blast2 - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

bl2seq, Blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp, Impala, Megablast, RPSblast,
Seedtop - Einfaches Suchwerkzeug für die lokale Ausrichtung

ZUSAMMENFASSUNG

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "Anfang halt"] [-J "Anfang halt"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a Dateinamen] [-d N] [-e X] [-g F] -i Dateinamen
-j Dateinamen [-m] [-o Dateinamen] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

blast2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "Anfang halt"]
[-J "Anfang halt"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i Dateinamen]
[-j Dateinamen] [-k str] [-m N] [-n] [-o Dateinamen] -p str [-q N] [-r N] [-S] [-T N] [-u]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]

Sprengstoff [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L Start stop] [-M str] [-O Dateinamen] [-P N] [-Q N] [-R Dateinamen] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i Dateinamen]
[-l str] [-m N] [-n] [-o Dateinamen] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

blastall_alt [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L Start stop] [-M str] [-O Dateinamen] [-P N] [-Q N] [-R Dateinamen] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i Dateinamen] [-l str]
[-m N] [-n] [-o Dateinamen] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

Blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L Start stop]
[-M str] [-O Dateinamen] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i Dateinamen] [-m N] [-n] [-o Dateinamen] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

Blastpgp [-] [-A N] [-B Dateinamen] [-C Dateinamen] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O Dateinamen] [-P N] [-Q Dateinamen] [-R Dateinamen] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i Dateinamen] [-j N] [-k Dateinamen] [-l str] [-m N] [-o Dateinamen] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

Impala [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O Dateinamen] [-P Dateinamen]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i Dateinamen] [-j N] [-m N] [-o Dateinamen]
[-v N] [-y X] [-z N]

Megablast [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L Start stop] [-M N]
[-N N] [-O Dateinamen] [-P N] [-Q Dateinamen] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i Dateinamen] [-l str] [-m N] [-n]
[-o Dateinamen] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L Start stop] [-N X] [-O Dateinamen] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d Dateinamen [-e X] [-i Dateinamen] [-l Dateinamen] [-m N]
[-o Dateinamen] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

Samenspitze [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O Dateinamen]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i Dateinamen] [-k Dateinamen] [-o Dateinamen] [-p str]
[-q N] [-r N]

BESCHREIBUNG

Diese Handbuchseite dokumentiert kurz die Befehle bl2seq, Explosion, Sprengstoff, Blastcl3,
Blastpgp, Impala, Megablast, rpsblast und Samenspitze. Diese Befehle sind dokumentiert
zusammen, weil sie viele gemeinsame Optionen haben.

bl2seq führt einen Vergleich zwischen zwei Sequenzen durch, entweder mit blastn oder blastp
Algorithmus. Beide Sequenzen müssen entweder Nukleotide oder Proteine ​​sein.

blast2 vergleicht eine Sequenz entweder mit einer lokalen Datenbank oder einer zweiten Sequenz; es
enthält die meisten Funktionen von beiden bl2seq und Sprengstoff, verwendet aber eine halb-
experimenteller neuer interner Motor.

Sprengstoff und blastall_alt Finden Sie die besten Übereinstimmungen in einer lokalen Datenbank für eine Sequenz.
Sprengstoff verwendet einen neueren Motor als blastall_alt standardmäßig, unterstützt aber die Verwendung der älteren
Engine ebenfalls (bei Aufruf mit der Option -V F).

Blastcl3 greift auf die neueste NCBI BLAST-Suchmaschine (Version 2.0) zu. Die Software dahinter
BLAST Version 2.0 wurde von Grund auf neu geschrieben, damit BLAST die neuen Herausforderungen bewältigen kann
die Sequenzdatenbanken in den kommenden Jahren aufwerfen. Updates dieser Software werden
in den kommenden Jahren fortsetzen.

Blastpgp Führt Blastp-Suchen mit Lücken durch und kann verwendet werden, um iterative Suchen in durchzuführen
Psi-Blast- und Phi-Blast-Modus.

