cmtk-registrationx – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

Registrationx – Starre und affine Registrierung

ZUSAMMENFASSUNG

Registrierungx ReferenceImage FloatingImage

BESCHREIBUNG

Dieses Programm führt eine starre und affine Bildregistrierung mit Mehrfachauflösung durch
Optimierung voxelbasierter Bildähnlichkeitsmaße.

OPTIONAL

Global Toolkit Optionen (diese sind von Locals geführtes by alle CMTK Werkzeuge)
--help
Schreiben Sie eine Liste der grundlegenden Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe.

--Hilf allen
Schreiben Sie eine vollständige Liste der grundlegenden und erweiterten Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe.

- Wiki
Schreiben Sie eine Liste der Befehlszeilenoptionen in die Standardausgabe im MediaWiki-Markup.

--Mann
Schreiben Sie die Manpage-Quelle im 'nroff'-Markup in die Standardausgabe.

--xml
Schreiben Sie die Befehlszeilen-Syntaxspezifikation in XML-Markup (für die Slicer-Integration).

--Version
Schreiben Sie die Toolkit-Version in die Standardausgabe.

--Echo
Schreiben Sie die aktuelle Befehlszeile in die Standardausgabe.

--verbose-level
Ausführlichkeitsstufe festlegen.

- ausführlich, -v
Erhöhen Sie die Ausführlichkeitsstufe um 1 (veraltet; aus Gründen der Abwärtskompatibilität unterstützt).

--fäden
Legen Sie die maximale Anzahl paralleler Threads fest (für POSIX-Threads und OpenMP).

Automation Optionen
--auto-mehrere Ebenen
Automatische Optimierung und Auflösungsparametergenerierung für Ebenen [Standard:
0]

OPTIMIERUNG Einstellungen
--max-Schrittgröße
Maximale Schrittgröße des Optimierers, die die Exploration des Suchraums bestimmt. [Standard: 8]

--min-Schrittweite
Minimale Optimiererschrittgröße, die die Genauigkeit bestimmt. [Standard: 0.1]

--Schrittfaktor
Faktor für die Reduzierung der Suchschrittgröße. Muss > 0.0 und < 1.0 sein [Standard: 0.5]

--delta-f-schwelle
Optionaler Schwellenwert zum Beenden der Optimierung (Stufe) bei relativer Zieländerung
Funktion unter diesen Wert fällt. [Standard: 0]

Bild Auflösung Parameter
--Probenahme , -s
Bildabtastung (feinste neu abgetastete Bildauflösung) [Standard: 1]

--grobeste
Obergrenze für die Bildabtastung in der Multiresolution-Hierarchie [Standard: -einer]

--Ursprungsdaten weglassen
Originaldaten nicht in voller Auflösung verwenden, Endstufe in Multiauflösung weglassen
Hierarchie und reduziert so die Rechenzeit.

Transformation Parameter
--dofs [, ,...]
Anzahl der Freiheitsgrade hinzufügen. Dies kann 3 (Übersetzung), 6 (starr: Übersetzung) sein
und Rotation), 7 (starre plus globale Skala), 9 (starre plus anisotrope Skalen), 12
(starr plus Schuppen plus Schere), 3003 (Translation plus Schere), 3033 (Translation,
Schere und Zunder) oder 3303 (starr plus Schere, aber ohne Zunder). Diese Option kann sein
wiederholt, wobei in diesem Fall DOFs für aufeinanderfolgende Optimierungsläufe in der Reihenfolge verwendet werden
dass sie erscheinen.

--dofs-final [, ,...]
Anzahl der Freiheitsgrade nur für die letzte Ebene hinzufügen [kann wiederholt werden]

--symmetrisch
Verwenden Sie die symmetrische Registrierungsfunktion, um gleichzeitig Vorwärts- und Rückwärtsschätzungen durchzuführen
Transformation. Dies verlängert die Registrierungszeit erheblich, führt jedoch zu einem Ergebnis
das ist beim Austausch von Stand- und Bewegtbild unveränderlich. Es kann auch mehr sein
robuster und/oder genauer als die Nur-Vorwärts-Registrierung.

