cmtk – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

cmtk – das Computational Morphometry Toolkit

ZUSAMMENFASSUNG

cmtk [Optionen]

BESCHREIBUNG

Dieses Hilfsskript bietet einen einheitlichen Zugriff auf alle von CMTK bereitgestellten Befehlszeilentools.
Bitte geben Sie den auszuführenden CMTK-Befehl und seine Optionen an. Sehen cmtk- (1) Manpage oder
Ausgabe von cmtk --help für spezifische Optionen

BEFEHLE

ein Segment
Registrieren Sie ein Zielbild in einem Atlas, indem Sie affine gefolgt von einem nicht starren B-Spline verwenden
Registrierung und formatieren Sie dann die Atlas-Beschriftungskarte auf das Zielbild um.

asegment_sri24
Registrieren Sie dann ein Zielbild in einem ausgewählten Kanal des SRI24-Atlas des menschlichen Gehirns
Formatieren Sie eine der Atlas-Beschriftungskarten mit dem Zielbild neu. Hinweis: Es wird davon ausgegangen, dass die
Das Zielbild ist ohne Schädel, enthält also nur das Gehirn.

durchschnittlich_affin
Dieses Tool berechnet den Durchschnitt einer Sequenz von vom Benutzer bereitgestellten affinen Koordinaten
Transformationen.

durchschnittliche_Bilder
Dieses Tool berechnet den Pixel-Durchschnitt, die Varianz, die Standardabweichung, den Z-Score usw
Entropiebilder aus einer Liste von vom Benutzer bereitgestellten Intensitätsbildern.

Average_labels
Durchschnittliche mitregistrierte Etikettenbilder unter Verwendung von Teilvolumina

avg_adm
Berechnen Sie Bilder mit durchschnittlicher Form und durchschnittlicher Intensität und Deformationskarten mit einem aktiven
Verformungsmodell.

concat_affine
Dieses Tool berechnet die explizite Verkettung mehrerer affiner Koordinaten
Transformationen, die jeweils optional invertiert werden können.

konvertieren_warp
Dieses Werkzeug konvertiert nicht starre B-Spline-Verformungskoordinaten im freien Format
Transformationen zwischen verschiedenen Darstellungen (z. B. absolut vs. relativ).
Vektoren). Erstellt auch Bruchtransformationen.

konvertierenx
Dieses Tool konvertiert zwischen Bilddateiformaten und Pixeldatentypen. Es kann auch gelten
einfache, universelle Bildoperationen im Prozess. Eine beliebige Anzahl von
Auf der Befehlszeile können Operationen angegeben werden, die genau im ausgeführt werden
Auftrag gegeben.

dbtool
Dieses Tool ändert und fragt die Datenbank mit Bildern und Transformationen zwischen ihnen ab
Them.

dcm2image
Kombinieren Sie Sätze von DICOM-Schnitten zu 3D-Bildstapeln

beschreiben
Dieses Tool druckt eine detaillierte Beschreibung der Eingabedateien entweder als Bild(er) oder aus
Transformation(en).

zerstören
Dieses Programm korrigiert Streifenartefakte in erfassten Bildstapeln, die daraus resultieren können
Unterschiede auf der Intensitätsskala zwischen den Schichten.

discover_adni_phantom
Dieses Tool erkennt die Positionen aller sphärischen Orientierungspunkte in einem 3D-Bild des
Magphan EMR051 Strukturbildgebungsphantom (auch bekannt als ADNI Phantom).

discover_spheres_matched_filter
Dieses Tool erkennt kugelförmige Objekte in dreidimensionalen Bildern.

dof2mat
Konvertieren Sie die affine Transformation von der Darstellung der Freiheitsgrade in die Matrixform

dwi_mask_bad_slices
Dieses Tool liest einen Satz diffusionsgewichteter 3D-MR-Bilder und findet fehlerhafte Schichten. Ein schlechter
Ein Schnitt in einem Diffusionsbild wird als Schnitt erkannt, dessen mittlere Intensität außerhalb von a liegt
angegebenes Intervall um den Mittelwert aller entsprechenden Slices aus dem
verbleibende Diffusionsbilder.