Impala durchsucht eine Datenbank mit Score-Matrizen, erstellt von Kopiervorlage(1), produziert BLAST-like
Ausgabe.

Megablast verwendet den gierigen Algorithmus von Webb Miller et al. für Nukleotidsequenz
Ausrichtungssuche und verkettet viele Abfragen, um Zeit beim Durchsuchen der Datenbank zu sparen.
Dieses Programm ist für die Ausrichtung von Sequenzen optimiert, die sich aufgrund von
Sequenzierung oder andere ähnliche "Fehler". Es ist bis zu 10-mal schneller als üblich
Sequenzähnlichkeitsprogramme und können daher verwendet werden, um schnell zwei große Sets zu vergleichen
von Sequenzen gegeneinander.

rpsblast (Reverse PSI-BLAST) durchsucht eine Abfragesequenz gegen eine Profildatenbank.
Dies ist das Gegenteil von PSI-BLAST, das ein Profil gegen eine Datenbank mit Sequenzen durchsucht,
daher die `Rückseite'. rpsblast verwendet einen BLAST-ähnlichen Algorithmus, der Einzel- oder Doppelworte findet
Treffer und führt dann eine nicht zugeordnete Erweiterung für diese Kandidatenübereinstimmungen durch. Wenn eine
Es wird eine ausreichend hochbewertete ungpappte Ausrichtung erzeugt, eine lückenhafte Verlängerung wird durchgeführt
und diejenigen (mit Lücken versehenen) Ausrichtungen mit ausreichend niedrigem Erwartungswert werden gemeldet. Dies
Das Verfahren steht im Gegensatz zu IMPALA, das eine Smith-Waterman-Berechnung zwischen den
Abfrage und jedes Profil, anstatt einen Wort-Treffer-Ansatz zu verwenden, um Übereinstimmungen zu identifizieren, die
sollte verlängert werden.

Samenspitze beantwortet zwei relativ einfache Fragen:
1. Gegeben eine Sequenz und eine Musterdatenbank, welche Muster in der Sequenz vorkommen
und wo?
2. Gegeben eine Muster- und Sequenzdatenbank, welche Sequenzen enthalten das Muster und
woher?

Einige dieser Befehle unterstützen mehrere Vergleichstypen, die durch die -p
("Programm")-Flag:

blastp vergleicht eine Aminosäure-Abfragesequenz mit einer Proteinsequenz-Datenbank.

blastn vergleicht eine Nukleotidabfragesequenz mit einer Nukleotidsequenzdatenbank.

blastx vergleicht die konzeptionellen Translationsprodukte aus sechs Frames einer Nukleotidabfrage
Sequenz (beide Stränge) gegen eine Proteinsequenzdatenbank. Zum bl2seq, der
Nukleotid sollte die erste angegebene Sequenz sein.

psitblastn vergleicht eine Proteinabfragesequenz mit einer Nukleotidsequenzdatenbank
dynamisch in alle sechs Leserahmen (beide Stränge) mit a . übersetzt
Positionsspezifische Matrix erstellt von PSI-BLAST.

tblastn vergleicht eine Proteinabfragesequenz mit einer Nukleotidsequenzdatenbank
dynamisch in alle sechs Leserahmen (beide Stränge) translatiert. Zum bl2seq,
das Nukleotid sollte die zweite angegebene Sequenz sein.

tblastx vergleicht die Sechs-Frame-Übersetzungen einer Nukleotid-Abfragesequenz mit der
Sechs-Frame-Übersetzungen einer Nukleotidsequenz-Datenbank.

OPTIONAL

Nachfolgend finden Sie eine Zusammenfassung der Optionen.

- Nutzungsnachricht drucken

-A (bl2seq)
Eingabesequenzen in Form von accession.version

-A N (Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp, Megablast)
Fenstergröße für mehrere Treffer; ist im Allgemeinen standardmäßig 0 (für Single-Hit-Erweiterungen), aber
ist standardmäßig 40, wenn nicht zusammenhängende Vorlagen verwendet werden.

