dicomtonifti – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

dicomtonifti – vtk-dicom CLI

BESCHREIBUNG

Verwendung:
dicomtonifti -o file.nii file1.dcm [file2.dcm ...]

dicomtonifti -o Verzeichnis --Charge Datei1.dcm [Datei2.dcm ...]

Optionen:
-o
Die Ausgabedatei (oder das Verzeichnis, falls --Charge).

-z --Kompresse
Ausgabedateien komprimieren.

-r --rekursion
Rekurs in Unterverzeichnisse.

-b --Charge
Machen Sie mehrere Serien gleichzeitig.

-s --Leise
Geben Sie keine Ausgabedateinamen zurück.

-v - ausführlich
Ausführliche Fehlerberichterstattung.

-L --follow-symlinks
Folgen Sie bei der Rekursion symbolischen Links.

--fsl Axiales Bild für die Verwendung in FSL formatieren.

--reformat-to-axial
Formatieren Sie das Bild in axialer Ausrichtung neu.

--no-slice-reordering
Ordnen Sie die Scheiben niemals neu an.

--no-row-reordering
Ordnen Sie die Zeilen niemals neu an.

--no-column-reordering
Ordnen Sie die Spalten niemals neu an.

--keine Nachbestellung
Ordnen Sie Slices, Zeilen oder Spalten niemals neu an.

--no-qform
Fügen Sie kein qform in die NIFTI-Datei ein.

--no-sform
Fügen Sie kein Formular in die NIFTI-Datei ein.

--Volumen N
Stellen Sie die Lautstärke auf die Ausgabe ein (beginnt bei 0).

--Version
Version drucken und beenden.

--Build-Version
Quell- und Build-Version drucken.

--help Dokumentation für Dicomtonifti.

Dieses Programm konvertiert eine DICOM-Serie in eine NIfTI-Datei.

Es liest die DICOM-Positions- und Orientierungsmetadaten und verwendet diese Informationen, um
Generieren Sie qform- und sform-Einträge für den NIfTI-Header, nachdem Sie eine Konvertierung aus dem durchgeführt haben
DICOM-Koordinatensystem zum NIfTI-Koordinatensystem.

Standardmäßig werden auch die Spalten des Bildes neu angeordnet, sodass die Spalten höher sind
Die Indizes befinden sich weiter rechts vom Patienten (oder bei sagittalen Bildern weiter rechts).
anterior). Ebenso werden Zeilen neu angeordnet, sodass Zeilen mit höheren Indizes vorhanden sind
superior (oder anterior für axiale Bilder). Schließlich werden die Slices neu angeordnet, sodass die
Spaltenrichtung, Zeilenrichtung und Slice-Richtung folgen der Rechts-Hand-Regel.

Es ist auch möglich, die Bilder über den in die axiale Ausrichtung umzuformatieren
--reformat-to-axial Option Diese Option und die Option „Keine Neuordnung“ schließen sich gegenseitig aus
Optionen. Die resultierende Orientierungsmatrix ist die Identitätsmatrix.

Wenn die Ausgabe-NIFTI-Dateien mit dem FMRIB-FSL-Paket verwendet werden sollen, verwenden Sie die --fsl
Option zum Neuformatieren der Bilder, um sie an die Standard-FSL-Ausrichtung anzupassen: axiale Bilder mit dem
Schichten von unten nach oben angeordnet, Spaltennummer von rechts nach links aufsteigend,
und die Reihenzahl nimmt von hinten nach vorne zu. Dadurch werden auch die Daten konvertiert
Geben Sie bei Bedarf von vorzeichenlosem 16-Bit auf vorzeichenbehaftetes 16-Bit ein.

Wenn der Batch-Modus ausgewählt ist, kann die mit „-o“ angegebene Ausgabedatei aus DICOM erstellt werden
Attribute, indem Sie die Attributnamen in geschweiften Klammern angeben. Bedenken Sie zum Beispiel
Folgendes: „{PatientID}-{StudyDate}/{SeriesDescription}-{SeriesNumber}.nii“ oder
etwas Ähnliches, um eine hierarchische Verzeichnisstruktur zu erzeugen. Die in verwendeten Attribute
Der Pfad sollte aus der folgenden Liste stammen:

PatientID, PatientName, PatientBirthDate, PatientSex, StudyID, StudyDescription,
StudyDate, StudyTime, StudyInstanceUID, SeriesNumber, SeriesDescription,
SeriesInstanceUID, Modalität, AccessionNumber.

Hier ist ein Beispiel für einen Batch-Modus, der in Unterverzeichnisse rekursiv arbeitet und diese komprimiert
Ausgabedateien und legt die Ergebnisse im aktuellen Verzeichnis ab:

./obj-x86_64-linux-gnu/bin/dicomtonifti -brz -o {SeriesDescription}-{SeriesNumber}.nii
/path/to/dicom/files

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