epiunwarp
Korrigieren Sie die durch B0-Feldinhomogenität verursachte Verzerrung in Echo-Planar-Bildern (z. B.
diffusionsgewichtete Bilder) unter Verwendung zweier Bilder, die mit entgegengesetzter Phasenkodierung aufgenommen wurden
Richtungen.

fib2image
Die Fiber-Tracking-Ergebnisse des UNC Fiber Tracking-Tools werden aus der Standardeingabe gelesen
und alle Faserpunkte werden in ein 3D-Bild gezeichnet. Das Ergebnis wird in eines der geschrieben
Unterstützte Bilddateiformate.

fibxform
Es wird eine Datei mit Fiber-Tracking-Ergebnissen aus dem UNC Fiber Tracking-Tool gelesen
Es werden die Standardeingabe und eine oder mehrere (verkettete) Koordinatentransformationen angewendet
zu allen Faserpunktkoordinaten. Das Ergebnis wird wiederum in die Standardausgabe geschrieben
UNC-Glasfaserdateiformat.

Film Dieses Tool teilt ein verschachteltes Eingabebild in die Durchlaufbilder auf, registriert sie gemeinsam und
und rekonstruiert ein bewegungskorrigiertes Bild

Filter
Dieses Tool wendet räumliche Filteroperatoren an, einschließlich konotensensitiver Operatoren
Operatoren, basierend auf selektiven Gaußschen Kerneln.

fit_affine_dfield
Passen Sie eine lineare affine Transformation an eine nichtstarre Transformation an, entweder einen B-Spline
Freiformverformung oder ein nichtparametrisches Verformungsfeld.

fit_affine_xform
Passen Sie eine lineare affine Transformation an eine Liste verketteter, optional invertierter
Transformationen.

fit_affine_xform_landmarks
Passen Sie eine lineare affine Transformation an eine Reihe übereinstimmender Orientierungspunkte an.

fit_spline_dfield
Passen Sie eine parametrische nichtstarre Transformation (B-Spline-Freiformverformung) an a an
Verformungsfeld

fit_spline_xform
Passen Sie eine parametrische nichtstarre Transformation (B-Spline-Freiformverformung) an eine Liste an
von verketteten, optional invertierten Transformationen.

fview

Geomatch
Dieses Tool liest zwei oder mehr Bilder und testet deren Rastermaße (Pixel).
Größen und Bild-zu-Raum-Transformationen stimmen überein. Optional sind alle Bilder
vor der Durchführung des Tests in die Standardausrichtung umorientiert werden. Wenn alle Bilder übereinstimmen,
Das Tool kehrt mit Exit-Code 0 zurück, andernfalls kehrt es mit Exit-Code 2 zurück. Im Fall von
Bei einem Fehler (z. B. eines der Bilder kann nicht gelesen werden) ist der Exit-Code 1.

glm Statistische Modellierung der Pixelintensitäten in mehreren Bildern mithilfe einer allgemeinen Linearität
Modell.

gmm Segmentieren Sie ein Bild mit dem EM-Algorithmus für Gaußsche Mischungen in c Klassen
optionale Priors.

gregxform
DIESES TOOL IST VERALTET. BITTE VERWENDEN SIE STATT streamxform.

groupwise_affine
Dieses Tool registriert eine Population von Eingabebildern gleichzeitig und ohne Vorlage.
Verwenden Sie entweder den „Erstarrungsalgorithmus“ oder ein gruppenweises Ähnlichkeitsmaß basierend auf a
kontinuierliche Annäherung gegenseitiger Informationen („RMI“).

groupwise_init
Berechnen Sie die anfängliche affine Ausrichtung für eine Gruppe von Eingabebildern, die als verwendet werden können
Eingabe für gruppenweise Registrierung

groupwise_warp
Dieses Tool registriert nicht starr eine Population von Eingabebildern gleichzeitig, ohne dass ein
Vorlage, wobei entweder der „Erstarrungsalgorithmus“ oder ein gruppenweises Ähnlichkeitsmaß verwendet wird
basierend auf einer kontinuierlichen Annäherung gegenseitiger Informationen („RMI“).

hausdorff
Dieses Tool berechnet den Hausdorff-Abstand zwischen zwei Etikettenbildern.

