Dies ist der Befehl dwgsim, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
dwgsim: – ein kurzer Lesesimulator
ZUSAMMENFASSUNG
dwgsim [Optionen]
BESCHREIBUNG
DWGSIM ist ein kurzer Lesesimulator, der Lesevorgänge von modernen Sequenzierungsplattformen simuliert.
OPTIONAL
-e FLOAT
pro Basis/Farbe/Fluss Fehlerrate des ersten Lesevorgangs [von 0.020 bis 0.020 mal 0.000]
-E FLOAT
pro Basis/Farbe/Fluss Fehlerrate des zweiten Lesevorgangs [von 0.020 bis 0.020 mal 0.000]
-i Für Paare den Innenabstand anstelle des Außenabstands verwenden [Falsch]
-d INT äußerer Abstand zwischen den beiden Enden für Paare [500]
-s INT Standardabweichung der Distanz für Paare [50.000]
-N INT Anzahl der Lesepaare (-1 deaktivieren) [-1]
-C FLOAT
mittlere Abdeckung aller verfügbaren Positionen (-1 deaktivieren) [100.00]
-1 INT Länge des ersten Lesevorgangs [70]
-2 INT-Länge des zweiten Lesevorgangs [70]
-r FLOAT
Mutationsrate [0.0010]
-F FLOAT
Häufigkeit einer gegebenen Mutation zur Simulation niedrigfrequenter somatischer Mutationen [0.5000] NB:
Die Häufigkeit F bezieht sich auf den ersten Mutationsstrang, daher auf Mutationen auf dem
Der zweite Strang tritt mit einer Häufigkeit von 1-F auf
-R FLOAT
Anteil der Mutationen, die Indels sind [0.10]
-X FLOAT
Wahrscheinlichkeit, dass ein Indel erweitert wird [0.30]
-I INT die Mindestlänge indel [1]
-y FLOAT
Wahrscheinlichkeit einer zufälligen DNA-Lesung [0.05]
-n INT maximale Anzahl von Ns, die in einem bestimmten Lesevorgang zulässig sind [0]
-c INT generiert Lesevorgänge für [0]: 0: Illumina 1: SOLiD 2: Ion Torrent
-S INT generieren liest [0]: 0: Standard (entgegengesetzter Strang für Illumina, gleicher Strang für
(SOLiD/Ion Torrent) 1: gleicher Strang (gepaartes Paar) 2: entgegengesetzter Strang (gepaartes Ende)
-f STRING
die Flussordnung für Ion Torrent-Daten [(null)]
-B Verwenden Sie eine Fehlerrate pro Basis für Ion Torrent-Daten [Falsch]
-H haploider Modus [Falsch]
-z INT zufälliger Startwert (-1 verwendet die aktuelle Uhrzeit) [-1]
-M Nur eine Mutationsdatei generieren [Falsch]
-m FILE
Die neu zu erstellende Mutations-TXT-Datei [nicht verwenden]
-b FILE
der bettartige Dateisatz der Kandidatenmutationen [(null)]
-v FILE
der VCF-Dateisatz der Kandidatenmutationen (verwenden Sie das Pl-Tag für Strang) [(null)]
-x FILE
das Bett der Regionen, die abgedeckt werden sollen [nicht genutzt]
-P STRING
ein Lesepräfix, das jedem Lesenamen vorangestellt wird [nicht verwendet]
-q STRING
eine feste Basisqualität, die angewendet werden soll (einzelnes Zeichen) [nicht verwendet]
-Q FLOAT
Standardabweichung der Basisqualitätswerte [2.00]
-s INT Standardabweichung der Distanz für Paare [50.000]
-h diese Nachricht ausdrucken
Hinweis: Für SOLiD-Paar-Lesevorgänge und BFAST ist der erste Lesevorgang F3 und der zweite R3. Für
SOLiD-Mate-Paar-Lesevorgänge und BWA, die Lesevorgänge in der ersten Datei sind R3, die Lesevorgänge werden mit Anmerkungen versehen
die erste Lektüre usw.
Hinweis: Die längste unterstützte Einfügung ist 4294967295.
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