Dies ist der Befehl exonerate-server, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
exonerate-server – ein Sequenzvergleichsserver für exonerate
ZUSAMMENFASSUNG
entlasten-server [ Optionen ] <Index Pfad>
BESCHREIBUNG
entlasten-server ist ein Multithread-Server für das Exonerate-Sequenz-Alignment-Programm.
Es verwendet eine Reihe von Sequenzen und eine entsprechende Indexdatei, um die schnelle Verarbeitung großer Datensätze zu ermöglichen.
Überblick
Erstens ein .esd Die Datei muss aus den Sequenzdateien erstellt werden. Der .esd Datei ist eine Entlastung
Sequenzdatensatzdatei und kann zum Gruppieren beliebiger Sätze von Sequenzen verwendet werden
Sequenzen, die eindeutige Identifikatoren enthalten. Dies geschieht mithilfe der fasta2esd Dienstprogramm.
fasta2esd Genom.fasta genom.esd
Als nächstes ein .esi Datei kann aus dem erstellt werden .esd Datei. Das .esi Die Datei ist eine Exonerate-Sequenz
Indexdatei und enthält einen Index oder eine Reihe von Indizes, die einem bestimmten Datensatz entsprechen.
Dies geschieht mithilfe der esd2esi Dienstprogramm.
esd2esi genom.esd genom.esi
Sobald die .esi Nachdem die Datei generiert wurde, kann der Exonerate-Server gestartet werden.
entlasten-server genom.esi
Während der Server läuft, kann exonerate verwendet werden, um den Server durch Ersetzen abzufragen
Zielsequenzen in der Befehlszeile mit dem Namen des Servers und der Portnummer. Der
Die Standardportnummer für den Exonerate-Server ist 12886.
entlasten query.fasta localhost: 12886
OPTIONAL
Einige der Befehlszeilenoptionen für den Exonerate-Server sind dieselben wie für den
exonerate client, und diese sind in der Manpage für dokumentiert entlasten. Das
andere Optionen, die spezifisch sind für entlasten-server sind hier dokumentiert.
--Hafen
Geben Sie den Port an, den der Server überwachen soll. Standardmäßig, entlasten-server
überwacht Port 12886, mit dieser Option können jedoch alternative Ports angegeben werden.
--Eingang <Index Datei>
Geben Sie die Indexdatei an, die beim Starten des Servers verwendet werden soll. Diese Option ist
obligatorisch. Die Indexdatei ist eine .esi Datei generiert von der esd2esi Dienstprogramm.
--vorladen
Standardmäßig sind die in der enthaltenen Indizes .esi Datei und die Sequenzen, auf die verwiesen wird
die entsprechende .esd Die Datei wird beim Starten des Servers in den Speicher geladen.
Dies ist notwendig, um eine schnelle Leistung zu erzielen, die sonst beeinträchtigt wäre
häufige Festplattenzugriffe. Mit dieser Option können Index und Sequenz vorab geladen werden
deaktiviert, wodurch der Server viel langsamer, dafür aber schneller laufen kann
Startup und ein geringerer Speicherbedarf. Es wird nicht empfohlen, die Vorladung auszuschalten
es sei denn, der Server wird getestet oder debuggt.
--maxconnections
Der Server ist multithreaded. Diese Option legt die Anzahl fest, die der Client verarbeitet
dürfen sich gleichzeitig mit dem Server verbinden. Für eine gute Leistung ist es
sollte nicht auf mehr als die Anzahl der CPUs auf der Maschine eingestellt werden, auf der die
Server läuft.
--ausführlich
Legen Sie die Ausführlichkeitsstufe für den Server fest. Wenn es Null ist, ist der Server still.
und je höher die Zahl, desto mehr Meldungen werden vom Server darüber gemeldet
es passiert.
INTERFACE
In diesem Abschnitt wird die Kommunikationsschnittstelle zwischen dokumentiert
der Client und der Server. Die Schnittstelle ist für schreibende Personen dokumentiert
Ihr eigener benutzerdefinierter Server, der hinter Exonerate sitzt – für die normale Verwendung von Exonerate
Es ist nicht notwendig, dies zu wissen.
Die Schnittstelle funktioniert so, dass der Client einfache Befehlszeilen sendet und der Server sendet
einfache Antwortleitungen über einen Socket. Alle Befehle und Antworten sind einfache ASCII-Zeilen
Text, daher ist es möglich, Telnet als Client zum Testen eines Servers zu verwenden.
Jeder Befehl besteht aus einer einzelnen Textzeile, eine Antwort kann jedoch viele Textzeilen enthalten. Der
Antworten sind in Form von :
Jede Antwort kann Zeilen mit dem Tag enthalten Warnung: or Fehler: Diese Warnung: und Fehler: Tags
werden vom Client als Echo wiedergegeben und der Client wird beendet, nachdem er welche empfangen hat Fehler: Antworten.
Wenn der Server eine mehrzeilige Antwort zurückgibt, muss in der ersten Zeile die Anzahl angezeigt werden
Zeilen in der gesamten Antwort als: Zeilenanzahl: Beispiele finden Sie in den Antworten von bekommen
hsps Befehle in der Beispielsitzung unten.
