bp_seqfeature_loadp – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

bp_seqfeature_load.pl – GFF in eine SeqFeature-Datenbank laden

BESCHREIBUNG

Übergeben Sie eine beliebige Anzahl von Dateien im GFF- oder Fasta-Format (oder GFF mit eingebettetem Fasta), um die Datei zu laden
Features und Sequenzen in eine SeqFeature-Datenbank. Die zu verwendende Datenbank (und der Adapter) ist
in der Befehlszeile angegeben. Verwenden Sie das Flag --create, um eine neue SeqFeature-Datenbank zu erstellen.

ZUSAMMENFASSUNG

bp_seqfeature_load.pl [Optionen] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

Versuchen Sie „bp_seqfeature_load.pl --help“ oder „--man“, um weitere Informationen zu erhalten.

OPTIONAL

-d, --dsn
DBI-Datenquelle (Standard dbi:mysql:test)

-n, --namespace
Das zu verwendende Tabellenpräfix (Standard undef) ermöglicht mehrere unabhängige Sequenzfunktionen
Datenbanken, die in einer einzigen Datenbank gespeichert werden sollen

-s, --seqfeature
Der Typ des zu erstellenden SeqFeatures... RTSC (Standard Bio::DB::SeqFeature)

-a, --adaptor
Der zu verwendende Speicheradapter (Klasse) (Standard DBI::mysql)

-v, --verbose
Ausführliche Fortschrittsberichte aktivieren (Standardeinstellung: true). Verwenden Sie --noverbose, um dies auszuschalten.

-f, --fast
Aktivieren Sie das Schnellladen. (Standard 0) Nur für einige Adapter verfügbar.

-T, --temporäres Verzeichnis
Geben Sie ein temporäres Verzeichnis für schnelles Laden an (Standard: File::Spec->tmpdir())

-i, --ignore-seqregion
Wenn „true“, dann ignorieren Sie ##sequence-region-Direktiven in der GFF3-Datei (standardmäßig erstellen Sie eine
Funktion für jede Region)

-c, --create
Erstellen Sie die Datenbank und initialisieren Sie sie erneut (Standardeinstellung: „false“). Beachten Sie, dass dadurch die vorherige Datenbank gelöscht wird
Datenbankinhalte, falls vorhanden.

-u, --user
Benutzer, unter dem eine Verbindung zur Datenbank hergestellt werden soll

-p, --password
Passwort zum Herstellen einer Verbindung zur Datenbank

-z, --zip
Datenbanktabellen komprimieren, um Platz zu sparen (Standardeinstellung: falsch)

-S, --subfeatures
Aktivieren Sie die Indizierung von Unterfunktionen (Standard: true). Verwenden Sie --nosubfeatures, um dies auszuschalten.

--Zusammenfassung
Generieren Sie zusammenfassende Statistiken für Abdeckungsdiagramme (Standardeinstellung: „false“). Dies kann auf einem ausgeführt werden
zuvor geladene Datenbank oder während des Ladevorgangs. Der Standardwert ist „true“, wenn „--create“ lautet
benutzt.

-N, --nosummary
Generieren Sie keine zusammenfassenden Statistiken, um Platz und Ladezeit zu sparen (Standard, wenn
--create ist nicht angegeben. Verwenden Sie diese Option, um die Zusammenfassungsstatistik explizit zu deaktivieren
wenn --create angegeben ist)

--noalias-target
Erstellen Sie kein Alias-Attribut, dessen Wert die target_id in einem Target-Attribut ist (falls
Das Feature enthält ein Target-Attribut. Standardmäßig wird ein Alias-Attribut erstellt
dessen Wert die target_id im Target-Attribut ist)

Bitte ansehen http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml für Informationen zum GFF3
Format. BioPerl erweitert das Format geringfügig durch das Hinzufügen einer ##index-subfeatures-Direktive. Satz
Setzen Sie dies auf einen wahren Wert, wenn Sie möchten, dass die Datenbank die Funktion eines Features abrufen kann
einzelne Teile (z. B. die Exons eines Transkripts) unabhängig von der obersten Ebene
Feature:

##index-subfeatures 1

Es ist auch möglich, die Indizierung von Unterfunktionen fallweise zu steuern
Hinzufügen von „index=1“ oder „index=0“ zur Attributliste des Features. Dies sollte nur verwendet werden
für Unterfunktionen.

Die Subfeature-Indizierung ist standardmäßig „true“. Auf „false“ (0) setzen, um viel Datenbankspeicherplatz zu sparen
und Geschwindigkeitsleistung. Sie können --nosubfeatures verwenden, um dies zu erzwingen.

Verwenden Sie bp_seqfeature_loadp online über die Dienste von onworks.net