Dies ist der Befehlssimulator, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
dsimulator - Generiere synthetische Reads für ein zufälliges Genom
ZUSAMMENFASSUNG
Simulator genlen:doppelt [-cdoppelt(20.)] [-bdoppelt (.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-edoppelt (.15)][-MDatei]
BESCHREIBUNG
Simulator erzeugt zuerst ein gefälschtes Genom der Größe Herr*1 MB lang, mit einem AT-Bias von
-b. Es generiert dann Sample-Reads mit mittlerer Länge -m ab einer logarithmischen Normallänge
Verteilung mit Standardabweichung -s, ignoriert jedoch Lesevorgänge mit einer Länge von weniger als -x. Es
sammelt genug Reads, um das Genom abzudecken -c mal und stellt sich vor -e Bruchfehler in
jeder Read, bei dem das Verhältnis von Insertionen, Deletionen und Substitutionen durch definierte
Konstanten INS_RATE (Standard 73%) und DEL_RATE (Standard 20%) innerhalb von generate.c. Man kann
steuern auch die Rate, mit der Reads von den Vorwärts- und Rückwärtssträngen gepickt werden durch
Setzen der definierten Konstante FLIP_RATE (Default 50/50). Die -r Option setzt das Zufallsprinzip
Zahlengenerator zur Generierung des Genoms, damit man reproduzierbar generieren kann
das gleiche zugrunde liegende Genom, von dem eine Probe genommen werden soll. Fehlt dieser Parameter, dann ist die Job-ID
des Aufrufs setzt den Zufallszahlengenerator. Die Ausgabe wird an den Standard gesendet
Ausgabe (dh es ist eine UNIX-Pipe). Die Ausgabe erfolgt im Pacbio .fasta-Format, das als Eingabe geeignet ist
zu fasta2DB(1). Endlich, das -M Option fordert, dass die Koordinaten, von denen jeder gelesen wird
abgetastet wurde, werden in die angegebene Datei geschrieben, eine Zeile pro Lesevorgang, ASCII-kodiert.
Diese "Map" -Datei sagt einem im Wesentlichen, wo jeder Lesevorgang in einer Assembly hingehört und ist sehr
nützlich für Debugging- und Testzwecke. Wenn ein gelesenes Paar b, e ist, dann ist b < e die
read wurde von [b,e] in Vorwärtsrichtung abgetastet, und wenn b > e von [e,b] in der
umgekehrte Richtung.
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