-B N (Explosion2)
Erstellen Sie on-the-fly-Ausgabe:
0 keine (Standard)
1 Tabelle mit Offsets und Qualitätswerten
2 Sequenzdaten hinzufügen
3-Text-ASN.1
4 binäre ASN.1

-B N (blastall, blastall_alt)
Anzahl verketteter Abfragen im blastn- oder tblastn-Modus

-B Dateinamen (blastpgp)
Input Alignment File für PSI-BLAST Restart

-C X (blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3)
Verwenden Sie zusammensetzungsbasierte Statistiken für blastp oder tblastn:
T, t, D oder d
Standard (entspricht 1 für blast2 und blastall_alt und 2 für Sprengstoff
und Blastcl3)
0, F oder f
Keine zusammensetzungsbasierten Statistiken
1 Zusammensetzungsbasierte Statistik wie in NAR 29:2994-3005, 2001
2 Kompositionsbasierte Score-Anpassung wie in Bioinformatik 21:902-911, 2005,
abhängig von Sequenzeigenschaften
3 Kompositionsbasierte Score-Anpassung wie in Bioinformatik 21:902-911, 2005,
bedingungslos
Beim Aktivieren von Statistiken in blastall, blastall_old oder blastcl3 (dh, nicht blast2),
anhängen u (Groß-/Kleinschreibung wird nicht beachtet) für den Modus ermöglicht die Verwendung einheitlicher p-Werte
Kombination von Ausrichtungs- und Kompositions-p-Werten nur in Runde 1.

-C Dateinamen (blastpgp)
Ausgabedatei für PSI-BLAST Checkpointing

-C N (Saatgut)
Nur Punkte oder nicht (Standard = 1)

-D N (bl2seq)
Ausgabeformat:
0 traditionell (Standard)
1 tabellarisch

-D N (blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3)
Übersetzen Sie Sequenzen in der Datenbank nach genetischem Code N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (Standard ist 1; gilt nur für tblast*)

-D N (Megablast)
Art der Ausgabe:
0 Ausrichtungsendpunkte und Punktzahl
1 Endpunkte aller nicht verknüpften Segmente
2 traditionelle BLAST-Ausgabe (Standard)
3 tabulatorgetrenntes einzeiliges Format
4 inkrementeller Text ASN.1
5 inkrementelle binäre ASN.1

-D N (Saatgut)
Kostenreduzierung zur Ausrichtung (Standard = 99999)

-E N (bl2seq, Blastcl3, Megablast)
Verlängerung einer Lücke kostet N (-1 ruft das Standardverhalten auf)

-E N (blast2, Blastall, Blastall_old)
Verlängerung einer Lücke kostet N (-1 ruft das Standardverhalten auf: nicht affin, wenn gierig, 2
Andernfalls)

-E N (blastpgp, Impala, Seedtop)
Verlängerung einer Lücke kostet N (Standard ist 1)

-F str (bl2seq, Blast2, Blastall, Blastall_old, Blastpgp,
blastcl3, Impala, Megablast, rpsblast) Filteroptionen für DUST oder SEG; standardmäßig auf
T für bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3 und megablast und zu F für
blastpgp, impala und rpsblast.

-F (Saatgut)
Filtersequenz mit SEG.

-G N (bl2seq, Blastcl3, Megablast)
Das Öffnen einer Lücke kostet N (-1 ruft das Standardverhalten auf)

-G N (blast2, Blastall, Blastall_old)
Das Öffnen einer Lücke kostet N (-1 ruft das Standardverhalten auf: nicht affin, wenn gierig, 5, wenn
mit dynamischer Programmierung)

-G N (blastpgp, Impala, Seedtop)
Das Öffnen einer Lücke kostet N (Standard ist 11)

-H (Explosion2)
HTML-Ausgabe erstellen

-H N (blastpgp)
Ende der erforderlichen Region in der Abfrage (-1 zeigt das Ende der Abfrage an)

-H (Impala)
Hilfe drucken (anders als Verwendungsmeldung)

