Dies ist der Befehl EDTSurf, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
EDTSurf – schnelle und genaue Konstruktion makromolekularer Oberflächen
ZUSAMMENFASSUNG
EDTSurf -i pdbname ...
BESCHREIBUNG
EDTSurf ist ein Open-Source-Programm zur Konstruktion triangulierter Oberflächen für Makromoleküle. Es
erzeugt drei große makromolekulare Oberflächen: Van-der-Waals-Oberfläche, lösungsmittelzugänglich
Oberfläche und molekulare Oberfläche (lösungsmittelfreie Oberfläche). EDTsurf erkennt auch Hohlräume
die sich im Inneren von Makromolekülen befinden.
OPTIONAL
-o ausname
-t 1-MC 2-VCMC
-s 1-VWS 2-SAS 3-MS 4-SES
-c 1-reine 2-atomige 3-Kette
-p Sondenradius [0,2.0]
-f Skalierungsfaktor (0,20.0]
-h 1-in und out 2-out 3-in
Ausgabe1: outname.ply
Ausgabe2: outname.asa
Ausgabe3: outname-cav.pdb
Nutzen Sie EDTSurf online über die Dienste von onworks.net
