Dies ist der Befehl clustalw, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
clustalw - Mehrfaches Alignment von Nukleinsäure- und Proteinsequenzen
ZUSAMMENFASSUNG
Clusterw [-im Ordner] datei.ext [OPTIONAL]
Clusterw [-Hilfe | -Vollhilfe]
BESCHREIBUNG
Clustal W ist ein Mehrzweck-Multiple-Alignment-Programm für DNA oder Proteine.
Das Programm führt gleichzeitiges Alignment vieler Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen durch. Es
wird normalerweise interaktiv ausgeführt und bietet ein Menü und eine Online-Hilfe. Wenn Sie es vorziehen, zu verwenden
Im Befehlszeilenmodus (Batch) müssen Sie mehrere Optionen angeben, das Minimum ist
-im Ordner.
OPTIONAL
DATEN (Sequenzen)
-infile=datei.ext
Eingabesequenzen.
-profil1=datei.ext und -profil2=datei.ext
Profile (alte Ausrichtung)
VERBEN (von Dinge)
-Optionen
Listen Sie die Befehlszeilenparameter auf.
-Hilfe or -prüfen
Umreißen Sie die Befehlszeilenparameter.
-Vollhilfe
Vollständigen Hilfeinhalt ausgeben.
-ausrichten
Führen Sie eine vollständige Mehrfachausrichtung durch.
-Baum
Berechnen Sie den NJ-Baum.
-pim
Ausgabe der prozentualen Identitätsmatrix (während der Berechnung des Baums).
- Bootstrap=n
Bootstrap einen NJ-Baum (n= Anzahl Bootstraps; def. = 1000).
-Konvertieren
Geben Sie die Eingabesequenzen in einem anderen Dateiformat aus.
PARAMETER (einstellen Dinge)
Allgemeines Einstellungen:
-interaktiv
Befehlszeile lesen, dann normale interaktive Menüs aufrufen.
-Schnellbaum
Verwenden Sie den FAST-Algorithmus für den Ausrichtungshilfsbaum.
-typ=
PROTEIN or DNA Sequenzen.
-Negativ
Protein-Alignment mit negativen Werten in der Matrix.
-outfile=
Name der Sequenzausrichtungsdatei.
-Ausgabe=
GCG, GDE, PHILIP, PIR or NEXUS.
-Ausgabereihenfolge=
SPEISUNG or AUSGERICHTET
-Fall
NIEDER or UPPER (nur für GDE-Ausgabe).
-seqnos=
OFF or ON (nur für Clustal-Ausgabe).
-seqnos_range=
OFF or ON (NEU: für alle Ausgabeformate).
-range=m,n
Sequenzbereich zum Schreiben beginnend m zu m+n.
-maxseqlen=n
Maximal zulässige Länge der Eingabesequenz.
-ruhig
Reduzieren Sie die Konsolenausgabe auf ein Minimum.
-stats=Datei
Protokollieren Sie einige Ausrichtungsstatistiken in Datei.
Schnell Paarweise Ausrichtungen:
-ktuple=n
Wortgröße.
-topdiags=n
Anzahl der besten Diagnosen.
-fenster=n
Fenster um die besten Diagnosen.
-pairgap=n
Lückenstrafe.
-Ergebnis
PROZENT or ABSOLUTE.
Bremst Paarweise Ausrichtungen:
-pwmatrix=
:Proteingewichtsmatrix=BLÜM, PAM, GONNET, ID or Dateinamen
-pwdnamatrix=
DNA-Gewichtsmatrix=BLÜMIUB, BLÜMCLUSTALW oder BLÜMDateiname.
-pwgapopen=f
Lückenöffnungsstrafe.
-pwgapext=f
Strafe für Lückenverlängerung.
Mehrere Ausrichtungen:
-neubaum=
Datei für neuen Guide-Baum.
-usetree=
Datei für alten Leitbaum.
-Matrix=
Proteingewichtsmatrix=BLÜM, PAM, GONNET, ID or Dateinamen.
-DNAMatrix=
DNA-Gewichtsmatrix=IUB, CLUSTALW or Dateinamen.
-gapopen=f
Lückenöffnungsstrafe.
-gapext=f
Strafe für Lückenverlängerung.
-engagiert
Kein Endspalttrennstift.
-gapdist=n
Lückentrennstift. Bereich.
-keine Lücke
Rückstandsspezifische Lücken ab.
-keine Lücke
Hydrophile Lücken aus.
-hgapresidues=
Liste hydrophile res.
-maxdiv=n
Prozent Identität für Verzögerung.
-typ=
PROTEIN or DNA
-transgewicht=f
Gewichtung der Übergänge.
-Iteration=
NONE or TREE or AUSRICHTUNG.
-Zahlen=n
Maximale Anzahl der auszuführenden Iterationen.
Profil Ausrichtungen:
-Profil
Führen Sie zwei Ausrichtungen durch Profilausrichtung zusammen.
-neuerBaum1=
Datei für neuen Leitbaum für Profil1.
-neuerBaum2=
Datei für neuen Leitbaum für Profil2.
-usetree1=
Datei für alten Leitbaum für Profil1.
-usetree2=
Datei für alten Leitbaum für Profil2.
Reihenfolge zu Profil Ausrichtungen:
-Sequenzen
Fügen Sie sequenziell Profil2-Sequenzen zum Profil1-Alignment hinzu.
-neubaum=
Datei für neuen Guide-Baum.
-usetree=
Datei für alten Leitbaum.
Struktur Ausrichtungen:
-nosecstr1
Verwenden Sie keine sekundäre Strukturlücken-Strafmaske für Profil 1.
-nosecstr2
Verwenden Sie keine sekundäre Strukturlücken-Strafmaske für Profil 2.
-secstrout=STRUKTUR or MASKE or BEIDE or NONE
Ausgabe in Alignment-Datei.
-helixlücke=n
Lückenstrafe für Rückstände des Helixkerns.
-strandlücke=n
Lückenstrafe für Litzenkernreste.
Schleife=n
Lückenstrafe für Loop-Regionen.
-terminalgap=n
Lückenstrafe für Strukturtermini.
-helixendin=n
Anzahl der als terminal zu behandelnden Reste innerhalb der Helix.
-helixendout=n
Anzahl der als terminal zu behandelnden Reste außerhalb der Helix.
-strandendin=n
Anzahl der Reste innerhalb des Strangs, die als endständig behandelt werden sollen.
-strandendout=n
Anzahl der Reste außerhalb des Strangs, die als terminal behandelt werden sollen.
Bäume:
-Ausgabebaum=nj OR Phylip OR dist OR Verknüpfung
-Samen=n
Seed-Nummer für Bootstraps.
-Kimura
Verwenden Sie Kimuras Korrektur.
-Wurflücken
Ignorieren Sie Positionen mit Lücken.
-bootlabels=Knoten
Position der Bootstrap-Werte in der Baumdarstellung.
-clustering=
NJ oder UPGMA.
Verwenden Sie clustalw online mit den onworks.net-Diensten