-H N (Megablast)
Maximale Anzahl von HSPs, die pro Datenbanksequenz gespeichert werden (Standard ist 0, unbegrenzt)

-I "Anfang halt" (bl2seq, blast2)
Position in der ersten (Abfrage-)Sequenz (gilt nur, wenn die Datei mit angegeben wurde) -i enthält
eine einzelne Folge)

-I (Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp, Impala, Megablast,
rpsblast, Seedtop) GIs in Deflines anzeigen

-J "Anfang halt" (bl2seq, blast2)
Ort in zweiter (Betreff-)Sequenz (gilt nur, wenn Datei mit angegeben ist) -j
enthält eine einzelne Sequenz)

-J (Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp, Impala, Megablast,
rpsblast, Seedtop) Glauben Sie der Abfrage defline

-K N (blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp)
Anzahl der besten Hits aus einer Region, die aufbewahrt werden sollen. Standardmäßig deaktiviert. Bei Verwendung ein Wert von 100
ist empfohlen. Sehr hohe Werte von -v or -b werden ebenfalls vorgeschlagen.

-K N (Saatgut)
Interner Multiplikator für die Trefferpuffergröße (bezogen auf die Abfragelänge; Standard = 2)

-L (Explosion2)
Verwenden Sie eine (klassische Mega BLAST) Lookup-Tabelle mit einer Breite von 12 Zoll

-L Start stop (Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Megablast,
rpsblast) Position in der Abfragesequenz (für rpsblast, nur gültig im Blastp-Modus)

-M str (bl2seq, Blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3,
blastpgp, Impala, Seedtop) Matrix verwenden str (Standard = BLOSUM62)

-M N (Megablast)
Maximale Gesamtlänge der Abfragen für eine einzelne Suche (Standard = 5000000)

-N (Explosion2)
Nur Zugriffe für Sequenz-IDs in tabellarischer Ausgabe anzeigen

-N X (blastpgp, rpsblast)
Anzahl der Bits zum Auslösen von Gapping (Standard = 22.0)

-N N (Megablast)
Typ einer nicht zusammenhängenden Wortvorlage:
0-Codierung (Standard)
1 optimal
2 zwei gleichzeitig

-O Dateinamen (Blastall, Blastall_old, Blastcl3,
blastpgp, Impala, Megablast, Rpsblast, Seedtop) Schreiben (ASN.1) Sequenzausrichtungen
zu Dateinamen; nur gültig für blastpgp, impala, rpsblast und Seedtop mit -J und
nur gültig für Megablast mit -D2.

-P X (Explosion2)
Prozentsatz der Identitätsgrenze

-P N (Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp, RPSblast)
Legen Sie 1 für den Einzeltreffermodus oder 0 für den Mehrfachtreffermodus fest (Standard). Gilt nicht
zu sprengen.

-P Dateinamen (Impala)
Matrixprofile aus Datenbank lesen Dateinamen

-P N (Megablast)
Maximale Anzahl von Positionen für einen Hashwert (auf 0 gesetzt [Standard] zum Ignorieren)

-Q N (blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3)
Abfrage nach genetischem Code übersetzen N in /usr/share/ncbi/data/gc.prt (Standard
ist 1)

-Q Dateinamen (blastpgp)
Ausgabedatei für PSI-BLAST-Matrix in ASCII

-Q Dateinamen (Megablast)
Maskierte Abfrageausgabe; erfordert -D 2

-R (Explosion2)
Berechnen Sie lokal optimale Smith-Waterman-Ausrichtungen. (Diese Option ist nur verfügbar
für gespaltene tblastn.)

