fasta2frag – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

fasta2frag - Spagat a Single Fasta Reihenfolge in mehrere Überlappend Fragmente.

BESCHREIBUNG

Dieses Programm ist Teil des MIRA-Assemblerpakets. Der Zweck von fasta2frag ist es
Fragmentsequenzen in kleinere, überlappende Teilsequenzen. Es kann zur Simulation verwendet werden
Shotgun-Sequenzen. Es kann Teilsequenzen in beide Richtungen (/default) und auch erstellen
Paired-End-Sequenzen. Weitere Einzelheiten finden Sie in der folgenden Dokumentation
Informationen zu fasta2frag.

ZUSAMMENFASSUNG

fasta2frag im Ordner Outfile

OPTIONAL

-l int Länge der Fragmente (Standard=3000)

-i int Inkrement der Fragment-Startseite (Standard = 2500)

-p int Gepaartes Ende (Standard = 0 ist aus, 1 ist ein)

-P int Im Paired-End-Modus einen der Lesevorgänge umkehren (0 ist ausgeschaltet, Standard=1 ist eingeschaltet).

-s int Strobe-Sequenzierung (Standard = 0 ist ausgeschaltet, 1 ist eingeschaltet)

-q int Standardqualität, wenn keine Qualitätsdaten vorhanden sind (Standard=30)

-r int Jedes n-te Fragment umkehren (Standard=2)

-c int Fragmente kreisförmig anordnen, so dass sie einen Ring bilden

(Standard = 0 ist ausgeschaltet, 1 wäre eingeschaltet)

-Qualdivisor
int Qualitätswerte durch dividieren (Standard=1)

-minqual
int Aber geben Sie ihm mindestens diese Qual (Standard=0)

-insert_size
int paired-end: Größe einfügen (Standard = 3000)

-insert_stdev int
Paired-End: Standard-Entwickler (Standard = 900) Dies funktioniert derzeit nicht

-gepaarte Benennung Schnur
Benennungsschema für Paired-End: Sanger, 454 (Standard) oder Solexa

-minmut
int min. Anzahl der Mutationen/Seq. Fehler (def=0)

-maxmut
int max. Anzahl der Mutationen/Seq. Fehler (def=0)

-Strobeon
int Anzahl der gelesenen Basen während Strobe eingeschaltet ist

-Strobeoff
int Anzahl der Basen während Strobe aus

-startoffset
int beginnt an der Offset-Position

-Namenszusatz
String-Suffix-Name mit String

Nutzen Sie fasta2frag online über die Dienste von onworks.net