Histogramm
Erstellen Sie ein Histogramm der Bildintensitäten und schreiben Sie es als tabulatorgetrennte Textdatei hinein
Standardausgabe

Bildmathematik
Führen Sie Operationen an Bildern mithilfe der stapelbasierten Postfix-Notation durch.

interleaved_bad_slices
Dieses Tool liest eine Zeitreihe von 3D-Bildern und erkennt Ausreißer.

iterative_shape_averaging

jidb Dieses Tool teilt ein verschachteltes Eingabebild in die Durchlaufbilder auf, registriert sie gemeinsam und
und rekonstruiert ein bewegungskorrigiertes Bild

Level eingestellt
Levelset-artige Segmentierung von Vordergrund/Hintergrund unter Verwendung minimaler regionaler Varianz
Energie

lmsba
Dieses Tool kombiniert mehrere Mehrklassensegmentierungen aus gemeinsam registrierten und
Neuformatierte Atlanten mit lokal gewichteter formbasierter Mittelung.

lsba Dieses Tool kombiniert mehrere binäre Segmentierungen aus gemeinsam registrierten und neu formatierten
Atlanten mit lokal gewichteter formbasierter Mittelwertbildung.

Ich stimme ab
Dieses Tool kombiniert mehrere Segmentierungen aus gemeinsam registrierten und neu formatierten Atlanten
Verwendung lokal gewichteter Abstimmungen.

make_initial_affine
Berechnen Sie die anfängliche affine Transformation durch Ausrichten von Massenschwerpunkten oder Hauptachsen

mat2dof
Konvertieren Sie die Transformationsmatrix in Freiheitsgrade

mcaffine
Mehrkanalige affine Bildregistrierung auf Histogrammbasis oder Kovarianzbasis
gemeinsame Entropiemessungen

mcwarp
Mehrkanalige, nicht starre B-Spline-Bildregistrierung unter Verwendung von Histogramm-basierten oder
Kovarianzbasierte gemeinsame Entropiemaße

mk_adni_phantom
Erzeugen Sie ein Bild des ADNI-Kalibrierungsphantoms für die Strukturbildgebung (auch bekannt als Magphan).
EMR051).

mk_analyze_hdr
Erstellen Sie eine Header-Datei gemäß dem Analzye 7.5-Format basierend auf den vom Benutzer bereitgestellten Parametern für
Geometrie, Datentyp, Ausrichtung usw.

mk_nifti_hdr
Erstellen Sie eine Header-Datei gemäß dem NIFTI-Dateiformat basierend auf vom Benutzer bereitgestellten Parametern für
Geometrie, Datentyp, Ausrichtung usw.

mk_phantom_3d
Erstellen Sie mithilfe einer Auswahl an Zeichenbefehlen digitale 3D-Phantombilder

mrbias
Dieses Programm korrigiert Intensitätsinhomogenitätsartefakte in MR-Bildern mithilfe eines Bias
Feld durch Entropieminimierung geschätzt.

