Dies ist der Befehl bp_run_protdist.plp, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
run_neighbor – führt Phylips „protdist“-Programm über Bioperl aus
ZUSAMMENFASSUNG
run_protdist [-i Eingabedatei] [-o Ausgabedateiname]
BESCHREIBUNG
Stellen Sie eine Ausrichtungsdatei bereit, auf der protdist ausgeführt werden kann. Die Datei sollte entweder .aln oder .phy heißen.
Dies ist erforderlich, damit wir feststellen können, ob wir eine Clustalw-Ausrichtung in konvertieren müssen
Phylip. Sie können das Skript gerne erweitern, um es auf andere MSA-Formate wie bioperl zu übertragen
unterstützt. Dies ist für den Einsatz in sehr einfachen manuellen Pipelines gedacht.
Die Eingabedatei sollte in der Form file.phy oder file.aln benannt werden, das Programm erwartet a
Datei im Format (\S+)\.(\S+).
Dadurch wird die Anwendung „protdist“ ausgeführt, die die „KIMURA“-Formel verwendet, um ein Protein aufzubauen
Distanzmatrix. Diejenigen mit Phylip3.6 werden einige Änderungen vornehmen wollen, wenn sie es verwenden möchten
JTT. Bei Bedarf helfe ich gerne dabei, dies als Cmd-Zeilenargument einzufügen.
Verwenden Sie bp_run_protdist.plp online über die Dienste von onworks.net
