-Ausgabedatei [stdin]
-a Ausgabebaugruppe
-o Ausgabedatei für zusammengeführte Contigs, eine Zeile pro Cluster [stdout]
-N
Maximale Anzahl geteilter Cluster zum Zusammenführen [300]
-l
Minimale Überlappung beim Zusammenfügen zweier Lesevorgänge (nur gültig, wenn „-a“ geöffnet ist) [5]
-f
Mindestanteil der Ähnlichkeit beim Zusammenbau (nur gültig, wenn „-a“ geöffnet ist)
[0.90]
-r
Mindestanzahl der zu assemblierenden Lesevorgänge (nur gültig, wenn „-a“ geöffnet ist) [5]
-R
Maximale Anzahl der zu assemblierenden Lesevorgänge (nur gültig, wenn „-a“ geöffnet ist) [300]
Verwendung: Regenbogen [Optionen]
Gruppe
Eingabedateiformat: gepaarte Fasta/Fastq-Datei(en) Ausgabedateiformat:
\T \T \T
-1 Eingabe der Fasta/Fastq-Datei, unterstützt mehrere „-1“
-2 Eingabe der Fasta/Fastq-Datei, unterstützt mehrere „-2“ [null]
-l
Leselänge, Standard: 0 Variable
-m
Maximale Abweichungen [4]
-e
Exakt passender Schwellenwert [2000]
-L Geringe Polymorphie
div
Eingabedateiformat: \T \T \T Ausgabe
File Format:
\T \T \T [\T ]
-i Eingabedatei [stdin]
-o Ausgabedatei [stdout]
-k
K_allele, minimale Varianten zum Erstellen einer neuen Gruppe [2]
-K
K_allele, dividieren unabhängig von der Häufigkeit, wenn die Anzahl der Varianten diesen Wert überschreitet
[50]
-f
Häufigkeit, minimale Variantenhäufigkeit zum Erstellen einer neuen Gruppe [0.2]
fusionieren
Eingabedateiformat:
\T \T \T [\T ]
-i Eingabe-RBASM-Ausgabedatei [stdin]
-a Ausgabebaugruppe
-o Ausgabedatei für zusammengeführte Contigs, eine Zeile pro Cluster [stdout]
-N
Maximale Anzahl geteilter Cluster zum Zusammenführen [300]
-l
Minimale Überlappung beim Zusammenfügen zweier Lesevorgänge (nur gültig, wenn „-a“ geöffnet ist) [5]
-f
Mindestanteil der Ähnlichkeit beim Zusammenbau (nur gültig, wenn „-a“ geöffnet ist)
[0.90]
-r
Mindestanzahl der zu assemblierenden Lesevorgänge (nur gültig, wenn „-a“ geöffnet ist) [5]
-R
Maximale Anzahl der zu assemblierenden Lesevorgänge (nur gültig, wenn „-a“ geöffnet ist) [300]
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