überlappen
Berechnen Sie Überlappungsmaße zwischen zwei oder mehr Bildern

Sonde
Dieses Tool druckt Pixelwerte oder symbolische Beschriftungen in einer Liste von vom Benutzer bereitgestellten Bildern
Koordinaten.

pxsearch
Dieses Tool liest eine Bilddatei sowie eine Liste von Pixelkoordinaten aus dem Standard
Eingang. Für jedes Pixel wird eine lokale Nachbarschaft im Bild durchsucht
Maximalwert. Die Position des Maximums wird dann in die Standardausgabe geschrieben.

reformatx
Erweitertes Volume-Reformatierungstool zur Berechnung neu formatierter Bilder und Jacobi-Karten
beliebige Folgen verketteter Transformationen

Anmeldung
Dieses Programm führt eine starre und affine Bildregistrierung mit Mehrfachauflösung durch
Optimierung voxelbasierter Bildähnlichkeitsmaße.

Registrierungx
Dieses Programm führt eine starre und affine Bildregistrierung mit Mehrfachauflösung durch
Optimierung voxelbasierter Bildähnlichkeitsmaße.

Regress
Lineare (und polynome höherer Ordnung) Regression von Deformationsfeldern und Bildern.

neu orientieren
Konvertieren Sie zwischen Bildausrichtungen, dh ordnen Sie das Pixelarray physisch neu an und passen Sie es an
gespeicherte anatomische Orientierungsinformationen

sba Durchschnittliche Segmentierungen (Beschriftungsfelder) mithilfe der Euklidischen Distanztransformation. Alle
Eingabebilder müssen sich im selben Bereich befinden. In diesem Raum wird auch EDT berechnet. Sehen
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 Einzelheiten zum zugrunde liegenden Algorithmus finden Sie hier.

sbai Durchschnittliche Segmentierungen (Beschriftungsfelder) mithilfe der Euklidischen Distanztransformation. Das
Das Tool führt eine gemeinsame Interpolation und Mittelung durch Interpolation aus dem EDT durch. Das
erfordert, dass es sich bei den Eingaben um Transformationen vom gleichen Festpunkt zum (nicht unbedingt)
verschiedene bewegte Bilder. Die EDT-Berechnung erfolgt im Raum jedes bewegten Bildes.
See http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 Einzelheiten zum Basiswert finden Sie hier
Algorithmus.

Reihenfolge
Analysieren Sie die Folge numerischer Werte, die aus der Standardeingabe gelesen werden

Ähnlichkeit
Berechnen Sie Ähnlichkeitsmaße wie Intensitätsunterschiede oder Beschriftungsüberlappungen zwischen
zwei Bilder.

gespalten
Teilen Sie das Volumenbild in Unterbilder auf, um verschachtelte Bilder in Durchgänge zu unterteilen

Statistiken
Statistische Berechnungen zu Bildpixelintensitäten, dh Mittelwerten und Standards
Abweichungen

stream_pixel
Dieses Tool liest ein oder mehrere Bilder und schreibt alle ihre Pixel in die Standardausgabe in
binäre Form. Optional kann jedes Bild auf eine bestimmte anatomische Form neu ausgerichtet werden
Ausrichtung geändert und/oder in einen anderen Datentyp konvertiert. Dies ist nützlich für Rohrleitungen
Bilddaten über eine Pipeline, z. B. das Camino DTI-Toolkit.

streamxform
Eine Liste von Punktkoordinaten im ASCII-Format wird aus der Standardeingabe gelesen und ein Benutzer-
Es wird eine vorgegebene Folge von Koordinatentransformationen (jeweils optional invertiert) angewendet
zu ihnen. Die transformierten Punkte werden dann in die Standardausgabe geschrieben.

sympl
Berechnen Sie die ungefähre Symmetrieebene eines Bildes, um beispielsweise die zu bestimmen
mittlere Sagittalebene in Bildern des menschlichen Gehirns. Es werden verschiedene Ausgabeformen unterstützt,
Schreiben Sie beispielsweise das Eingabebild mit der darin eingezeichneten Symmetrieebene oder die Eingabe
Bild entlang der Symmetrieebene neu ausgerichtet.