-R Dateinamen (blastall, blastall_alt)
PSI-TBLASTN-Checkpoint-Datei lesen Dateinamen

-R (blastcl3)
RPS Blast-Suche

-R Dateinamen (blastpgp)
Eingabedatei für PSI-BLAST Restart

-R (Megablast)
Melden Sie die Protokollinformationen am Ende der Ausgabe

-S N (bl2seq, Blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3,
megablast) Abfragestränge, um in der Datenbank nach blastn, blastx, tblastx zu suchen:
1 top
2 unten
3 beide (Standard)

-S N (blastpgp)
Beginn der erforderlichen Region in der Abfrage (Standard = 1)

-S N (Saatgut)
Cutoff-Kosten (Standard = 30)

-T (bl2seq, Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp, Megablast,
rpsblast) HTML-Ausgabe erstellen

-T N (Explosion2)
Typ einer nicht zusammenhängenden Wortvorlage:
0-Codierung (Standard)
1 optimal
2 zwei gleichzeitig

-U (bl2seq, Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp, Megablast,
rpsblast) Verwenden Sie die Filterung von Kleinbuchstaben für die Abfragesequenz

-V (bl2seq, Blastall, Megablast)
Verwendung der Legacy-Engine erzwingen

-V (Explosion2)
Verwenden Sie einen Ansatz mit variabler Wortgröße für das Scannen von Datenbanken

-W N (bl2seq, Blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Verwenden Sie Wörter der Größe N (Länge der besten perfekten Übereinstimmung;
null ruft das Standardverhalten auf, außer bei Megablast, das standardmäßig 28 ist, und
blastpgp, die standardmäßig auf 3 eingestellt ist. Die Standardwerte für die anderen Befehle variieren mit
"Programm": 11 für Blastn, 28 für Megablast und 3 für alles andere.)

-X N (bl2seq, Blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast, Seedtop) X-Dropoff-Wert für lückenhafte Ausrichtung (in
Bits) (Null ruft das Standardverhalten auf, außer bei Megablast, das standardmäßig auf 20 eingestellt ist,
und rpsblast und Seedtop, die standardmäßig auf 15 eingestellt sind. Die Standardwerte für die anderen
Befehle variieren je nach "Programm": 30 für blastn, 20 für megablast, 0 für tblastx und
15 für alles andere.)

-Y X (bl2seq, Blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) Effektive Länge des Suchraums (Null für
die wahre Größe)

-Z N (blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp,
Megablast, rpsblast) X-Dropoff-Wert für die endgültige [dynamische Programmierung?] Lücke
Ausrichtung in Bits (Standard ist 100 für blastn und megablast, 0 für tblastx, 25 für
Andere)

-a Dateinamen (bl2seq)
Schreiben Sie den Text ASN.1-Ausgang auf Dateinamen

-a N (blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Anzahl der zu verwendenden Threads (Standard ist eins)

-b N (blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Anzahl der Datenbanksequenzen zum Anzeigen von Alignments für
(B) (Standard ist 250)

-c (Explosion2)
Kleinbuchstaben maskieren

-c N (Impala)
Konstante in Pseudocounts für Multipass-Version; 0 (Standard) verwendet die Entropiemethode;
andernfalls wird ein Wert nahe 30 empfohlen

-c N (Impala)
Konstante in Pseudocounts für die Multipass-Version (Standard ist 10)

-d N (bl2seq)
Verwenden Sie die theoretische DB-Größe von N (Null steht für die tatsächliche Größe)

-d str (blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp,
Impala, Megablast, Seedtop) Zu verwendende Datenbank (Standard ist nr für alle ausführbaren Dateien
außer blast2, das eine zweite FASTA-Sequenz erfordert, wenn diese nicht eingestellt ist)

-d Dateinamen (rpsblast)
RPS BLAST-Datenbank

-e X Erwartungswert (E) (Standard = 10.0)

-f X (blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3)
Schwellenwert für verlängerte Treffer, Standard bei Null: 0 für Blastn und Megablast, 11 für
blastp, 12 für blastx und 13 für tblasn und tblastx.

