Dies ist der Befehl „bowtie-build“, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
bowtie-build – Erstellen eines Farbraumindex für Bowtie
ZUSAMMENFASSUNG
Bowtie-Build [Optionen]*
BESCHREIBUNG
reference_in
Durch Kommas getrennte Liste von Dateien mit Referenzsequenzen
ebwt_outfile_base
Schreiben Sie Ebwt-Daten in Dateien mit diesem Verzeichnis/Basisnamen
OPTIONAL
-f Referenzdateien sind Fasta (Standard)
-c Referenzsequenzen, die in der cmd-Zeile angegeben sind (as )
--großer-index
Erzwingen Sie, dass der generierte Index „groß“ ist, auch wenn ref weniger als 4 Milliarden hat
Nukleotide
-C/--Farbe
Erstellen Sie einen Farbraumindex
-a/--noauto
Automatik deaktivieren -p/--bmax/--dcv Speicheranpassung
-p/--gepackt
Verwenden Sie intern gepackte Zeichenfolgen. langsamer, verbraucht weniger Speicher
--bmax
Maximale Bucket-Größe für den blockweisen Suffix-Array-Builder
--bmaxdivn
max Bucket sz als Teiler von ref len (Standard: 4)
--dcv
Diff-Abdeckungszeitraum für blockweise (Standard: 1024)
--nodc Diff-Cover deaktivieren (Algorithmus wird quadratisch)
-r/--noref
Erstellen Sie keinen .3/.4.ebwt-Teil (gepackte Referenz).
-3/--justref
Erstellen Sie einfach den Teil .3/.4.ebwt (gepackte Referenz).
-o/--offrate
SA wird alle 2^offRate BWT-Zeichen abgetastet (Standard: 5)
-t/--ftabchars
Anzahl der bei der ersten Suche verbrauchten Zeichen (Standard: 10)
--ntoa Konvertieren Sie Ns in Bezug auf As
--Samen
Seed für Zufallszahlengenerator
-q/--ruhig
ausführliche Ausgabe (zum Debuggen)
-h/--Hilfe
Drucken Sie eine detaillierte Beschreibung des Tools und seiner Optionen aus
--Verwendungszweck
Drucken Sie diese Nutzungsnachricht
--Version
Versionsinformationen drucken und beenden
64-Bit Aufgebaut auf lgw01-11 Do 26. Nov 11:11:03 UTC 2015 Compiler: gcc Version 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Optionen: -O3 -Wl,--hash-style=beide -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-stark -Wformat -Fehler=Formatsicherheit -g -O2 -fstack-protector-stark
-Wformat -Fehler=Formatsicherheit -Wl,-Bsymbolische-Funktionen -Wl,-z,relro Sizeof {int, long,
lang lang, void*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
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