symplx
Berechnen Sie die ungefähre Symmetrieebene eines Bildes, um beispielsweise die zu bestimmen
mittlere Sagittalebene in Bildern des menschlichen Gehirns. Es werden verschiedene Ausgabeformen unterstützt,
Schreiben Sie beispielsweise das Eingabebild mit der darin eingezeichneten Symmetrieebene oder die Eingabe
Bild entlang der Symmetrieebene neu ausgerichtet.

testen
Pixelweise Tests mit statistischer Signifikanz. Berechnen Sie auch Korrelationen und Z-Scores

ungeteilt
Fügen Sie separate Bildstapel zu einem einzigen verschachtelten Bildvolumen zusammen

unwarp_image_phantom
Dieses Tool berechnet entweder eine Polynomtransformation oder eine B-Spline-Freiform
Verformung, um ein Bild zu entzerren. Die Transformation basiert auf Erwartetem und Erkanntem
Orientierungspunkte in einem Bild eines Strukturphantoms, das mit demselben Scanner aufgenommen wurde. Benutzen Sie die
„detect_adni_phantom“-Tool zum Erkennen von Orientierungspunkten des ADNI-Phantoms in einem Bild und
Generieren Sie eine Phantombeschreibungsdatei, die für die Verwendung mit diesem Tool geeignet ist.

vol2csv
Dieses Tool berechnet die Volumina von Regionen in einem Etikettenbild. Es akzeptiert optional
Dichtekarten (z. B. für verschiedene Gewebe) und berechnet und druckt die einzelnen Regionen
Inhalt für jeden. Außerdem kann das Tool eine optionale „Pixel-Volumen“-Karte als Konto akzeptieren
für lokale Pixelvolumenschwankungen, z. B. aufgrund räumlicher Verzerrung.

volume_injection
Rekonstruktion eines hochauflösenden Volumens aus mehreren co-registrierten (niedrig aufgelösten)
Bilder mit Vorwärtsvolumeninjektion

volume_rekonstruktion
Iterative Volumenrekonstruktion aus koregistrierten Bildern mittels inverser Interpolation
oder Fugenentschärfen

vtkxform
Eine VTK-Datei im ASCII-Format wird aus der Standardeingabe und einer vom Benutzer bereitgestellten Koordinate gelesen
Auf die Scheitelpunktkoordinaten wird eine Transformation (optional invertiert) angewendet. Ein VTK
Die Datei mit den transformierten Punkten wird dann in die Standardausgabe geschrieben.

verziehen Dieses Programm führt eine nicht starre Bildregistrierung mithilfe der Optimierung mehrerer Auflösungen durch
von voxelbasierten Bildähnlichkeitsmaßen und einem B-Spline mit mehreren Auflösungen
Transformationsmodell.

warp2ps
Schreiben Sie das Verformungsfeld als deformiertes Gitter im PostScript-Format zur Visualisierung und
Abbildung

warpx
Dieses Programm führt eine nicht starre Bildregistrierung mithilfe der Optimierung mehrerer Auflösungen durch
von voxelbasierten Bildähnlichkeitsmaßen und einem B-Spline mit mehreren Auflösungen
Transformationsmodell.

xform2dfield
Konvertieren Sie die parametrische starre oder nicht starre Transformation in ein Verformungsfeld, abgetastet bei
Pixelpositionen eines bestimmten Referenzbildes

xform2itk
Dieses Tool konvertiert Koordinatentransformationen vom CMTK-Format in das ITK-Format und in
Der Prozess korrigiert auch Unterschiede in den Bildkoordinatenkonventionen

xform2scalar
Dieses Tool extrahiert skalare Maße aus Transformationen und Verformungsfeldern.
an Rasterpositionen abgetastet und die Ergebnisse in ein Bild geschrieben. Beispiele für unterstützt
Skalare Maße sind: x-, y-, z-Komponente der Transformation, Größe der
Transformation und Jacobi-Determinanten.

AUTOREN

Torsten Rohlfing, mit Beiträgen von Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakow und Yaroslav Halchenko

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