Dies ist der Befehl „bowtie2-build“, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
bowtie2-build – Wrapper für bowtie2-build-*
ZUSAMMENFASSUNG
bowtie2-build [Optionen]*
BESCHREIBUNG
Bowtie 2 Version 2.2.6 von Ben Langmead ([E-Mail geschützt] , www.cs.jhu.edu/~langmea)
reference_in
Durch Kommas getrennte Liste von Dateien mit Referenzsequenzen
bt2_index_base
Schreiben Sie BT2-Daten in Dateien mit diesem Verzeichnis/Basisnamen
*** Bowtie 2-Indizes funktionieren nur mit v2 (nicht v1). Ebenso für v1-Indizes. ***
OPTIONAL
-f Referenzdateien sind Fasta (Standard)
-c Referenzsequenzen, die in der cmd-Zeile angegeben sind (as )
--großer-index
Erzwingen Sie, dass der generierte Index „groß“ ist, auch wenn ref weniger als 4 Milliarden hat
Nukleotide
-a/--noauto
Automatik deaktivieren -p/--bmax/--dcv Speicheranpassung
-p/--gepackt
Verwenden Sie intern gepackte Zeichenfolgen. langsamer, weniger Speicher
--bmax
Maximale Bucket-Größe für den blockweisen Suffix-Array-Builder
--bmaxdivn
max Bucket sz als Teiler von ref len (Standard: 4)
--dcv
Diff-Abdeckungszeitraum für blockweise (Standard: 1024)
--nodc Diff-Cover deaktivieren (Algorithmus wird quadratisch)
-r/--noref
Erstellen Sie keine .3/.4-Indexdateien
-3/--justref
Erstellen Sie einfach .3/.4-Indexdateien
-o/--offrate
SA wird alle 2^ abgetastet BWT-Zeichen (Standard: 5)
-t/--ftabchars
Anzahl der bei der ersten Suche verbrauchten Zeichen (Standard: 10)
--Samen
Seed für Zufallszahlengenerator
-q/--ruhig
ausführliche Ausgabe (zum Debuggen)
-h/--Hilfe
Drucken Sie eine detaillierte Beschreibung des Tools und seiner Optionen aus
--Verwendungszweck
Drucken Sie diese Nutzungsnachricht
--Version
Versionsinformationen drucken und beenden
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