-f N (blastpgp)
Schwellenwert für verlängerte Treffer (Standard 11)

-f (Megablast)
Vollständige IDs in der Ausgabe anzeigen (Standard: nur GIs oder Accessions)

-f (Saatgut)
Suche nach Mustern erzwingen, auch wenn sie zu wahrscheinlich sind

-g F (bl2seq, Blastall, Blastall_old, Blastcl3)
Keine Lückenausrichtung durchführen (N/A für tblastx)

-g (Explosion2)
Verwenden Sie einen gierigen Algorithmus für Erweiterungen mit Lücken

-g F (Megablast)
Lassen Sie diskontinuierliche Megablast Wörter für jede Basis der Datenbank generieren
(obligatorisch bei der aktuellen BLAST-Engine)

-h N (Explosion2)
Frame-Shift-Strafe für Gapping außerhalb des Frames (nur blastx, tblastn; Standard ist .)
Null)

-h X (blastpgp, impala)
e-Wert-Schwellenwert für die Aufnahme in das Multipass-Modell (Standard = 0.002 für blastpgp,
0.005 für Impala)

-i Dateinamen
Sequenz lesen (zuerst abfragen) oder setzen von Dateinamen (Standard ist stdin; wird nicht benötigt für
blastpgp beim Neustart von Scoremat)

-j Dateinamen (bl2seq, explosion2)
Zweite (Fach-)Sequenz lesen oder aus einstellen Dateinamen

-j N (blastpgp)
Maximale Anzahl von Durchgängen für die Multipass-Version (Standard = 1)

-k str (Explosion2)
Muster für PHI-BLAST

-k Dateinamen (blastpgp, Seedtop)
Eingabetrefferdatei für PHI-BLAST (Standard = hit_file)

-l str (Blastall, Blastall_old, Blastpgp, Megablast)
Suche in der Datenbank auf Liste der GIs beschränken [String]

-l Dateinamen (rpsblast)
Nachrichten protokollieren an Dateinamen statt Standardfehler.

-m (bl2seq)
Verwenden Sie Mega Blast für die Suche

-m N (blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Ausrichtungsansichtsoptionen:
0 paarweise (Standard)
1 abfrageverankerte Identitäten anzeigen
2 Abfrage-verankert, keine Identitäten
3 flache Abfragen verankert, Identitäten anzeigen
4 flache Abfragen verankert, keine Identitäten
5 abfrageverankert, keine Identitäten und stumpfe Enden
6 flache Abfragen verankert, keine Identitäten und stumpfe Enden
7 XML Blast-Ausgabe (nicht verfügbar für Impala)
8 tabellarisch (nicht verfügbar für Impala)
9 tabellarisch mit Kommentarzeilen (nicht verfügbar für Impala)
10 ASN.1-Text (nicht verfügbar für Impala oder Rpsblast)
11 ASN.1-Binärdatei (nicht verfügbar für Impala oder rpsblast)

-n (Explosion2)
GIs in Sequenz-IDs anzeigen

-n (Blastall, Blastall_old, Blastcl3)
MegaBlast-Suche

-n (Megablast)
Verwenden Sie nicht gierige (dynamische Programmierung) Erweiterungen für affine Gap Scores

-o Dateinamen
Schreiben Sie den endgültigen Ausrichtungsbericht an Dateinamen eher als stdout

-p str (bl2seq, Blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3)
Verwenden Sie das "Programm" (Vergleichstyp) strdem „Vermischten Geschmack“. Seine BESCHREIBUNG Abschnitt behandelt dies
Option genauer.

-p str (blastpgp)
Programmoption für PHI-BLAST (Standard = blastpgp)

-p X (Megablast)
Prozentsatz der Identitätsgrenze (Standard = 0)

-p F (rpsblast)
Abfragesequenz ist Nukleotid, kein Protein

-p str (Saatgut)
Programmname:
patmatchp gibt an, welche Muster in einer Sequenz vorkommen
patternp gibt an, welche Sequenzen ein Muster enthalten

-q N (bl2seq, Blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3,
Megablast, Seedtop) Strafe für eine Nukleotid-Fehlpaarung (nur blastn) (Standard = -10
für Seedtop, -3 für alles andere)

-q N (blastpgp)
ASN.1 Scoremat-Eingabe von Checkpoint-Daten:
0 keine Scoremat-Eingabe (Standard)
1 Neustart von der ASCII-Scoremat-Checkpoint-Datei
2 Neustart von Binär-Scoremat-Checkpoint-Datei

