Dies ist der Befehl create_matrix, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
create_matrix – Berechnen Sie die Ähnlichkeitsmatrix der Genomhäufigkeit
ZUSAMMENFASSUNG
create_matrix [Optionen] NAMEN
BESCHREIBUNG
Berechnen Sie die Ähnlichkeitsmatrix.
Zunächst wird für jedes Referenzgenom eine Reihe von Lesevorgängen mithilfe eines Lesesimulators von simuliert
core/tools.py angegeben über -s. Zweitens werden die simulierten Messwerte jeder Art kartiert
gegen alle Referenzgenome unter Verwendung des mit angegebenen Mappers -m. Drittens das Ergebnis
SAM-Dateien werden analysiert, um die Ähnlichkeitsmatrix zu berechnen. Die Ähnlichkeitsmatrix wird gespeichert
als Numpy-Datei (-o).
OPTIONAL
NAMEN Dateiname der Namensdatei; Die Datei mit den Klartextnamen sollte einen Namen pro enthalten
Leitung. Der Name wird im gesamten Algorithmus als Bezeichner verwendet.
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden
-s SIMULATOR, --Simulator=SIMULATOR
Kennung des in core/tools.py definierten Lesesimulators [Standard: keine]
-r REF, --Hinweis=REF
Referenzsequenzdateimuster für den Lesesimulator. Platzhalter für den Namen ist
"%S". [Standard: ./ref/%s.fasta]
-m KARTE, - Mapper=MAPPER
Kennung des Mappers definiert in core/tools.py [Standard: keine]
-i INDEX, --Index=INDEX
Referenzindexdateien für den Lese-Mapper. Platzhalter für den Namen ist „%s“.
[Standard: ./ref/%s.fasta]
-t ZEIT, --temp=TEMP
Verzeichnis zum Speichern temporärer simulierter Datensätze und SAM-Dateien. [Standard: ./temp]
-o AUS, --Ausgabe=OUT
Ähnlichkeitsmatrixdatei ausgeben. [Standard: ./similarity_matrix.npy]
Verwenden Sie create_matrix online über die Dienste von onworks.net