--restrict-in-plane
Beschränken Sie die affine Transformation auf Ebenen, die senkrecht zu einer gegebenen Ebene liegen
Koordinatenachse. Unterstützte Werte: „xy“, „xz“, „yz“, „none“, wobei der Standardwert ist
„none“, oder verwenden Sie eines der folgenden:

--xy Die Transformation ist auf die Ebene „xy“ (senkrecht zu z) beschränkt
Koordinatenachse).

--xz Die Transformation ist auf die Ebene „xz“ (senkrecht zu y) beschränkt
Koordinatenachse).

--yz Die Transformation ist auf die Ebene der Yz-Ebene (senkrecht zu x) beschränkt
Koordinatenachse).

--keiner
Es wird eine vollständige 3D-Affintransformation berechnet. [Dies is Ursprünglich]

--drin
Wählen Sie den Initialisierer für die affine Transformation aus. Unterstützte Werte: „none“, „fov“,
„com“, „pax“, „physical“, wobei der Standardwert „fov“ ist, oder verwenden Sie eine der folgenden Optionen:

--keiner
Verwenden Sie die Eingabetransformation oder die Identitätstransformation, falls keine bereitgestellt wurde.

--fov
Richten Sie die Mittelpunkte des Sichtfelds (oder Zuschneidebereiche) mithilfe einer Übersetzung aus. [Dies is
Ursprünglich]

--com
Richten Sie Massenschwerpunkte mithilfe einer Übersetzung aus.

--pax
Richten Sie Bilder durch Drehung anhand der Hauptachsen und Verschiebung anhand der Mittelpunkte aus
Masse.

--physisch
Richten Sie Bilder durch Drehung mithilfe der in Eingabebildern und gespeicherten Richtungsvektoren aus
Übersetzung anhand von Bildquellen.

--Initial
Transformation vom gegebenen Pfad initialisieren [Standard: KEINER]

--initial-is-inverse
Kehren Sie die anfängliche Transformation um, bevor Sie die Registrierung initialisieren

Bild technische Daten
--registrierungsmetrik
Registrierungsmetrik zur Bewegungsschätzung durch Bild-zu-Bild-Registrierung. Unterstützt
Werte: "nmi", "mi", "cr", "rms", "msd", "ncc", wobei der Standardwert "nmi" ist, oder use
einer der folgenden:

--nmi
Normalisierte Metrik für gegenseitige Informationen [Dies is Ursprünglich]

- mi Standard-Metrik für gegenseitige Informationen

--cr Korrelationsverhältnis-Metrik

--rms
Root of Mean Squaresa-Metrik (das ist die Quadratwurzel von MSD)

--msd
Mean Squared Difference Metrik

--ncc
Normalisierte Kreuzkorrelationsmetrik

Concurrent Lizenzen Bild Interpolation Optionen
--Interpolation
Interpolationsmethode für Floating Image Sampling: Unterstützte Werte: "nearest-
Nachbar", "linear", "kubisch", "cosinus-sinc", "partial-volume", "automatic", wobei die
Standard ist "automatisch", oder verwenden Sie eine der folgenden Möglichkeiten:

--nächster Nachbar
Nearest Neighbour Interpolation (für Intensitäts- und Labeldaten)

--linear
Trilineare Interpolation

--kubisch
Trikubische Interpolation

--cosinus-sinc
Kosinusfenster-SiNC-Interpolation (am genauesten, aber am langsamsten)

--Teilvolumen
Teilvolumeninterpolation (für Etikettendaten)

--automatisch
Interpolation automatisch basierend auf Datentyp auswählen: linear für Graustufen
data, nächster Nachbar für Etikettendaten. [Dies is Ursprünglich]

--match-histogramme
Passen Sie das Floating-Image-Histogramm an das Referenzbild-Histogramm an.