Der Client öffnet nur eine einzige Verbindung zu einem beliebigen Server, obwohl es sich um eine Multithread-Verbindung handelt
Der Server ist offensichtlich erforderlich, um mehreren Clients die gleichzeitige Verbindung zu ermöglichen.
Befehle und Antworten benutzt in für Schnittstelle.
Befehl: Version
Antwort: Version
Befehl: wunsch
Antwort: (keine Antwort – Server schließt Verbindung)
Befehl: dbinfo
Antwort: dbinfo:
Das dbinfo Der Befehl gibt Informationen über die auf dem Server geladene Datenbank zurück.
Die zurückgegebenen Felder sind:
entweder DNA oder Protein
entweder softmaskiert oder unmaskiert
die Anzahl der Sequenzen in der Datenbank
die Länge der längsten Sequenz in der Datenbank
die Gesamtlänge aller Sequenzen in der Datenbank
Befehl: Nachschlagen
Antwort: Nachschlagen:
Der Lookup-Befehl wird verwendet, um einen externen Bezeichner einem internen zuzuordnen
Kennung.
Befehl: bekommen Info
Antwort: seqinfo: [ ]
Der Befehl „get info“ gibt Informationen zu einer Sequenz in der Datenbank zurück. Der
Zurückgegebene Felder sind:
die Sequenzlänge
eine Prüfsumme im GCG-Format (siehe unten)
die externe ID (z. B. aus dem Fasta-Header)
eine Beschreibungszeile für die Sequenz (auch aus dem Fasta
Dieses Feld ist optional und kann weggelassen werden.
Befehl: bekommen ff
Antwort: seq:
Der Befehl get seq gibt eine ganze Sequenz in einer Zeile zurück.
Befehl: bekommen Fortsetzung
Antwort: nachfolgend:
Der Befehl get subseq gibt einen Teil einer Sequenz zurück. Der Beginn der Sequenz ist
Position Null. z.B. get subseq 0 0 10 gibt die ersten 10 Basen von zurück
erste Sequenz in der Datenbank.
Befehl: kompensieren query
Antwort: ok:
Mit dem Befehl seq query wird eine Abfragesequenz an den Server gesendet. Es
gibt die Länge der Sequenz und eine GCG-Prüfsumme zurück
Befehl: Drehzahl
Antwort: ok: Strand
Der Befehl „revcomp query“ sorgt dafür, dass der Server die Abfrage umkehrt. Das
besteht darin, die Bandbreite beim zweimaligen Senden der Abfrage zu sparen.
Der Befehl „revcomp target“ weist den Server an, die Datenbank als seine zu behandeln
umgekehrtes Komplement. Der Client sendet diesen Befehl nur, wenn er nach einem sucht
übersetzte Datenbank und muss daher für die meisten Suchtypen nicht implementiert werden.
Befehl: kompensieren stoppen
Antwort: ok:
Der Befehl „Set Parameter“ sendet Parameter von der Exonerate-Befehlszeile an
der Kellner. Diese Befehle können grundsätzlich alle vom Client ignoriert werden
Implementierung erforderlich, kann jedoch für eine optimale Leistung nicht ignoriert werden.
Befehl: bekommen hsps
Antwort: hspset: { }
Oder: hspset: leer
Der Befehl „get hsps“ ist der Hauptbefehl zum Abrufen von HSPs-Sätzen. Der Kellner
kann mehrere hspsets zurückgeben. Die zurückgegebenen Felder sind:
Die interne ID der Zielsequenz für diese HSPsets.
Die Startposition der HSP-Abfrage
Die HSP-Zielstartposition
Die HSP-Länge
Die letzten drei Felder stellen ein HSP dar und können auf einem mehrfach wiederholt werden
hspset: Antwortzeile.
A einfach Beispiel Auftraggeber Server Dialog.
% Telnet Localhost 12886
Versuch 127.0.0.1 ...
Verbunden mit localhost.localdomain.
Escape-Zeichen ist '^]'.
% Ausführung
Version: exonerate-server 2.0.0
% dbinfo
dbinfo: dna softmasked 100000 1701 38113579
% Lookup AA159529.1
Suche: 88065
% Informationen erhalten 88065
Seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene Pankreas (#937208) Homo sapiens cDNA
% bekomme seq 88065
seq: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% get subseq 88065 10 20
Folge: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% set query NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
ok: 62 2028
% erhalten HSPs
Zeilenanzahl: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% revcomp-Abfrage
ok: Strang revcomp abfragen
% erhalten HSPs
Zeilenanzahl: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% Ausfahrt
Verbindung vom ausländischen Host geschlossen.
Noch nicht dokumentiert.
Beispiele:
1. Beispiel für die Erstellung eines übersetzten Index und die Durchführung einer schnellen protein2genome-Suche mit
entlasten-server
fasta2esd human.genomic.fasta human.genomic.esd esd2esi --translate ja human.genomic.esd
human.genomische.trans.esi entlasten-server --port 1234 human.genomic.trans.esi entlasten
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250
VERSION
Diese Dokumentation begleitet Version 2.2.0 des Exonerate-Pakets.
Nutzen Sie Exonerate-Server online über die Dienste von onworks.net
