efetch – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

efetch - Ruft Einträge aus Sequenzdatenbanken ab.

ZUSAMMENFASSUNG

eholen -Optionen [Datenbank:]

BESCHREIBUNG

In den späten 90er Jahren war efetch ein sehr beliebtes Tool, um extrem schnell Einträge von
die gängigsten öffentlichen Bioinformatik-Sequenz- und Motivdatenbanken.

DATENBANKEN

SWissprot/SP, PIR, WOrmpep/WP, EMbl, GEnbank/GB, ProDom, ProSite

OPTIONEN:

-a Suche mit Zugangsnummer

-f Ausgabe im Fasta-Format

-q Nur Sequenzausgabe (eine Zeile)

-s <#> Beginnen Sie bei Position #

-e <#> Stopp an Position #

-o Weitere Optionen und Infos...

-D Datenbankverzeichnis angeben

-H Indexkopfdaten anzeigen

-p Eintragsnamen im Suchpfad anzeigen

-r Sequenz im 'rohen' Format drucken

-m Aus gemischter Mini-Datenbank abrufen

-M Ausgabe im Miniformat

-b Die Reihenfolge der Bytes NICHT umkehren (SunOS, IRIX kehren um, Alpha nicht)

-d Datenbankdatei angeben (vermeiden Sie dies)

-i Indexdatei angeben (vermeiden Sie dies)

-l Divisions-Lookup-Tabelle angeben (vermeiden Sie dies)

-B Datenbank angeben (archaisch)

-A Geben Sie nur den Eintragsnamen für die Zugangsnummer zurück

-n Gib der Sequenz diesen Namen

-x Abfrage muss nicht exakt mit dem Namen des Eintrags übereinstimmen (vermeiden)

-w Für Wormpep: auch querverwiesenen SwissProt-Eintrag abrufen

-h zeigt diesen Hilfetext an

SWDIR = SwissProt-Verzeichnis - Datenbank- und EMBL-Indexdateien PIRDIR = PIR
-- " -- WORMDIR = Wormpep -- " -- EMBLDIR = EMBL -- " -- GBIR =
Genbank -- " -- PRODOMDIR = ProDom -- " -- PROSITEDIIR = ProSite -- " -- DBDIR
= Eigenes des Benutzers -- " -- (Fasta-Format)

SEQDB-Datenbankdatei (Standard SwissProt)

SEQDBIDX-Indexdatei DIVTABL-Suchtabelle für Divisionen

Ex. setenv DBDIR /pubseq/seqlibs/embl/

Beachten Sie, dass die Konsensussequenzen der Prodom-Familie von PD abgerufen werden können:_#

Verwenden Sie efetch online mit den onworks.net-Diensten