Dies ist der Befehlscode, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
codonw – Korrespondenzanalyse der Codon-Nutzung
BESCHREIBUNG
codonW [Eingabedatei] [Ausgabedatei] [Bulkoutdatei] [Optionen] Allgemeine Optionen und Standardeinstellungen:
-h(elp)
Diese Hilfenachricht
-nomenu
Verhindern Sie, dass die Menüoberfläche angezeigt wird
-nunwarn
Verhindern Sie, dass Warnungen zu angezeigten Sequenzen angezeigt werden
-Leise
Dateien stillschweigend überschreiben
-Gesamtsummen
Alle Gene in der Eingabedatei verketten
-Maschine
Maschinenlesbare Ausgabe
-Mensch Für Menschen lesbare Ausgabe
-Code N
Genetischer Code wie unter Menü 3 Option 5 definiert
-f_type N
Fop/CBI-Codons wie in Menü 3, Option 6 definiert
-c_type N
Cai-Fitnesswerte gemäß Menü 3, Option 7
-t (verkohlen)
Spaltentrennzeichen zur Verwendung in Ausgabedateien (Komma, Tabulator, Leerzeichen)
Codon-Nutzungsindizes und Aminosäureindizes
-cai Berechnen Sie den Codon Adaptation Index (CAI)
-Geck Berechnen Sie die Häufigkeit des OPtimal-Codons-Index (FOP).
-cbi Berechnen Sie den Codon Bias Index (CBI)
-enc Effektive Anzahl von Codons (ENc)
-gc G+C-Gehalt des Gens (alle 3 Codonpositionen)
-gcs3 GC synonymer Codons an 3. Positionen
-sil_base
Basenzusammensetzung an synonymen dritten Codonpositionen
-L_sym Anzahl synonymer Codons
-L_aa Gesamtzahl synonymer und nicht-synonymer Codons
-all_indices
Alle oben genannten Indizes
-aro Berechnen Sie die Aromatizität von Protein
-hyd Berechnen Sie die Hydropathie von Protein
-cai_file
{file} Benutzereingabedatei mit CAI-Werten
-cbi_file
{file} Benutzereingabedatei mit CBI-Werten
-fop_file
{file} Benutzereingabedatei mit Fop-Werten
Optionen für die Korrespondenzanalyse (COA).
-coa_cu
COA der Codon-Nutzungshäufigkeiten
-coa_rscu
COA der relativen synonymen Codon-Nutzung
-coa_aa
COA der Verwendungshäufigkeit von Aminosäuren
-coa_expert
Erstellen Sie detaillierte (Experten-)Statistiken zum Echtheitszertifikat
-coa_axes N
Wählen Sie die Anzahl der aufzuzeichnenden Achsen aus
-coa_num N
Wählen Sie die Anzahl der Gene aus, die zur Identifizierung optimaler Codon-Werte verwendet werden sollen. Die Werte können ganz sein
Zahlen oder ein Prozentsatz (5 oder 10 %)
Massenausgabeoptionen | Pro Analyse kann nur eine ausgewählt werden
-aau Aminosäureverwendung (AAU)
-raau Relativer Aminosäureverbrauch (RAAU)
-mit Codon-Verwendung (CU) (Standard)
-cutab Tabellarische Auflistung der Codon-Nutzung
-cutot Tabellarische Darstellung der Codon-Nutzung des Datensatzes
-rscu Relative synonyme Codon-Nutzung (RSCU)
-Fast Fasta-Format
-ordentlich Fasta-Format
-Leser
Reader-Format (Codons werden durch Leerzeichen getrennt)
-übers
Konzeptionelle Übersetzung von DNA in Aminosäure
-Base Detaillierter Bericht der Codon-G+C-Zusammensetzung
-dinuc Dinukleotidverwendung der drei Codon-Positionen.
-noblk Es kann keine Massenausgabe in eine Datei geschrieben werden
Dabei steht {file} für einen Eingabedateinamen und N für einen ganzzahligen Wert. Kontrollierter Exit <>
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