cleanasn – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

cleanasn – Unregelmäßigkeiten in NCBI ASN.1-Objekten beseitigen

ZUSAMMENFASSUNG

sauber [-] [-A Dateinamen] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L Dateinamen] [-M Dateinamen]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i Dateinamen] [-j Dateinamen] [-k Dateinamen] [-m str] [-n Weg]
[-o Dateinamen] [-p Weg] [-q Weg] [-r Weg] [-v Weg] [-x ext]

BESCHREIBUNG

sauber ist ein Hilfsprogramm zur Bereinigung von Unregelmäßigkeiten in NCBI ASN.1-Objekten.

OPTIONAL

Nachfolgend finden Sie eine Zusammenfassung der Optionen.

- Nutzungsnachricht drucken

-A Dateinamen
Beitrittslistendatei

-C str Sequenzoperationen gemäß den Flags in str:
c Komprimieren
d Dekomprimieren
v Virtuelle Lücken innerhalb der segmentierten Sequenz
s Konvertieren Sie den segmentierten Satz in eine Delta-Sequenz

-D str Deskriptoren gemäß den Flags in str bereinigen:
t Titel entfernen
c Kommentar entfernen
n Entfernen Sie den Titel des Nuc-Prot-Sets
e Entfernen Sie den Pop/Phy/Mut/Eco-Set-Titel
m Entfernen Sie den mRNA-Titel
p Proteintitel entfernen

-F str Bereinigungsfunktionen gemäß den Flags in str:
u Entfernen Sie Benutzerobjekte
d Entfernen Sie db_xrefs
e Entfernen /Beweis und /Inferenz
r Entfernen Sie redundante Gen-XRefs
f Duplikatfunktionen zusammenführen
k Paketcodierungsregion oder Teilefunktionen
z EC-Nummern löschen oder aktualisieren

-K str Führen Sie eine allgemeine Bereinigung gemäß den Flags in str durch:
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (über ein externes Dienstprogramm)
s SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n Deskriptorreihenfolge normalisieren
u Entfernen Sie NcbiCleanup-Benutzerobjekte
c Synchronisieren Sie genetische Codes
d CDS-Teiltöne neu synchronisieren
m mRNA-Partials neu synchronisieren
t Peptid-Teilsignale neu synchronisieren
a Passen Sie den Konsensspleiß an
Ich stufe zur „schlechtesten“ Seq-ID hoch

-L Dateinamen
Logdatei

-M Dateinamen
Makrodatei

-N str Bereinigen Sie die Links gemäß den Flags in str:
o Verknüpfen Sie CDS-mRNA durch Überlappung
p CDS-mRNA nach Produkt verknüpfen
r Feature-IDs neu zuweisen
f Fehlende reziproke Feature-IDs beheben
c Funktions-IDs löschen

-P Veröffentlichungsmöglichkeiten:
a Alle Veröffentlichungen entfernen
s Seriennummer entfernen
f Entfernen Sie Abbildung, Nummerierung und Name
r Bemerkung entfernen
u Aktualisieren Sie die Nur-PMID-Publikation
# Unveröffentlicht durch PMID ersetzen

-Q str Bericht:
c Anzahl der Datensätze
r ASN.1 BSEC-Bericht
s ASN.1 SSEC-Bericht
n NORM vs. SSEC-Bericht
e PopPhyMutEco AutoDef-Bericht
o Überlappungsbericht
l Breitengrad-Längengrad-Länderdifferenz
d SSEC-Unterschiede protokollieren
g GenBank SSEC diff
f asn2gb/asn2flat diff
h Seg-zu-Delta-GenBank-Diff
v Validator-SSEC-Diff
m Gen/RNA/PCR modernisieren
u Suche nach unveröffentlichten Pubs
p Veröffentlichte Pub-Suche
j Bericht über nicht indiziertes Journal
x Benutzerdefinierter Scan

-R Fernabruf von ID (NCBI-Sequenzdatenbanken)

-S str Selektiver Differenzfilter (Großbuchstaben überspringen)
s SSEC
b BSEC
Ein Autor
p Veröffentlichung
l Standort
r RNA
q Sortierreihenfolge der Qualifizierer
g Genbank-Block
k Paket CdRegion oder Teilefunktionen
m Veröffentlichung verschieben
o Hinterlassen Sie eine doppelte Bioseq-Publikation
d Automatische Definitionszeile
e Pop/Phy/Mut/Eco Set-Definitionszeile

-T Taxonomie-Suche

-U str Modernisieren, gemäß den Flags in str:
g Gene
r RNA
p PCR-Primer

-V str Entfernen Sie Funktionen nach Validator-Schweregrad:
r Ablehnen
e Fehler
w Warnung
ich Info

-X str Verschiedene Optionen pro Str:
d Automatische Definitionszeile
e Pop/Phy/Mut/Eco Set-Definitionszeile
n NC-Titel instanziieren
m Instanziieren Sie NM-Titel
x Spezielle XM-Titel
p Proteintitel instanziieren
c Erstellen Sie mRNAs für kodierende Sequenzen
f Korrigieren Sie die reziproke protein_id/transcript_id

-Z str Angezeigtes Benutzerobjekt entfernen

-a str ASN.1-Typ
a Beliebig (Standard)
e Seq-Eintrag
b Bioseq
s Bioseq-Set
m Seq-senden
t Stapelverarbeitung [String]

-b Eingabe ASN.1 ist Binär

-c Eingabe ASN.1 ist komprimiert

-d str Quelldatenbank
a Beliebig (Standard)
g GenBank
und EMBL
d DDBJ
b EMBL oder DDBJ
r RefSeq
n NCBI
v Nur segmentierte Sequenzen
w Segmentierte Sequenzen ausschließen
x EMBL/DDBJ ausschließen
y Schließen Sie gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts aus

-f str Teilstring-Filter

-i Dateinamen
Einzelne Eingabedatei (standardmäßig stdin)

-j Dateinamen
Erster Dateiname

-k Dateinamen
Letzter Dateiname

-m str Flatfile-Modus:
r Freigabe
e Entrez
s Pailletten
d Dump

-n Weg
asn2flat ausführbare Datei (Standard ist /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o Dateinamen
Einzelne Ausgabedatei (standardmäßig stdout)

-p Weg
Verarbeiten Sie alle passenden Dateien in Weg

-q Weg
ffdiff ausführbare Datei (Standard ist /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r Weg
Pfad für Ergebnisse

-v Weg
asnval ausführbare Datei (Standard ist /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x ext Dateiauswahlsuffix zur Verwendung mit -p (standardmäßig .ent)

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