-r N (bl2seq, Blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3,
Megablast, Seedtop) Belohnung für eine Nukleotidübereinstimmung (nur blastn) (Standard = 10 für
Seedtop, -10 für alles andere)

-s (Explosion2)
No-op (früher angefordertes Generieren von Wörtern für jede Basis der Datenbank)

-s (Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp)
Berechnen Sie lokal optimale Smith-Waterman-Ausrichtungen. Für blastall, blastall_old und
blastcl3, dies ist nur im Gapped tblastn-Modus verfügbar.

-s N (Megablast)
Minimale Trefferquote zum Melden (0 für Standardverhalten)

-t N (bl2seq, Blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3)
Länge einer nicht zusammenhängenden Wortvorlage (das größte zulässige Intron in einem übersetzten
Nukleotidsequenz beim Verknüpfen mehrerer unterschiedlicher Zuordnungen; Vorgabe = 0;
negative Werte deaktivieren die Verknüpfung für blastall, blastall_old und blastcl3.)

-t N[u] (blastpgp)
Kompositionsbasierte Score-Anpassung. Das erste Zeichen wird wie folgt interpretiert:
0, F oder f
keine zusammensetzungsbasierte Statistik
1 zusammensetzungsbasierte Statistik wie in NAR 29:2994-3005, 2001
2, T oder t
Kompositionsbasierte Partituranpassung wie in Bioinformatik 21:902-911, 2005,
abhängig von Sequenzeigenschaften in Runde 1 (Standard)
3 kompositionsbasierte Partituranpassung wie in Bioinformatik 21:902-911, 2005,
bedingungslos in Runde 1

Wenn zusammensetzungsbasierte Statistiken verwendet werden, Anhängen u (Groß-/Kleinschreibung wird nicht beachtet)
Argument fordert einen einheitlichen p-Wert, der den Ausrichtungs-p-Wert und den kompositorischen p-Wert kombiniert
Wert nur in Runde 1.

-t N (Megablast)
Länge einer nicht zusammenhängenden Wortvorlage (zusammenhängendes Wort wenn 0 [Standard])

-u (Explosion2)
Nur nicht zugeordnete Ausrichtung durchführen (bei tblastx immer WAHR)

-u str (blastcl3)
Beschränken Sie die Suche in der Datenbank auf die Ergebnisse der Entrez2-Suche

-u N (blastpgp)
ASN.1 Scoremat-Ausgabe von Checkpoint-Daten:
0 keine Scoremat-Ausgabe (Standard)
1 ASCII-Scoremat-Checkpoint-Ausgabedatei (erfordert -J)
2-Ausgabe-Binär-Scoremat-Checkpoint-Datei (erfordert -J)

-v N (blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) Anzahl der anzuzeigenden einzeiligen Beschreibungen (V) (Standard =
500)

-w N (Explosion2)
Fenstergröße (max. zulässiger Abstand zwischen einem Paar anfänglicher Treffer; 0 Aufrufe
Standardverhalten, -1 schaltet mehrere Treffer aus)

-w N (Blastall, Blastall_old, Blastcl3)
Frame-Shift-Strafe (OOF-Algorithmus für Blastx)

-y X (blast2, Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp,
impala, rpsblast) X-Dropoff für nicht zugeordnete Erweiterungen in Bits (0.0 ruft Standard auf
Verhalten: 20 für blastn, 10 für Megablast und 7 für alle anderen.)

-y N (Megablast)
X-Dropoff-Wert für nicht zugeordnete Nebenstelle (Standard ist 10)

-z N (Explosion2)
Längste Intronlänge für HSP-Linking mit ungleicher Lücke (nur tblastn; Standard ist 0)

-z N (Blastall, Blastall_old, Blastcl3, Blastpgp, Impala,
megablast, rpsblast) Effektive Länge der Datenbank (Null für die tatsächliche Größe verwenden)

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