--force-outside-value
Werte außerhalb des Sichtfelds auf diesen Wert erzwingen, anstatt unvollständige Pixel zu löschen
Paare [Standard: Behinderte]

Referenz Bild Anarbeitung
--class-ref
Datenklasse: grau (Standard) oder Label [Standard: KEINER]

--pad-ref
Polsterwert [Standard: Behinderte]

--thresh-min-ref
Schwellenwert für Mindestwertkürzung [Standard: Behinderte]

--thresh-max-ref
Schwellenwert für das Abschneiden des maximalen Wertes [Standard: Behinderte]

--prune-histogram-ref
Anzahl der Bins für das histogrammbasierte Beschneiden [Standard: Behinderte]

--histogram-equalization-ref
Histogrammausgleich anwenden

--median-filter-radius-ref
Medianfilter mit gegebenem Radius anwenden [Standard: 0]

--sobel-filter-ref
Wenden Sie den Sobel Kantenerkennungsfilter an

--crop-index-ref
Zuschneidebereich in Pixelindexkoordinaten [geparst als %d,%d,%d,%d,%d,%d für
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Standard: KEINER]

--crop-world-ref
Zuschneideregion in Weltkoordinaten [geparst als %f,%f,%f,%f,%f,%f für
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Standard: KEINER]

--crop-thresh-ref
Automatisches Zuschneiden basierend auf dem Schwellenwert [Standard: Behinderte]

Concurrent Lizenzen Bild Anarbeitung
--class-flt
Datenklasse: grau (Standard) oder Label [Standard: KEINER]

--pad-flt
Polsterwert [Standard: Behinderte]

--thresh-min-flt
Schwellenwert für Mindestwertkürzung [Standard: Behinderte]

--thresh-max-flt
Schwellenwert für das Abschneiden des maximalen Wertes [Standard: Behinderte]

--prune-histogram-flt
Anzahl der Bins für das histogrammbasierte Beschneiden [Standard: Behinderte]

--histogram-equalization-flt
Histogrammausgleich anwenden

--median-filter-radius-flt
Medianfilter mit gegebenem Radius anwenden [Standard: 0]

--sobel-filter-flt
Wenden Sie den Sobel Kantenerkennungsfilter an

--crop-index-flt
Zuschneidebereich in Pixelindexkoordinaten [geparst als %d,%d,%d,%d,%d,%d für
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Standard: KEINER]

--crop-world-flt
Zuschneideregion in Weltkoordinaten [geparst als %f,%f,%f,%f,%f,%f für
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Standard: KEINER]

--crop-thresh-flt
Automatisches Zuschneiden basierend auf dem Schwellenwert [Standard: Behinderte]

Output Parameter
--Ausgabe , -o
Ausgabepfad für die endgültige Transformation [Standard: KEINER]

--write-matrix
Ausgabepfad für die endgültige Transformation im Matrixformat [Standard: KEINER]

--write-parameters
Ausgabepfad für die endgültige Transformation im einfachen Parameterlistenformat [Standard: KEINER]

--write-protocol
Name der Ausgabedatei des Optimierungsprotokolls [Standard: KEINER]

--write-time
Name der Ausgabedatei für die Berechnungszeitstatistik [Standard: KEINER]

Import Die Ergebnisse in Hobel
--write-itk
Ausgabepfad für die endgültige Transformation im ITK-Format [Standard: KEINER]

--write-reformatted
Schreiben Sie ein neu formatiertes Floating-Image. [Standard: KEINER]

Bild/Transformation Datenbase
--db
Pfad zur Bild-/Transformationsdatenbank, die mit dem neuen aktualisiert werden soll
Registrierung und/oder neu formatiertes Bild. [Standard: KEINER]

AUTOREN

Torsten Rohlfing, mit Beiträgen von Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakow und Yaroslav Halchenko

Verwenden Sie cmtk-registrationx online über die Dienste von onworks.net